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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3tt1 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of LeuT in the outward-open conformation in complex with Fab | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN / LeuT fold / transporter / plasma membrane | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Aquifex aeolicus (バクテリア) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.099 Å | ||||||
データ登録者 | Krishnamurthy, H. / Gouaux, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2012 タイトル: X-ray structures of LeuT in substrate-free outward-open and apo inward-open states. 著者: Krishnamurthy, H. / Gouaux, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3tt1.cif.gz | 713.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3tt1.ent.gz | 590.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3tt1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/3tt1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/3tt1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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-要素
-抗体 , 2種, 4分子 LMHI
#2: 抗体 | 分子量: 23911.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) #3: 抗体 | 分子量: 23575.381 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) |
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-タンパク質 / 糖 , 2種, 7分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 58003.336 Da / 分子数: 2 / 変異: Y108F, K288A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: snf, aq_2077 / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: O67854 #5: 糖 | ChemComp-SOG / |
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-非ポリマー , 2種, 32分子
#4: 化合物 | ChemComp-NA / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.49 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 40 mM Tris-HCl, 23-26% PEG550 MME, 50-100 mM sodium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD |
放射 | モノクロメーター: single crystal Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.099→50 Å / Num. all: 64779 / Num. obs: 57718 / % possible obs: 89.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 11.9 |
反射 シェル | 解像度: 3.099→3.21 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.561 / Mean I/σ(I) obs: 1.92 / Num. unique all: 5864 / % possible all: 92 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3F3A 解像度: 3.099→40.169 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.28 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 28.982 Å2 / ksol: 0.288 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 81 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.099→40.169 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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