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- PDB-3tt8: Crystal Structure Analysis of Cu Human Insulin Derivative -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tt8
タイトルCrystal Structure Analysis of Cu Human Insulin Derivative
要素
  • INSULIN A-CHAIN
  • INSULIN B-CHAIN
キーワードHORMONE / Cu insulin
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of NAD(P)H oxidase activity / negative regulation of glycogen catabolic process / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of fatty acid metabolic process / Signaling by Insulin receptor / negative regulation of feeding behavior / IRS activation / Insulin processing / regulation of protein secretion / positive regulation of peptide hormone secretion ...negative regulation of NAD(P)H oxidase activity / negative regulation of glycogen catabolic process / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of fatty acid metabolic process / Signaling by Insulin receptor / negative regulation of feeding behavior / IRS activation / Insulin processing / regulation of protein secretion / positive regulation of peptide hormone secretion / positive regulation of respiratory burst / Regulation of gene expression in beta cells / negative regulation of acute inflammatory response / positive regulation of protein autophosphorylation / alpha-beta T cell activation / positive regulation of dendritic spine maintenance / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / negative regulation of protein secretion / positive regulation of glycogen biosynthetic process / negative regulation of gluconeogenesis / Signal attenuation / fatty acid homeostasis / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / negative regulation of lipid catabolic process / regulation of protein localization to plasma membrane / positive regulation of lipid biosynthetic process / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / activation of protein kinase B activity / COPI-mediated anterograde transport / transport vesicle / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / Insulin receptor recycling / insulin-like growth factor receptor binding / positive regulation of brown fat cell differentiation / NPAS4 regulates expression of target genes / neuron projection maintenance / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / positive regulation of mitotic nuclear division / Insulin receptor signalling cascade / regulation of transmembrane transporter activity / positive regulation of glycolytic process / positive regulation of long-term synaptic potentiation / endosome lumen / positive regulation of cytokine production / acute-phase response / positive regulation of D-glucose import / positive regulation of protein secretion / positive regulation of cell differentiation / Regulation of insulin secretion / insulin receptor binding / wound healing / negative regulation of protein catabolic process / hormone activity / regulation of synaptic plasticity / positive regulation of neuron projection development / positive regulation of protein localization to nucleus / Golgi lumen / cognition / glucose metabolic process / vasodilation / insulin receptor signaling pathway / glucose homeostasis / cell-cell signaling / regulation of protein localization / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / protease binding / positive regulation of cell growth / secretory granule lumen / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Insulin / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Insulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.12 Å
データ登録者Prugovecki, B. / Matkovic-Calogovic, D.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure Analysis of Cu Human Insulin Derivative
著者: Prugovecki, B. / Matkovic-Calogovic, D.
履歴
登録2011年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INSULIN A-CHAIN
B: INSULIN B-CHAIN
C: INSULIN A-CHAIN
D: INSULIN B-CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7626
ポリマ－11,6354
非ポリマー1272
水2,810156
1
A: INSULIN A-CHAIN
B: INSULIN B-CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,8182
ポリマ－5,8182
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1680 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area3700 Å2
手法PISA
2
C: INSULIN A-CHAIN
D: INSULIN B-CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,8182
ポリマ－5,8182
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1580 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area3810 Å2
手法PISA
3
A: INSULIN A-CHAIN
B: INSULIN B-CHAIN
C: INSULIN A-CHAIN
D: INSULIN B-CHAIN

A: INSULIN A-CHAIN
B: INSULIN B-CHAIN
C: INSULIN A-CHAIN
D: INSULIN B-CHAIN

A: INSULIN A-CHAIN
B: INSULIN B-CHAIN
C: INSULIN A-CHAIN
D: INSULIN B-CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,90612
ポリマ－34,90612
非ポリマー00
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area18520 Å2
ΔGint-153 kcal/mol
Surface area13800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.560, 81.560, 33.747
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-1-

CU

21F-1-

CU

31B-164-

HOH

41D-93-

HOH

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド INSULIN A-CHAIN / Insulin A chain


分子量: 2383.698 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01308
#2: タンパク質・ペプチド INSULIN B-CHAIN / Insulin B chain


分子量: 3433.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01308
#3: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.75 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 1mM sodium citrate, volume fractions of acetone 10% and 7.5 mM cooper(II) acetate monohydrate, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.12→40.78 Å / Num. obs: 31826 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル
冗長度 (%)Num. measured allNum. unique allRsym valueDiffraction-ID
3.41492244110.3231
3.51599345160.2231
3.61508742070.1731
3.61414439100.1151
3.71333736320.0791
3.71219632790.061
3.71079028810.0421
3.7909824300.0331
3.6660718350.0291
321857250.0331

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 0.401 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.505 / Cor.coef. Io to Ic: 0.46
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å16.927 Å
Translation3 Å16.927 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.1.20データスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1mso

1mso


解像度: 1.12→24.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 0.981 / SU ML: 0.022 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.038 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17902 1616 5.1 %RANDOM
Rwork0.13245 ---
obs0.13478 30207 98.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.364 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.12→24.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数810 0 2 156 968
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.022904
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02569
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.071.9531244
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.36731405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6015117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.0642544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.02115144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.499152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.2138
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.021038
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0120.02190
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6731.5549
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.4771.5221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7692896
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.1663355
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.164.5343
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.9093904
LS精密化 シェル解像度: 1.12→1.148 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.399 116 -
Rwork0.335 2164 -
obs--95.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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