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- PDB-3tnm: Crystal structure of A32 Fab, an ADCC mediating anti-HIV-1 antibody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tnm
タイトルCrystal structure of A32 Fab, an ADCC mediating anti-HIV-1 antibody
要素
  • Fab heavy chain of human anti-HIV-1 Env antibody A32
  • Fab light chain of human anti-HIV-1 Env antibody A32
キーワードIMMUNE SYSTEM / ADCC / NON-NEUTRALIZING / ANTI-HIV-1 ENV ANTIBODY A32 / CD4i antibody / Fab / VIRAL GLYCOPROTEIN GP120 / HIV-1 Env
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / ACETATE ION
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Wu, X. / Pazgier, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Diverse specificity and effector function among human antibodies to HIV-1 envelope glycoprotein epitopes exposed by CD4 binding.
著者: Guan, Y. / Pazgier, M. / Sajadi, M.M. / Kamin-Lewis, R. / Al-Darmarki, S. / Flinko, R. / Lovo, E. / Wu, X. / Robinson, J.E. / Seaman, M.S. / Fouts, T.R. / Gallo, R.C. / DeVico, A.L. / Lewis, G.K.
履歴
登録2011年9月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月14日Group: Database references
改定 1.22021年4月21日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / struct_site
Item: _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.host_org_common_name ..._entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Fab heavy chain of human anti-HIV-1 Env antibody A32
L: Fab light chain of human anti-HIV-1 Env antibody A32
A: Fab heavy chain of human anti-HIV-1 Env antibody A32
B: Fab light chain of human anti-HIV-1 Env antibody A32
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,3578
ポリマ－95,1924
非ポリマー1654
水6,377354
1
H: Fab heavy chain of human anti-HIV-1 Env antibody A32
L: Fab light chain of human anti-HIV-1 Env antibody A32
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7265
ポリマ－47,5962
非ポリマー1303
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3620 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19080 Å2
手法PISA
2
A: Fab heavy chain of human anti-HIV-1 Env antibody A32
B: Fab light chain of human anti-HIV-1 Env antibody A32
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6313
ポリマ－47,5962
非ポリマー351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3850 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area18670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.780, 71.316, 77.673
Angle α, β, γ (deg.)103.69, 104.02, 105.40
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: 抗体 Fab heavy chain of human anti-HIV-1 Env antibody A32


分子量: 24766.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Fab light chain of human anti-HIV-1 Env antibody A32


分子量: 22829.080 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.47 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES sodium pH 7.5, 10% 2-Propanol, 20% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 59060 / % possible obs: 80 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rsym value: 0.107 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.571 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 2898 / Rsym value: 0.903 / % possible all: 89.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 8.494 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23203 3000 5.1 %RANDOM
Rwork0.18728 ---
all0.18957 3942 --
obs0.18957 56011 89.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.123 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.15 Å2-0.2 Å21.56 Å2
2---1.32 Å20.22 Å2
3---2.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6449 0 7 354 6810
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0226631
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5291.9499059
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7265853
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.66124.132242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.979151005
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3081522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.21027
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0215002
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3181.54278
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.01726941
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.45432353
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.2594.52118
LS精密化 シェル解像度: 1.853→1.901 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 198 -
Rwork0.26 3942 -
obs--86.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1906-0.3859-0.07190.80350.12060.16110.03130.0282-0.0007-0.035-0.06580.010.0183-0.01650.03450.08610.00610.00360.0789-0.00630.0822-14.508745.30846.7657
20.0395-0.15040.1051.0449-0.27010.40920.0333-0.0251-0.0053-0.1245-0.0313-0.00090.0029-0.1002-0.0020.09930.0176-0.00930.10330.01720.0181-15.452943.977730.516
30.24070.3387-0.0150.58430.14140.2511-0.0038-0.0194-0.0276-0.0006-0.0399-0.0240.0078-0.02330.04370.0651-0.0048-0.03470.09480.00440.09352.887125.361-6.0169
40.12280.0202-0.20660.8276-0.1240.3691-0.03160.03490.01690.07860.04350.03120.0275-0.0418-0.01190.0720.0081-0.04070.11650.02380.0385-0.50326.59379.7733
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1H1 - 214
2X-RAY DIFFRACTION2L4 - 208
3X-RAY DIFFRACTION3A1 - 214
4X-RAY DIFFRACTION4B4 - 208

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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