ソフトウェア 名称 バージョン 分類 DNAデータ収集 PHASES位相決定 REFMAC5.5.0109精密化 xia2データ削減 SCALAデータスケーリング
精密化 構造決定の手法 : 分子置換 / 解像度 : 1.25→15.33 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.956 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.936 / SU B : 0.863 / SU ML : 0.039 / 交差検証法 : THROUGHOUT / ESU R Free : 0.066 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONSRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.24339 831 5.1 % RANDOM Rwork 0.20305 - - - obs 0.20508 15560 89.6 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.4 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso mean : 18.462 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 0 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - 0 Å2 0 Å2 3- - - 0 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.25→15.33 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 0 486 29 150 665
拘束条件 大きな表を表示 (5 x 33) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.009 0.021 575 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_dX-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.347 3 880 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_degX-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_degX-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_degX-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_degX-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_degX-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.056 0.2 94 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.013 0.02 287 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_otherX-RAY DIFFRACTION r_nbd_refinedX-RAY DIFFRACTION r_nbd_otherX-RAY DIFFRACTION r_nbtor_refinedX-RAY DIFFRACTION r_nbtor_otherX-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_refinedX-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_otherX-RAY DIFFRACTION r_metal_ion_refinedX-RAY DIFFRACTION r_metal_ion_otherX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_refinedX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_otherX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_hbond_refinedX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_hbond_otherX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_metal_ion_refinedX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_metal_ion_otherX-RAY DIFFRACTION r_mcbond_itX-RAY DIFFRACTION r_mcbond_otherX-RAY DIFFRACTION r_mcangle_itX-RAY DIFFRACTION r_scbond_it1.452 3 575 X-RAY DIFFRACTION r_scangle_it2.234 4.5 880 X-RAY DIFFRACTION r_rigid_bond_restrX-RAY DIFFRACTION r_sphericity_freeX-RAY DIFFRACTION r_sphericity_bonded
LS精密化 シェル 解像度 : 1.246→1.278 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.238 47 - Rwork 0.281 693 - obs - - 55.98 %