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万見
- PDB-3u2d: S. aureus GyrB ATPase domain in complex with small molecule inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u2d
タイトルS. aureus GyrB ATPase domain in complex with small molecule inhibitor
要素DNA gyrase subunit B
キーワードISOMERASE/ISOMERASE INHIBITOR / protein-inhibitor complex / ATP-binding / structure-based drug design / antimicrobial / ISOMERASE-ISOMERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. ...DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-08B / DNA gyrase subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Boriack-Sjodin, P.A. / Prince, D.B. / Eakin, A.E. / Sherer, B.A.
引用ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2012
タイトル: Pyrrolamide DNA gyrase inhibitors: fragment-based nuclear magnetic resonance screening to identify antibacterial agents.
著者: Eakin, A.E. / Green, O. / Hales, N. / Walkup, G.K. / Bist, S. / Singh, A. / Mullen, G. / Bryant, J. / Embrey, K. / Gao, N. / Breeze, A. / Timms, D. / Andrews, B. / Uria-Nickelsen, M. / ...著者: Eakin, A.E. / Green, O. / Hales, N. / Walkup, G.K. / Bist, S. / Singh, A. / Mullen, G. / Bryant, J. / Embrey, K. / Gao, N. / Breeze, A. / Timms, D. / Andrews, B. / Uria-Nickelsen, M. / Demeritt, J. / Loch, J.T. / Hull, K. / Blodgett, A. / Illingworth, R.N. / Prince, B. / Boriack-Sjodin, P.A. / Hauck, S. / Macpherson, L.J. / Ni, H. / Sherer, B.
履歴
登録2011年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月29日Group: Database references
改定 1.22017年8月9日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA gyrase subunit B
B: DNA gyrase subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0048
ポリマ－45,0902
非ポリマー9146
水5,837324
1
A: DNA gyrase subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0024
ポリマ－22,5451
非ポリマー4573
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: DNA gyrase subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0024
ポリマ－22,5451
非ポリマー4573
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.487, 55.646, 51.103
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.380, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-381-

HOH

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要素

#1: タンパク質 DNA gyrase subunit B


分子量: 22545.219 Da / 分子数: 2
断片: ATPase domain with loop deletion, UNP residues 14-104 and 128-233
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: gyrB / プラスミド: pT73.3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A0K8, EC: 5.99.1.3
#2: 化合物 ChemComp-08B / 4-bromo-5-methyl-N-[1-(3-nitropyridin-2-yl)piperidin-4-yl]-1H-pyrrole-2-carboxamide


分子量: 408.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H18BrN5O3
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: シッティングドロップ法, inhibitor soak / pH: 7.5
詳細: 19-30% PEG3350, 0.1MHepes, pH 7.5, 0.2M MgCl2, sitting drop, inhibitor soak, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月4日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→51.77 Å / Num. obs: 33210 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.02 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 6.6 / Scaling rejects: 759
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2% possible all
1.85-1.922.570.3352.2807331201.1892.4
1.92-1.993.040.2842.8996332631.0996.7
1.99-2.083.040.2383.31004732831.0497.2
2.08-2.193.040.1874.11007432940.9997.5
2.19-2.333.040.1535.11021433390.9898
2.33-2.513.070.1395.71029633280.9798.4
2.51-2.763.080.135.91043033680.9599
2.76-3.163.090.1176.61050833700.9899.3
3.16-3.993.070.068121064234290.8599.7
3.99-51.773.080.05116.21071834160.8997.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREKデータスケーリング
d*TREK9.8Lデータ削減
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
JDirectorデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→51.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / WRfactor Rfree: 0.2194 / WRfactor Rwork: 0.1901 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.01 / FOM work R set: 0.8507 / SU B: 6.376 / SU ML: 0.094 / SU R Cruickshank DPI: 0.1717 / SU Rfree: 0.1476 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2322 1682 5.1 %RANDOM
Rwork0.2007 ---
obs0.2024 33063 97.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 62.25 Å2 / Biso mean: 26.337 Å2 / Biso min: 10.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.35 Å20 Å20.04 Å2
2--0.1 Å20 Å2
3---0.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→51.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3060 0 54 324 3438
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0223246
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022132
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9391.9644412
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.75135199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.965395
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.3724.798173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.35615567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.5981525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2486
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023680
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02641
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3311.51931
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0681.5796
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.65223147
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.16631315
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0454.51265
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 101 -
Rwork0.224 2164 -
all-2265 -
obs--90.24 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6402-0.02180.01040.7767-0.12150.71380.00450.00750.0058-0.0004-0.02140.07630.00310.02430.01690.00530.0010.0040.03070.00140.00827.35511.6720.09
21.1180.29430.11171.21590.21220.8494-0.08590.08250.1195-0.08990.01110.1712-0.06460.00420.07480.0341-0.0051-0.01640.03810.01780.034325.542-13.0162.198
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A14 - 230
2X-RAY DIFFRACTION2B20 - 230

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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