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万見
- PDB-3u28: Crystal structure of a Cbf5-Nop10-Gar1 complex from Saccharomyces... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u28
タイトルCrystal structure of a Cbf5-Nop10-Gar1 complex from Saccharomyces cerevisiae
要素
  • H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1
  • H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 3
  • H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 4
キーワードISOMERASE/PROTEIN BINDING / pseudouridine synthase / pseudouridylation / H/ACA RNA / Nucleolus / ISOMERASE-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


snRNA pseudouridine synthase activity / Telomere Extension By Telomerase / snoRNA guided rRNA pseudouridine synthesis / rRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA snoRNP complex / box H/ACA sno(s)RNA 3'-end processing / 異性化酵素; 分子内転位酵素; ムターゼ; その他の基を移すもの / snRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA snoRNA binding / mRNA pseudouridine synthesis ...snRNA pseudouridine synthase activity / Telomere Extension By Telomerase / snoRNA guided rRNA pseudouridine synthesis / rRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA snoRNP complex / box H/ACA sno(s)RNA 3'-end processing / 異性化酵素; 分子内転位酵素; ムターゼ; その他の基を移すもの / snRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA snoRNA binding / mRNA pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / rRNA modification / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / telomerase RNA binding / snoRNA binding / chromosome, centromeric region / 90S preribosome / rRNA processing / microtubule / cell division / mRNA binding / nucleolus / DNA binding / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rhinovirus 14, subunit 4 - #300 / Probable tRNA pseudouridine synthase domain / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 / H/ACA RNP complex subunit Gar1/Naf1, Cbf5-binding domain / Gar1/Naf1 RNA binding region / Pseudouridine synthase / tRNA pseudouridine synthase B family / Dyskerin-like / DKCLD (NUC011) domain / DKCLD (NUC011) domain ...Rhinovirus 14, subunit 4 - #300 / Probable tRNA pseudouridine synthase domain / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 / H/ACA RNP complex subunit Gar1/Naf1, Cbf5-binding domain / Gar1/Naf1 RNA binding region / Pseudouridine synthase / tRNA pseudouridine synthase B family / Dyskerin-like / DKCLD (NUC011) domain / DKCLD (NUC011) domain / Pseudouridine synthase / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 superfamily / Nucleolar RNA-binding protein, Nop10p family / tRNA pseudouridylate synthase B, C-terminal / tRNA pseudouridylate synthase B C-terminal domain / Pseudouridine synthase II, N-terminal / TruB family pseudouridylate synthase (N terminal domain) / PUA domain / Uncharacterised domain CHP00451 / PUA domain / Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 / Pseudouridine synthase, catalytic domain superfamily / Putative RNA-binding Domain in PseudoUridine synthase and Archaeosine transglycosylase / PUA domain / PUA domain superfamily / PUA domain profile. / Rhinovirus 14, subunit 4 / PUA-like superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / Thrombin, subunit H / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Roll / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
H/ACA ribonucleoprotein complex subunit GAR1 / H/ACA ribonucleoprotein complex subunit CBF5 / H/ACA ribonucleoprotein complex subunit NOP10
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ye, K. / Li, S.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2011
タイトル: Reconstitution and structural analysis of the yeast box H/ACA RNA-guided pseudouridine synthase
著者: Li, S. / Duan, J. / Li, D. / Yang, B. / Dong, M. / Ye, K.
履歴
登録2011年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 4
B: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 3
C: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,2503
ポリマ－64,2503
非ポリマー00
水5,026279
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4190 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area22730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.413, 59.386, 169.212
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 4 / Centromere-binding factor 5 / Centromere/microtubule-binding protein CBF5 / H/ACA snoRNP protein ...Centromere-binding factor 5 / Centromere/microtubule-binding protein CBF5 / H/ACA snoRNP protein CBF5 / Small nucleolar RNP protein CBF5 / p64'


分子量: 44981.797 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 3-394 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CBF5 / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)
参照: UniProt: P33322, 異性化酵素; 分子内転位酵素; ムターゼ; その他の基を移すもの
#2: タンパク質 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 3 / Nucleolar protein 10 / Nucleolar protein family A member 3 / snoRNP protein NOP10


分子量: 6649.745 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: NOP10 / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: Q6Q547
#3: タンパク質 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1 / snoRNP protein GAR1


分子量: 12618.431 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 32-124 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: GAR1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: P28007
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.04
詳細: 0.2M sodium malonate, 7%(w/v) polyethylene glycol 3350, pH 8.04, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 0.9796 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2010年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 39859 / % possible obs: 89.5 % / 冗長度: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 26.5
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.432 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 78.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HVY

2hvy


解像度: 1.9→19.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 7.105 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23343 1971 5 %RANDOM
Rwork0.20355 ---
obs0.20509 37603 89.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.503 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.7 Å20 Å20 Å2
2--0.11 Å20 Å2
3---0.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3749 0 0 279 4028
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0223820
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3141.9795162
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0385470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.65723.313163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.79715694
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3011531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2587
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212818
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8651.52361
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.54823825
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.97631459
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3524.51337
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 102 -
Rwork0.245 2467 -
obs--79.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2429-0.0546-0.46530.2320.01931.46520.0003-0.03490.01980.05210.0046-0.0323-0.04790.1006-0.00480.1362-0.0066-0.01070.0865-0.00310.08082.919-4.312-29.356
212.35010.7535-15.42470.049-0.943519.29381.5805-1.4240.45070.1101-0.48750.0756-2.45851.5842-1.0930.3494-0.1045-0.04731.78640.51821.1917-10.632-27.541-2.358
31.0359-0.70750.07781.92960.45751.27050.0456-0.0382-0.08330.09540.007-0.00080.06730.0304-0.05260.1413-0.0078-0.01710.10380.00350.04992.503-27.922-7.879
41.92170.1758-0.251.1525-0.35110.8287-0.02560.0639-0.0462-0.03340.0207-0.0883-0.01060.05130.00490.118-0.00990.00250.0864-0.00470.078625.302-9.766-54.862
52.8785-1.10961.56331.7641-0.33152.0071-0.0158-0.0938-0.07750.0544-0.04020.18220.0115-0.08930.0560.1250.00040.00710.078-0.01310.0836-12.161-0.949-37.146
67.2373-2.8219-0.78592.6213-1.46075.7279-0.4457-0.30350.56850.21860.15970.124-0.9486-0.16590.2860.39960.0311-0.15170.0274-0.0640.3196-8.39112.181-16.764
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A52 - 258
2X-RAY DIFFRACTION2A5 - 11
3X-RAY DIFFRACTION3A18 - 51
4X-RAY DIFFRACTION3A259 - 350
5X-RAY DIFFRACTION4C33 - 124
6X-RAY DIFFRACTION5B1 - 32
7X-RAY DIFFRACTION6B33 - 48

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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