PDB-3u0c: Crystal structure of N-terminal region of Type III Secretion Firs...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3u0c

タイトル

Crystal structure of N-terminal region of Type III Secretion First Translocator IpaB (residues 74-224)

要素

Invasin ipaB

キーワード

CELL INVASION / translocator / type three secretion system / coiled-coil / virulence

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell membrane / host cell / host cell nucleus / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Barta, M.L. / Geisbrecht, B.V.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: The Structures of Coiled-Coil Domains from Type III Secretion System Translocators Reveal Homology to Pore-Forming Toxins.
著者: Barta, M.L. / Dickenson, N.E. / Patil, M. / Keightley, A. / Wyckoff, G.J. / Picking, W.D. / Picking, W.L. / Geisbrecht, B.V.

履歴

登録	2011年9月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年2月22日	Group: Database references
改定 1.2	2012年3月28日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3u0c.cif.gz	132.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3u0c.ent.gz	104.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3u0c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/3u0c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/3u0c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tulC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3u1a-1 5wkq-2 3u1a-2 6l5h-d 3f89-d 1ic2-1 5lxn-4 3i00-1 4mh6-d 1ic2-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Invasin ipaB

B: Invasin ipaB

44.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Invasin ipaB

登録者が定義した集合体
22.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Invasin ipaB

登録者が定義した集合体
22.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.419, 28.379, 104.806
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.99, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Invasin ipaB / 62 kDa antigen 分子量: 22458.432 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 28-226) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) 遺伝子: ipaB, CP0128 / プラスミド: pT7HMT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P18011
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Invasin ipaB / 62 kDa antigen

分子量: 22458.432 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 28-226) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
遺伝子: ipaB, CP0128 / プラスミド: pT7HMT / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P18011

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 28.78 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1 詳細: 0.6 M sodium formate, 21% PEG2000 MME, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-BM / 波長: 1.0000,1.0719

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月24日 / 詳細: mirror

放射

モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	1.0719	1

反射

解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 19832 / Num. obs: 18186 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 13.4

反射シェル

解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.425 / Mean I/σ(I) obs: 2.01 / % possible all: 59.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7_650	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.05→26.066 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.79 / SU ML: 0.31 / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 31.71 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2945	821	5 %
R_work	0.2454	-	-
obs	0.2478	16416	82.76 %
all	-	19835	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 39.811 Å² / k_sol: 0.348 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.9165 Å²	0 Å²	9.5273 Å²
2-	-	12.986 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-11.0695 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→26.066 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2426	0	0	88	2514

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2440
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.066	3266
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.965	986
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	392
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	414

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.1789	0.3761	88	0.3186	1664	X-RAY DIFFRACTION	54
2.1789-2.347	0.334	120	0.295	2277	X-RAY DIFFRACTION	74
2.347-2.583	0.3965	140	0.2963	2672	X-RAY DIFFRACTION	85
2.583-2.9564	0.2952	145	0.2831	2747	X-RAY DIFFRACTION	89
2.9564-3.723	0.3183	160	0.2379	3048	X-RAY DIFFRACTION	96
3.723-26.0685	0.2415	168	0.2091	3187	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0452	-0.0893	0.0111	0.1044	0.0132	0.0876	-0.0969	-0.0147	-0.4994	-0.1199	-0.251	-0.2528	0.1285	0.1569	0	0.4195	0.0257	0.0571	0.3427	0.0026	0.4301	12.1254	-5.0774	8.9002
2	-0.4748	0.043	0.2615	0.6346	0.1772	0.8879	0.043	-0.1817	-0.0876	0.1459	-0.1784	0.1086	-0.0362	0.0535	0	0.3302	-0.0463	-0.0245	0.4176	-0.0262	0.3876	-16.2485	2.9515	59.2084
3	0.0897	0.1893	0.0039	0.0919	-0.0178	0.0958	0.271	0.0339	-0.2377	-0.1558	-0.2945	0.2796	-0.11	-0.5495	-0	0.3275	0.038	-0.0405	0.296	-0.0251	0.4314	-16.9446	2.2528	41.445
4	0.0845	0.3798	0.1607	0.2833	-0.4696	0.5527	-0.435	0.4985	-0.2949	0.0506	-0.0248	0.0595	0.7891	-0.4982	0	0.4387	-0.0318	-0.0376	0.4664	0.0016	0.4081	10.8477	-4.8992	-2.7607
5	0.2204	-0.2487	0.3987	0.3353	-0.6739	0.4347	-0.0937	0.0437	-0.1629	-0.0093	-0.0391	0.0967	-0.2867	-0.1989	-0	0.4059	-0.0338	-0.032	0.3861	-0.0206	0.3765	15.3051	-3.717	-16.1556

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 74:92)	A	74 - 92
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 93:224)	A	93 - 224
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resseq 74:92)	B	74 - 92
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resseq 93:174)	B	93 - 174
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 175:224)	B	175 - 224

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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