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万見
- PDB-3tog: HIV-1 Protease - Epoxydic Inhibitor Complex (pH 9 - Monoclinic Cr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tog
タイトルHIV-1 Protease - Epoxydic Inhibitor Complex (pH 9 - Monoclinic Crystal form P21)
要素Gag-Pol polyprotein
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HIV PR / epoxide (エポキシド) / in-crystal reaction / hydrolase (加水分解酵素) / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA stem-loop binding / 宿主 / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA ...RNA stem-loop binding / 宿主 / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / viral penetration into host nucleus / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNAポリメラーゼ / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / タンパク質分解 / DNA binding / zinc ion binding / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / リボヌクレアーゼH / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / ジンクフィンガー / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(S)-N-((2S,3S,4R,5R)-4-AMINO-3,5-DIHYDROXY-1,6-DIPHENYLHEXAN-2-YL)-3-METHYL-2-(2-PHENOXYACETAMIDO)BUTANAMIDE / Chem-079 / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.24 Å
データ登録者Geremia, S. / Olajuyigbe, F.M. / Demitri, N.
引用ジャーナル: Molecules / 年: 2016
タイトル: Developing HIV-1 Protease Inhibitors through Stereospecific Reactions in Protein Crystals.
著者: Olajuyigbe, F.M. / Demitri, N. / De Zorzi, R. / Geremia, S.
履歴
登録2011年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月12日Group: Other
改定 1.22014年10月29日Group: Structure summary
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42019年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.52023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gag-Pol polyprotein
B: Gag-Pol polyprotein
C: Gag-Pol polyprotein
D: Gag-Pol polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2649
ポリマ－42,9634
非ポリマー1,3025
水4,846269
1
A: Gag-Pol polyprotein
B: Gag-Pol polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1715
ポリマ－21,4812
非ポリマー6903
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4060 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area9930 Å2
手法PISA
2
C: Gag-Pol polyprotein
D: Gag-Pol polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0934
ポリマ－21,4812
非ポリマー6122
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4010 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area9700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.191, 62.136, 58.751
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.73, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Gag-Pol polyprotein / Pr160Gag-Pol / Matrix protein p17 / MA / Capsid protein p24 / CA / Spacer peptide p2 / Nucleocapsid ...Pr160Gag-Pol / Matrix protein p17 / MA / Capsid protein p24 / CA / Spacer peptide p2 / Nucleocapsid protein p7 / NC / Transframe peptide / TF / p6-pol / p6* / Protease / PR / Retropepsin / Reverse transcriptase/ribonuclease H / Exoribonuclease H / p66 RT / p51 RT / p15 / Integrase / IN


分子量: 10740.677 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP Residues 501-599 / 変異: Q507K L533I L563I C567A C595A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (BRU ISOLATE) (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag-pol / プラスミド: pET11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P03367, HIV-1 retropepsin, 逆転写酵素, DNAポリメラーゼ, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H
#2: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / ジメチルスルホキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-079 / (S)-N-((2S,3S,4R,5R)-4-amino-3,5-dihydroxy-1,6-diphenylhexan-2-yl)-3-methyl-2-(2-phenoxyacetamido)butanamide


タイプ: peptide-likeペプチド, Peptide-likeペプチド
クラス: 阻害剤 / 分子量: 533.658 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H39N3O5
参照: (S)-N-((2S,3S,4R,5R)-4-AMINO-3,5-DIHYDROXY-1,6-DIPHENYLHEXAN-2-YL)-3-METHYL-2-(2-PHENOXYACETAMIDO)BUTANAMIDE
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細EPOXYDIC INHIBITOR

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.78 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: Ammonium sulfate 40%, DMSO 10%, sodium citrate 0.25M. pH has been increased through ammonia diffusion, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.2 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月11日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.24→8.49 Å / Num. obs: 100510 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 1.24→1.31 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.469 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 2AVV

2avv


解像度: 1.24→8.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 1.195 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.063 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26978 2493 2.5 %RANDOM
Rwork0.24219 ---
obs0.24287 98016 97.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.909 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.24→8.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3024 0 90 269 3383
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.0223194
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2632.0114327
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7625400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.94524.476105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.31515578
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9141517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1530.2521
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0212275
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4091.51967
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.25423204
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.43231227
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3024.51119
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.24→1.272 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.403 190 -
Rwork0.382 6967 -
obs--96.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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