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- PDB-3tu6: The Structure of a Pseudoazurin From Sinorhizobium meliltoi -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tu6
タイトルThe Structure of a Pseudoazurin From Sinorhizobium meliltoi
要素Pseudoazurin (Blue copper protein)
キーワードELECTRON TRANSPORT / cupredoxins / beta barrel / electron transfer / redox
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Pseudoazurin / Amicyanin/Pseudoazurin / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like ...Pseudoazurin / Amicyanin/Pseudoazurin / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Pseudoazurin
類似検索 - 構成要素
生物種Sinorhizobium meliloti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Laming, E.M. / McGrath, A.P. / Guss, J.M. / Maher, M.J.
引用ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2012
タイトル: The X-ray crystal structure of a pseudoazurin from Sinorhizobium meliloti.
著者: Laming, E.M. / McGrath, A.P. / Guss, J.M. / Kappler, U. / Maher, M.J.
履歴
登録2011年9月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月25日Group: Database references
改定 1.22012年12月19日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pseudoazurin (Blue copper protein)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6133
ポリマ－13,4581
非ポリマー1562
水1,13563
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.627, 53.494, 59.921
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Pseudoazurin (Blue copper protein)


分子量: 13457.520 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-147 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / 株: RM1021 / 遺伝子: azu2, AZU2T, R02830, SMc04047 / プラスミド: pET22b+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q92M26
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG MME 2000, potassium bromide, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月1日
放射モノクロメーター: SI VORTEX-ES / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 8214 / Num. obs: 8214 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.181 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2-2.077.20.9177880.911100
2.07-2.157.20.6547970.9531100
2.15-2.257.20.6358060.9091100
2.25-2.377.20.5038110.8751100
2.37-2.527.20.48000.9141100
2.52-2.717.10.3098131.0381100
2.71-2.997.10.2128300.9411100
2.99-3.427.10.1378121.0651100
3.42-4.316.90.1078460.9761100
4.31-506.40.0679110.9221100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→30.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 10.051 / SU ML: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.23 / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2613 783 9.6 %RANDOM
Rwork0.2019 7346 --
obs0.2075 8129 99.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 75.21 Å2 / Biso mean: 28.1554 Å2 / Biso min: 7.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.04 Å20 Å20 Å2
2---2.16 Å20 Å2
3----1.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数931 0 7 63 1001
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.022960
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02653
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.811.9761294
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.70531609
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7915128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.14425.55636
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.41215164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.874153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0480.2140
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0211078
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02172
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2872628
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3162263
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1723997
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.8416.5332
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.2848.5296
LS精密化 シェル解像度: 1.998→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 53 -
Rwork0.282 520 -
all-573 -
obs--99.31 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.669 Å / Origin y: 2.397 Å / Origin z: 17.584 Å
111213212223313233
T0.0072 Å20.0097 Å20.0179 Å2-0.0898 Å2-0.0058 Å2--0.0354 Å2
L0.1084 °20.1983 °20.3539 °2-2.6148 °2-0.5337 °2--1.1308 °2
S0.0198 Å °0.0634 Å °0.0182 Å °0.111 Å °0.0136 Å °0.0726 Å °-0.0261 Å °0.0371 Å °-0.0334 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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