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- PDB-3tyw: Crystal Structure of CYP105N1 from Streptomyces coelicolor A3(2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tyw
タイトルCrystal Structure of CYP105N1 from Streptomyces coelicolor A3(2)
要素Putative cytochrome P450
キーワードOXIDOREDUCTASE / P450 monooxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Zhao, B. / Waterman, M.R.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of CYP105N1 from Streptomyces coelicolor A3(2)
著者: Zhao, B. / Waterman, M.R.
履歴
登録2011年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative cytochrome P450
B: Putative cytochrome P450
C: Putative cytochrome P450
D: Putative cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,4068
ポリマ－183,9404
非ポリマー2,4664
水1,71195
1
A: Putative cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6012
ポリマ－45,9851
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6012
ポリマ－45,9851
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Putative cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6012
ポリマ－45,9851
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Putative cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6012
ポリマ－45,9851
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Putative cytochrome P450
ヘテロ分子

D: Putative cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,2034
ポリマ－91,9702
非ポリマー1,2332
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z+1/31
Buried area2130 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area34200 Å2
手法PISA
6
B: Putative cytochrome P450
ヘテロ分子

C: Putative cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,2034
ポリマ－91,9702
非ポリマー1,2332
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_444-x+y-1,-x-1,z-1/31
Buried area2230 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area34260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.537, 134.537, 230.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質
Putative cytochrome P450


分子量: 45984.949 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア)
遺伝子: SCO7686 / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21pylus / 参照: UniProt: Q9EWP1
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.44 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 3350, HEPES 7.0, Sodium Formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年1月27日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→40 Å / Num. all: 51850 / Num. obs: 51760 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 26.8
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.139 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / Rsym value: 0.542 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→30 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0.2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3005 2590 -RANDOM
Rwork0.2821 ---
all0.2842 51872 --
obs0.2821 51695 99.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 65.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.09 Å2-1.09 Å22.18 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.54 Å0.5 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.93 Å0.89 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12366 0 172 95 12633
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.04 Å / Rfactor Rfree error: 0.025
Rfactor反射数%反射
Rfree0.454 320 -
Rwork0.431 --
obs--5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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