PDB-3twr: Crystal structure of ARC4 from human Tankyrase 2 in complex with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3twr

タイトル

Crystal structure of ARC4 from human Tankyrase 2 in complex with peptide from human 3BP2

要素

SH3 domain-binding protein 2
Tankyrase-2

キーワード

SIGNALING PROTEIN/PEPTIDE / ankyrin repeat / protein-protein interaction / substrate recruitment / poly(ADP-ribosyl)ation / SIGNALING PROTEIN-PEPTIDE complex

機能・相同性

機能・相同性情報

XAV939 stabilizes AXIN / NAD+ ADP-ribosyltransferase / protein localization to chromosome, telomeric region / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein poly-ADP-ribosylation / pericentriolar material / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of telomere capping / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Guettler, S. / Sicheri, F.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2011
タイトル: Structural basis and sequence rules for substrate recognition by tankyrase explain the basis for cherubism disease.
著者: Guettler, S. / Larose, J. / Petsalaki, E. / Gish, G. / Scotter, A. / Pawson, T. / Rottapel, R. / Sicheri, F.

履歴

登録	2011年9月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年12月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年12月28日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3twr.cif.gz	290.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3twr.ent.gz	250.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3twr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3twr_validation.pdf.gz	1021.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3twr_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	3twr_validation.xml.gz	35.2 KB	表示
CIF形式データ	3twr_validation.cif.gz	51.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/3twr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/3twr	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3twqC 3twsC 3twtC 3twuC 3twvC 3twwC 3twxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3tws-1 3tws-2 3twt-2 3twv-1 3twv-2 3twx-3 3tws-4 2bxw-2 3twv-4 3twx-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#250 - 2020年10月
カプサイシン受容体TRPV1 (Capsaicin Receptor TRPV1)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (1)
#223 - 2018年7月
ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tankyrase-2

B: Tankyrase-2

C: Tankyrase-2

D: Tankyrase-2

E: SH3 domain-binding protein 2

F: SH3 domain-binding protein 2

G: SH3 domain-binding protein 2

H: SH3 domain-binding protein 2

ヘテロ分子

80.3 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Tankyrase-2

E: SH3 domain-binding protein 2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
20.2 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Tankyrase-2

F: SH3 domain-binding protein 2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
19.9 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Tankyrase-2

G: SH3 domain-binding protein 2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
20.2 kDa, 2 ポリマー
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4

D: Tankyrase-2

H: SH3 domain-binding protein 2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
20 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	61.679, 105.157, 128.703
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Tankyrase-2 / TANK2 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5B / TNKS-2 / TRF1-interacting ankyrin-related ADP-ribose ...TANK2 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5B / TNKS-2 / TRF1-interacting ankyrin-related ADP-ribose polymerase 2 / Tankyrase II / Tankyrase-like protein / Tankyrase-related protein 分子量: 17851.180 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 484-649 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARP5B, TANK2, TNKL, TNKS2 / プラスミド: pETM-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q9H2K2, NAD+ ADP-ribosyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド	SH3 domain-binding protein 2 / 3BP-2 分子量: 1824.029 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: solid-state synthesized peptide / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P78314
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-PE8 / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / オクタエチレングリコ-ル分子量: 370.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₉
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 688 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.26 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1 M MES-NaOH pH 6.0, 2% (v/v) PEG 400, 2.5 M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月11日
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→50 Å / Num. all: 121902 / Num. obs: 121902 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 30.3
反射シェル	解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.723 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.55→33.24 Å / SU ML: 0.46 / σ(F): 0.29 / 位相誤差: 19.64 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.206	6057	5 %	Random
R_work	0.1808	-	-	-
obs	0.182	121138	99.39 %	-
all	-	121138	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 46.966 Å² / k_sol: 0.379 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.7252 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.8245 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.5497 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→33.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5220	0	83	688	5991

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5576
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.975	7575
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.215	2082
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	834
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1005

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.5676	0.3724	191	0.3424	3731	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5676-1.5861	0.3539	201	0.3383	3779	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5861-1.6054	0.3675	204	0.3305	3787	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6054-1.6257	0.3497	186	0.3082	3854	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6257-1.6471	0.2975	195	0.2763	3790	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6471-1.6697	0.3002	173	0.2642	3862	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6697-1.6935	0.2879	230	0.2563	3745	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6935-1.7188	0.2643	188	0.2372	3825	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7188-1.7457	0.2606	200	0.2275	3789	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7457-1.7743	0.2519	206	0.2182	3811	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7743-1.8049	0.2363	201	0.1997	3824	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8049-1.8377	0.2263	210	0.1853	3804	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8377-1.873	0.2021	206	0.1787	3823	X-RAY DIFFRACTION	100
1.873-1.9113	0.2026	218	0.1711	3810	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9113-1.9528	0.1981	220	0.1693	3808	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9528-1.9982	0.1993	198	0.1608	3839	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9982-2.0482	0.1961	204	0.1606	3841	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0482-2.1036	0.2017	198	0.1644	3827	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1036-2.1655	0.1936	187	0.1716	3816	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1655-2.2353	0.2038	219	0.1681	3840	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2353-2.3152	0.1997	207	0.162	3841	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3152-2.4079	0.1828	198	0.1608	3846	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4079-2.5174	0.1862	219	0.1595	3852	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5174-2.6501	0.1925	199	0.1675	3892	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6501-2.8161	0.2221	218	0.1837	3877	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8161-3.0334	0.1976	201	0.1793	3879	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0334-3.3384	0.1759	193	0.1759	3911	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3384-3.8208	0.1746	195	0.1548	3905	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8208-4.8115	0.1661	196	0.1469	3865	X-RAY DIFFRACTION	97
4.8115-33.2476	0.2481	196	0.2153	4008	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.5718	-3.8175	1.8064	7.5399	-1.5483	6.9176	-0.3948	-0.2632	0.5144	0.0051	0.3663	0.8741	-0.631	-0.7402	-0.0009	0.2133	0.0269	-0.0904	0.2911	0.0588	0.362	-27.4959	-11.8658	10.9364
2	4.6063	1.5582	1.0592	3.6771	-0.1957	7.7346	-0.2789	0.3817	0.4748	-0.5633	0.3385	0.3802	-0.2673	-0.1596	-0.0028	0.2198	-0.0289	-0.0661	0.18	0.0556	0.2172	-20.7023	-10.7821	8.5119
3	1.6131	1.6508	1.0762	3.6747	-0.3657	3.1152	-0.0215	-0.0371	0.0818	-0.1149	0.0566	0.0778	-0.067	-0.0414	-0.0441	0.0943	0.0098	0.0135	0.1481	-0.0054	0.1413	-17.7895	-18.5375	17.2968
4	2.8443	2.615	0.8533	2.4081	0.6829	1.9738	0.0421	0.2773	-0.325	-0.3751	0.282	-0.7491	0.0681	0.4057	-0.1653	0.1229	0.026	0.0162	0.1779	-0.0351	0.2041	-9.2299	-26.4811	14.5795
5	6.8086	-0.3621	-4.1038	3.2245	0.6132	2.524	-0.0084	-0.347	0.0689	0.4462	0.1589	-0.2457	0.3631	0.1952	-0.2079	0.2171	-0.018	-0.0429	0.1978	-0.0267	0.1737	-11.9434	-20.8372	28.9051
6	3.4627	0.7825	-0.3251	2.1796	0.5171	5.1727	0.2424	-0.3091	-0.0532	0.712	0.0027	-0.4242	0.2881	0.1694	-0.2203	0.3636	0.0092	-0.0979	0.1583	0.0047	0.1994	-11.064	-30.643	29.446
7	2.6965	-0.3956	-0.5947	2.6	1.9015	1.4364	0.0825	-0.4645	-0.6842	0.9851	0.2075	-0.0498	0.9066	0.0394	-0.072	0.7914	-0.0223	-0.1819	0.1804	0.1317	0.2533	-12.3331	-40.1482	32.1869
8	2.1844	-0.2987	0.0401	5.0569	2.7936	7.1908	-0.1987	-0.1098	0.3592	0.54	0.252	-0.745	-0.4669	0.407	-0.0462	0.1799	-0.0175	-0.0809	0.203	-0.0016	0.2544	-45.731	-16.9811	48.2439
9	9.4572	-3.2974	1.5729	3.6974	-4.2782	5.7937	0.0422	0.0617	-0.4405	0.3471	-0.1615	1.0776	0.2085	-0.3705	0.1223	0.1677	-0.0193	0.0308	0.1903	-0.034	0.2326	-56.1011	-20.7191	47.7379
10	8.5279	-5.2244	1.8931	8.5876	-0.5805	2.1264	0.051	0.0059	0.6383	-0.1664	-0.0049	-0.6295	-0.2345	0.1734	-0.0693	0.2096	-0.0247	0.0015	0.1702	-0.0122	0.2509	-48.1727	-13.7527	39.6696
11	1.8205	-1.7982	-1.4168	4.1924	-1.6111	5.3113	0.0901	-0.1382	0.3329	0.0175	-0.0804	-0.2955	-0.178	0.2649	-0.0317	0.1147	-0.0163	-0.0202	0.1527	-0.0069	0.186	-42.8656	-23.9841	40.8327
12	5.5945	-3.4557	-2.1518	3.7367	-1.7887	6.8891	-0.0155	0.1568	-0.1752	-0.1539	-0.051	0.6215	-0.0266	-0.4457	0.0205	0.1571	-0.0269	-0.0448	0.2074	0.0107	0.2625	-56.5568	-23.4813	37.9854
13	1.316	-0.7959	-0.7643	3.8426	0.1313	3.1662	0.0339	0.0875	0.0429	-0.141	0.0952	0.1034	-0.0277	-0.1596	-0.1274	0.1318	-0.0333	-0.0208	0.1536	0.022	0.1263	-46.3891	-28.3025	32.0518
14	2.6316	0.4105	-0.9897	1.206	-0.1188	1.5923	-0.1024	0.2027	-0.0702	-0.191	0.1365	-0.0661	0.1066	-0.1103	-0.0349	0.1778	-0.0536	-0.026	0.1618	0.016	0.1269	-39.9353	-34.2902	24.7592
15	8.0195	4.2658	-3.9178	8.3574	-0.1077	2.5566	-0.5554	-0.0564	-1.345	-0.2492	0.022	-0.9146	0.775	-0.0548	0.4114	0.3192	-0.0446	0.0976	0.1946	-0.009	0.3781	-35.8791	-46.471	25.3693
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36	7.139	2.6026	-5.7998	5.9988	-2.7992	6.5279	-0.0459	-0.52	-0.2415	-0.0191	-0.0918	-0.383	0.2717	0.7888	0.1009	0.1426	-0.0178	-0.0666	0.2482	0.0108	0.15	-37.3888	-32.5986	40.1609
37	8.764	-6.2212	0.6103	4.4312	-0.5074	2.3736	-0.2101	-0.3438	0.3835	0.379	0.2022	-0.313	0.0294	-0.0971	0.0996	0.1677	-0.0064	-0.0303	0.208	-0.0575	0.2449	1.443	8.9941	25.6998
38	6.086	-3.6187	-1.1916	8.4879	3.1456	8.161	0.1077	0.1666	-0.067	-0.2234	-0.0407	-0.353	-0.0895	0.4445	-0.1475	0.1494	-0.0385	0.0026	0.3032	-0.0121	0.1825	-11.0778	-39.1398	0.9579

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 490:502)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 503:521)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 522:571)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 572:580)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 581:594)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 595:628)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 629:646)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 488:502)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 503:511)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 512:521)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 522:538)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 539:548)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 549:580)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 581:627)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resseq 628:644)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resseq 488:502)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resseq 503:521)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resseq 522:548)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resseq 549:571)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resseq 572:581)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resseq 582:594)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resseq 595:614)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resseq 615:627)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resseq 628:645)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resseq 487:502)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resseq 503:511)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resseq 512:521)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resseq 522:538)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resseq 539:548)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resseq 549:571)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resseq 572:580)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resseq 581:594)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resseq 595:628)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resseq 629:644)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'E'
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'F'
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'G'
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'H'

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