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万見
- PDB-3tow: Crystal Structure of the MABP Domain of MVB12B of Human ESCRT-I C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tow
タイトルCrystal Structure of the MABP Domain of MVB12B of Human ESCRT-I Complex
要素Multivesicular body subunit 12B
キーワードPROTEIN TRANSPORT / beta prism / membrane binding domain / negatively charged membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


virus maturation / ESCRT I complex / regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / viral budding / protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / membrane fission / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / multivesicular body assembly / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) ...virus maturation / ESCRT I complex / regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / viral budding / protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / membrane fission / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / multivesicular body assembly / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / HCMV Late Events / Late endosomal microautophagy / Budding and maturation of HIV virion / late endosome membrane / late endosome / protein transport / vesicle / early endosome / endosome membrane / lipid binding / extracellular exosome / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Multivesicular body subunit 12B / Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A - #50 / Multivesicular body subunit 12 / Multivesicular body subunit 12 / UMA domain / UMA domain profile. / MABP domain / MABP domain profile. / Aligned Prism / Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Multivesicular body subunit 12B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.34 Å
データ登録者Boura, E. / Hurley, J.H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structural basis for membrane targeting by the MVB12-associated beta-prism domain of the human ESCRT-I MVB12 subunit.
著者: Boura, E. / Hurley, J.H.
履歴
登録2011年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月27日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multivesicular body subunit 12B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2281
ポリマ－17,2281
非ポリマー00
水4,053225
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.371, 52.607, 71.388
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Multivesicular body subunit 12B / ESCRT-I complex subunit MVB12B / Protein FAM125B


分子量: 17227.840 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 47-192 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C9orf28, FAM125B, MVB12B / プラスミド: pRSFD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9H7P6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.28 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 33% PEG 400, 0.1M Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 22-ID11
シンクロトロンAPS 22-ID20.9792, 0.9798, 0.9546
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 300 mm CCD1CCD2011年8月11日
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD2010年11月9日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111 CHANNELSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si 111 CHANNELMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.97921
30.97981
40.95461
反射解像度: 1.34→29.54 Å / Num. all: 27979 / Num. obs: 27812 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 1.34→1.36 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.017 / Rsym value: 0.52 / % possible all: 93.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
SHELXS位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.34→29.537 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 0 / σ(I): 2 / 位相誤差: 18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1931 1357 5.01 %RANDOM
Rwork0.1649 ---
obs0.1663 27073 --
all-27979 --
溶媒の処理減衰半径: 0.17 Å / VDWプローブ半径: 0.4 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 57.375 Å2 / ksol: 0.511 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2383 Å2-0 Å20 Å2
2---0.0195 Å20 Å2
3---0.2578 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.34→29.537 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1208 0 0 225 1433
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0141254
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4651700
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.197469
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09189
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007218
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.34-1.38770.26521010.24382228X-RAY DIFFRACTION85
1.3877-1.44320.22291310.20932402X-RAY DIFFRACTION92
1.4432-1.50890.23751370.19082486X-RAY DIFFRACTION94
1.5089-1.58840.17521290.17172527X-RAY DIFFRACTION96
1.5884-1.6880.19791390.16482578X-RAY DIFFRACTION98
1.688-1.81830.20441350.16182638X-RAY DIFFRACTION99
1.8183-2.00120.17451480.14522628X-RAY DIFFRACTION99
2.0012-2.29070.19881420.1452681X-RAY DIFFRACTION100
2.2907-2.88560.20751460.16092707X-RAY DIFFRACTION100
2.8856-29.5370.17521490.1672841X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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