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万見
- PDB-3tom: Crystal structure of an engineered cytochrome cb562 that forms 2D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tom
タイトルCrystal structure of an engineered cytochrome cb562 that forms 2D, Zn-mediated sheets
要素Soluble cytochrome b562
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / four helix bundle / electron transfer / periplasmic space
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c/b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Soluble cytochrome b562
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Brodin, J.B. / Tezcan, F.A.
引用ジャーナル: Nat Chem / 年: 2012
タイトル: Metal-directed, chemically tunable assembly of one-, two- and three-dimensional crystalline protein arrays.
著者: Jeffrey D Brodin / X I Ambroggio / Chunyan Tang / Kristin N Parent / Timothy S Baker / F Akif Tezcan /
要旨: Proteins represent the most sophisticated building blocks available to an organism and to the laboratory chemist. Yet, in contrast to nearly all other types of molecular building blocks, the designed ...Proteins represent the most sophisticated building blocks available to an organism and to the laboratory chemist. Yet, in contrast to nearly all other types of molecular building blocks, the designed self-assembly of proteins has largely been inaccessible because of the chemical and structural heterogeneity of protein surfaces. To circumvent the challenge of programming extensive non-covalent interactions to control protein self-assembly, we have previously exploited the directionality and strength of metal coordination interactions to guide the formation of closed, homoligomeric protein assemblies. Here, we extend this strategy to the generation of periodic protein arrays. We show that a monomeric protein with properly oriented coordination motifs on its surface can arrange, on metal binding, into one-dimensional nanotubes and two- or three-dimensional crystalline arrays with dimensions that collectively span nearly the entire nano- and micrometre scale. The assembly of these arrays is tuned predictably by external stimuli, such as metal concentration and pH.
履歴
登録2011年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Soluble cytochrome b562
B: Soluble cytochrome b562
C: Soluble cytochrome b562
D: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,38714
ポリマ－46,5284
非ポリマー2,85810
水3,207178
1
C: Soluble cytochrome b562
D: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6937
ポリマ－23,2642
非ポリマー1,4295
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3870 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area11140 Å2
手法PISA
2
A: Soluble cytochrome b562
B: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6937
ポリマ－23,2642
非ポリマー1,4295
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3740 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area11070 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8620 Å2
ΔGint-284 kcal/mol
Surface area21210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.690, 37.843, 138.489
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.610, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-130-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 106 / Label seq-ID: 1 - 106

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

-
要素

#1: タンパク質
Soluble cytochrome b562 / Cytochrome b-562


分子量: 11632.122 Da / 分子数: 4 / 断片: Soluble cytochrome b562
変異: D73H, K77H, R98C, Y101C, K27E, D28K, T31E, R34L, L38A, Q41L, H59R, D66A, V69M, L76A
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cybC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABE7
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.55 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: 8 mM ZnCl2 and 200 mM BISTRIS, pH 6, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月16日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→127.844 Å / Num. all: 19645 / Num. obs: 19645 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.108 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.3-2.423.60.4891.5986927720.48992.8
2.42-2.573.50.3122.3937726430.31292
2.57-2.753.60.2342.9878924700.23492.6
2.75-2.973.50.1614.4816023090.16192.7
2.97-3.253.50.1185.6758021570.11893.8
3.25-3.643.50.0946.9684419780.09495
3.64-4.23.50.1034.7622718040.10396.1
4.2-5.143.60.0579.8568315590.05798.8
5.14-7.273.70.05410.2457712390.05499.8
7.27-47.8023.50.0579.625347140.05799.6

-
位相決定

Phasing MRRfactor: 43.29 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å47.8 Å
Translation2.5 Å47.8 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.16データスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→47.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.854 / WRfactor Rfree: 0.2908 / WRfactor Rwork: 0.214 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.7811 / SU B: 21.241 / SU ML: 0.252 / SU R Cruickshank DPI: 0.769 / SU Rfree: 0.3394 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.339 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2858 1283 7.4 %RANDOM
Rwork0.2096 ---
obs0.2153 17350 94.41 %-
all-18379 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 92.77 Å2 / Biso mean: 36.7152 Å2 / Biso min: 15.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.43 Å20 Å2-0.77 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→47.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3240 0 178 178 3596
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0223480
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3722.1214740
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1665420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg44.31426.75160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.84715616
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5641512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2492
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212644
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3941.52120
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.72723352
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.37231360
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2344.51388
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 97 -
Rwork0.181 1149 -
all-1246 -
obs--92.43 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.62931.6436-0.43856.2949-0.89212.32220.0161-0.33460.2230.0152-0.03180.27680.11970.36360.01570.05520.05260.00490.1662-0.06390.0805-10.73160.563552.4275
24.37260.2101-4.18030.9764-0.50147.7550.25990.46020.425-0.14850.19230.1740.0805-0.5754-0.45230.08560.0115-0.02360.09790.06770.1993-26.80279.103544.3161
32.15870.84830.37757.501-1.05233.73490.284-0.1582-0.0662-0.1929-0.0375-0.47730.13140.694-0.24640.16030.02520.00720.2767-0.09530.1942.86866.030519.1174
42.51740.3788-3.72741.4083-0.08211.3094-0.11210.36660.2578-0.13050.24460.0290.7977-0.6611-0.13250.254-0.1087-0.07390.17330.03150.1417-14.2439-2.661213.463
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 106
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 106
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 106
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 106

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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