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- PDB-3ttk: Crystal structure of apo-SpuD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ttk
タイトルCrystal structure of apo-SpuD
要素Polyamine transport protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / polyamine receptor / polyamine binding
機能・相同性
機能・相同性情報


polyamine transport / putrescine binding / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Spermidine/putrescine-binding periplasmic protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putrescine-binding periplasmic protein SpuD
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Wu, D.H. / Lim, S.C. / Song, H.W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural Basis of Substrate Binding Specificity Revealed by the Crystal Structures of Polyamine Receptors SpuD and SpuE from Pseudomonas aeruginosa
著者: Wu, D.H. / Lim, S.C. / Dong, Y.H. / Wu, J.E. / Tao, F. / Zhou, L. / Zhang, L.H. / Song, H.W.
履歴
登録2011年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyamine transport protein
B: Polyamine transport protein
C: Polyamine transport protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,1423
ポリマ－115,1423
非ポリマー00
水2,378132
1
A: Polyamine transport protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3811
ポリマ－38,3811
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Polyamine transport protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3811
ポリマ－38,3811
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Polyamine transport protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3811
ポリマ－38,3811
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.769, 108.983, 228.508
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Polyamine transport protein / polyamine binding protein


分子量: 38380.617 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 26-365 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: spuD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I6J1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.38 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.1M Mes, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年9月15日
放射モノクロメーター: Osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→20 Å / Num. all: 23272 / Num. obs: 23272 / % possible obs: 84.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / % possible all: 80.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
REFMAC5.4.0077精密化
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TTM

3ttm


解像度: 2.97→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.853 / SU B: 20.282 / SU ML: 0.379 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R Free: 0.577 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28794 1086 5 %RANDOM
Rwork0.21517 ---
all0.21876 20613 --
obs0.21876 20613 85.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.859 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.42 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.52 Å20 Å2
3----1.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.97→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8025 0 0 132 8157
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0228229
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2071.96811178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.31451017
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.91125.678354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.25151416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0611515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.21224
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0216216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.351.55103
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.6528268
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.59233126
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.0554.52910
LS精密化 シェル解像度: 2.97→3.045 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.482 65 -
Rwork0.331 1364 -
obs--79.61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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