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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3u28 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a Cbf5-Nop10-Gar1 complex from Saccharomyces cerevisiae | ||||||
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![]() | ISOMERASE/PROTEIN BINDING / pseudouridine synthase / pseudouridylation / H/ACA RNA / Nucleolus / ISOMERASE-PROTEIN BINDING complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() snRNA pseudouridine synthase activity / Telomere Extension By Telomerase / snoRNA guided rRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA snoRNP complex / 異性化酵素; 分子内転位酵素; ムターゼ; その他の基を移すもの / rRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA sno(s)RNA 3'-end processing / snRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA snoRNA binding / mRNA pseudouridine synthesis ...snRNA pseudouridine synthase activity / Telomere Extension By Telomerase / snoRNA guided rRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA snoRNP complex / 異性化酵素; 分子内転位酵素; ムターゼ; その他の基を移すもの / rRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA sno(s)RNA 3'-end processing / snRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA snoRNA binding / mRNA pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / rRNA modification / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / telomerase RNA binding / snoRNA binding / chromosome, centromeric region / 90S preribosome / rRNA processing / microtubule / cell division / mRNA binding / nucleolus / DNA binding / RNA binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ye, K. / Li, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Reconstitution and structural analysis of the yeast box H/ACA RNA-guided pseudouridine synthase 著者: Li, S. / Duan, J. / Li, D. / Yang, B. / Dong, M. / Ye, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 209.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 167.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2hvyS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44981.797 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 3-394 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CBF5 / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P33322, 異性化酵素; 分子内転位酵素; ムターゼ; その他の基を移すもの |
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#2: タンパク質 | 分子量: 6649.745 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: NOP10 / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 12618.431 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 32-124 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: GAR1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.17 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.04 詳細: 0.2M sodium malonate, 7%(w/v) polyethylene glycol 3350, pH 8.04, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 2010年9月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9796 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 39859 / % possible obs: 89.5 % / 冗長度: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 26.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.432 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 78.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2HVY 解像度: 1.9→19.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 7.105 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.503 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.92 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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