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- PDB-3tu8: Crystal Structure of the Burkholderia Lethal Factor 1 (BLF1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tu8
タイトルCrystal Structure of the Burkholderia Lethal Factor 1 (BLF1)
要素Burkholderia Lethal Factor 1 (BLF1)
キーワードUNKNOWN FUNCTION / toxin
機能・相同性Burkholderia lethal factor 1 / Burkholderia lethal factor 1 / symbiont-mediated suppression of host translation initiation / BROMIDE ION / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.04 Å
データ登録者Cruz, A. / Hautbergue, G.M. / Artymiuk, P.J. / Baker, P.J. / Chang, C.T. / Mahadi, N.M. / Mobbs, G.W. / Mohamed, R. / Nathan, S. / Partridge, L.J. ...Cruz, A. / Hautbergue, G.M. / Artymiuk, P.J. / Baker, P.J. / Chang, C.T. / Mahadi, N.M. / Mobbs, G.W. / Mohamed, R. / Nathan, S. / Partridge, L.J. / Raih, M.F. / Ruzheinikov, S.N. / Sedelnikova, S.E. / Wilson, S.A. / Rice, D.W.
引用
ジャーナル: Science / 年: 2011
タイトル: A Burkholderia pseudomallei toxin inhibits helicase activity of translation factor eIF4A.
著者: Cruz-Migoni, A. / Hautbergue, G.M. / Artymiuk, P.J. / Baker, P.J. / Bokori-Brown, M. / Chang, C.T. / Dickman, M.J. / Essex-Lopresti, A. / Harding, S.V. / Mahadi, N.M. / Marshall, L.E. / ...著者: Cruz-Migoni, A. / Hautbergue, G.M. / Artymiuk, P.J. / Baker, P.J. / Bokori-Brown, M. / Chang, C.T. / Dickman, M.J. / Essex-Lopresti, A. / Harding, S.V. / Mahadi, N.M. / Marshall, L.E. / Mobbs, G.W. / Mohamed, R. / Nathan, S. / Ngugi, S.A. / Ong, C. / Ooi, W.F. / Partridge, L.J. / Phillips, H.L. / Raih, M.F. / Ruzheinikov, S. / Sarkar-Tyson, M. / Sedelnikova, S.E. / Smither, S.J. / Tan, P. / Titball, R.W. / Wilson, S.A. / Rice, D.W.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Cloning, purification and crystallographic analysis of a hypothetical protein, BPSL1549, from Burkholderia pseudomallei
著者: Cruz-Migoni, A. / Ruzheinikov, N. / Sedelnikova, E. / Obeng, B. / Chieng, S. / RMohamed, R. / Nathan, S. / Baker, P. / Rice, D.W.
履歴
登録2011年9月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Burkholderia Lethal Factor 1 (BLF1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3252
ポリマ－23,2451
非ポリマー801
水6,648369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.034, 45.434, 111.405
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Burkholderia Lethal Factor 1 (BLF1)


分子量: 23244.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
遺伝子: BPSL1549 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q63UP7
#2: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 369 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.91 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 26% PEG 3350, 0.2M Sodium bromide, 0.1M bis-tris propane pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9163 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月14日
放射モノクロメーター: Double Crystall Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9163 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.04→25 Å / Num. all: 103861 / Num. obs: 102823 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 1.04→1.1 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.459 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 87.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHELXS位相決定
SHELXL-97精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化解像度: 1.04→25 Å / Num. parameters: 19182 / Num. restraintsaints: 24517 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER / 詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16 5149 -RANDOM
Rwork0.129 ---
all0.129 102823 --
obs0.129 102823 89.4 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 16 / Occupancy sum hydrogen: 1558.98 / Occupancy sum non hydrogen: 2007.85
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.04→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1639 0 1 369 2009
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.027
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0319
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.086
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.094
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.053
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.106

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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