PDB-3u09: Crystal structure of 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3u09

タイトル

Crystal structure of 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase (FabG)(G92D) from Vibrio cholerae

要素

3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase FabG

キーワード

OXIDOREDUCTASE / STRUCTURAL GENOMICS / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / CSGID / Vibrio cholerae / 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase / FabG

機能・相同性

機能・相同性情報

3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / fatty acid elongation / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Hou, J. / Chruszcz, M. / Zheng, H. / Grabowski, M. / Fratczak, Z. / Anderson, W.F. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2015
タイトル: Dissecting the Structural Elements for the Activation of beta-Ketoacyl-(Acyl Carrier Protein) Reductase from Vibrio cholerae.
著者: Hou, J. / Zheng, H. / Chruszcz, M. / Zimmerman, M.D. / Shumilin, I.A. / Osinski, T. / Demas, M. / Grimshaw, S. / Minor, W.

履歴

登録	2011年9月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年10月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年11月12日	Group: Structure summary
改定 1.2	2015年11月25日	Group: Database references
改定 1.3	2016年4月6日	Group: Database references
改定 1.4	2017年8月23日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector / _diffrn_detector.type
改定 1.5	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.6	2022年4月13日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.7	2024年2月28日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3u09.cif.gz	198.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3u09.ent.gz	159.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3u09.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/3u09 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/3u09	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3op4C 3rroC 3rshC 3tzcC 3tzkC 4i08C 4wjzC 4wk6C 5endC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3tzh-1 3tzk-1 3tzh-2 3tzh-3 5vrn-7 6t7m-d 3rro-1 5zi0-d 6nkk-1 2b4q-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP90557

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (5) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase FabG

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase FabG

ヘテロ分子

53.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase FabG

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase FabG

ヘテロ分子

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase FabG

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase FabG

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
107 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.574, 63.574, 191.059
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	171
Space group name H-M	P6₂

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-347- HOH

#1: タンパク質	3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase FabG / 3-ketoacyl-acyl carrier protein reductase / Beta-Ketoacyl-acyl carrier protein reductase / Beta- ...3-ketoacyl-acyl carrier protein reductase / Beta-Ketoacyl-acyl carrier protein reductase / Beta-ketoacyl-ACP reductase 分子量: 26416.148 Da / 分子数: 2 / 変異: G92D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: O1 biovar eltor str. N16961 / 遺伝子: fabG, VC2021, VC_2021 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL 参照: UniProt: Q9KQH7, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 350 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.7 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法 / pH: 9 詳細: 0.1M Tris, 2.3M Ammonium Sulfate, 5%Tacsimate, pH 9, vapor diffusion

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月6日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 4.6 % / Av σ(I) over netI: 38.05 / 数: 194251 / R_merge(I) obs: 0.054 / Χ²: 2.03 / D res high: 1.75 Å / D res low: 27 Å / Num. obs: 42687 / % possible obs: 97.2

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.74	27	99.3	1	0.041	3.093	6.1
3.77	4.74	99.9	1	0.039	2.806	6.3
3.29	3.77	99.7	1	0.045	2.968	6.3
2.99	3.29	100	1	0.05	2.858	6
2.78	2.99	99.9	1	0.055	2.612	5.4
2.61	2.78	99.8	1	0.062	2.423	4.8
2.48	2.61	99.7	1	0.068	2.43	4.3
2.37	2.48	98.7	1	0.076	2.27	4
2.28	2.37	98.5	1	0.08	2.02	3.8
2.2	2.28	96.8	1	0.092	2.019	3.8
2.14	2.2	95.7	1	0.097	1.817	3.7
2.07	2.14	94.7	1	0.113	1.642	3.8
2.02	2.07	94.7	1	0.12	1.362	3.9
1.97	2.02	94.7	1	0.153	1.237	4
1.93	1.97	95.3	1	0.195	1.212	4
1.89	1.93	96.1	1	0.235	1.2	4
1.85	1.89	95.7	1	0.277	0.948	4.1
1.81	1.85	94.6	1	0.334	0.857	4.2
1.78	1.81	95.3	1	0.361	0.822	4.1
1.75	1.78	95.8	1	0.42	0.723	4.1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.833
1	1	K, H, -L	2	0.167

反射

解像度: 1.75→27 Å / Num. obs: 42687 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.054 / Χ²: 2.033 / Net I/σ(I): 20.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.75-1.78	4.1	0.42	2078	0.723	1	95.8
1.78-1.81	4.1	0.361	2098	0.822	1	95.3
1.81-1.85	4.2	0.334	2070	0.857	1	94.6
1.85-1.89	4.1	0.277	2074	0.948	1	95.7
1.89-1.93	4	0.235	2145	1.2	1	96.1
1.93-1.97	4	0.195	2056	1.212	1	95.3
1.97-2.02	4	0.153	2053	1.237	1	94.7
2.02-2.07	3.9	0.12	2091	1.362	1	94.7
2.07-2.14	3.8	0.113	2071	1.642	1	94.7
2.14-2.2	3.7	0.097	2125	1.817	1	95.7
2.2-2.28	3.8	0.092	2091	2.019	1	96.8
2.28-2.37	3.8	0.08	2160	2.02	1	98.5
2.37-2.48	4	0.076	2179	2.27	1	98.7
2.48-2.61	4.3	0.068	2185	2.43	1	99.7
2.61-2.78	4.8	0.062	2183	2.423	1	99.8
2.78-2.99	5.4	0.055	2200	2.612	1	99.9
2.99-3.29	6	0.05	2187	2.858	1	100
3.29-3.77	6.3	0.045	2205	2.968	1	99.7
3.77-4.74	6.3	0.039	2206	2.806	1	99.9
4.74-27	6.1	0.041	2230	3.093	1	99.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
直接法		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.75→27 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU B: 3.859 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.023 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.187	2259	5.3 %	RANDOM
R_work	0.1598	-	-	-
obs	0.1613	42619	97.09 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 69.83 Å² / B_iso mean: 27.0196 Å² / B_iso min: 13.32 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.85 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.85 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3613	0	50	350	4013

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	3711
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	2434
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.308	1.975	5019
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.027	3	5973
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.351	5	502
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.569	24.752	141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.391	15	644
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.087	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	597
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4182
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	702

LS精密化シェル

解像度: 1.749→1.795 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.247	140	-
R_work	0.23	2861	-
all	-	3001	-
obs	-	-	93.69 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 2.654 Å / Origin y: 19.766 Å / Origin z: -0.099 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.132 Å²	-0.0407 Å²	0.02 Å²	-	0.0751 Å²	-0.0211 Å²	-	-	0.0163 Å²
L	0.7303 °²	0.4121 °²	-0.0628 °²	-	0.4501 °²	-0.0521 °²	-	-	0.5265 °²
S	0.0861 Å °	0.1169 Å °	-0.0095 Å °	0.1685 Å °	-0.0368 Å °	0.0458 Å °	0.0509 Å °	-0.054 Å °	-0.0493 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 248
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	2 - 248

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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