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- PDB-3tmy: CHEY FROM THERMOTOGA MARITIMA (MN-III) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tmy
タイトルCHEY FROM THERMOTOGA MARITIMA (MN-III)
要素CHEY PROTEIN
キーワードCHEMOTAXIS / PHOSPHORYL TRANSFER / SIGNAL TRANSDUCTION / MANGANESE BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


archaeal or bacterial-type flagellum-dependent cell motility / phosphorelay signal transduction system / chemotaxis / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chemotaxis protein CheY
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Usher, K.C. / De La Cruz, A. / Dahlquist, F.W. / Remington, S.J.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1998
タイトル: Crystal structures of CheY from Thermotoga maritima do not support conventional explanations for the structural basis of enhanced thermostability.
著者: Usher, K.C. / de la Cruz, A.F. / Dahlquist, F.W. / Swanson, R.V. / Simon, M.I. / Remington, S.J.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Magnesium Binding to the Bacterial Chemotaxis Protein Chey Results in Large Conformational Changes Involving its Functional Surface
著者: Bellsolell, L. / Prieto, J. / Serrano, L. / Coll, M.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1991
タイトル: Crystal Structure of Escherichia Coli Chey Refined at 1.7-A Resolution
著者: Volz, K. / Matsumura, P.
履歴
登録1997年6月4日処理サイト: BNL
改定 1.01997年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHEY PROTEIN
B: CHEY PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5794
ポリマ－26,4702
非ポリマー1102
水68538
1
A: CHEY PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2902
ポリマ－13,2351
非ポリマー551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CHEY PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2902
ポリマ－13,2351
非ポリマー551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)109.658, 64.719, 33.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.940939, 0.168462, -0.293692), (0.076435, -0.950728, -0.300455), (-0.329836, 0.260261, -0.907453)
ベクター: -10.07741, 55.72342, 6.31763)

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要素

#1: タンパク質 CHEY PROTEIN / TMY


分子量: 13234.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: CHEY / プラスミド: PQE12 / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 遺伝子 (発現宿主): CHEY / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K0641/RECA / 参照: UniProt: Q56312
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化pH: 7
詳細: 0.2M AMMONIUM SULFATE, 0.1M HEPES BUFFER (PH 7.0), 25% PEG 4000, 15MM MANGANESE CHLORIDE
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 mg/mlprotein1drop
215 mMmagnesium chloride1reservoir
30.2 Mammonium sulfate1reservoir
40.1 MHEPES1reservoir
525 %PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年9月15日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 12436 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.37 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.222 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 94
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
TNT5E精密化
SDMS(DCREDUCE)データ削減
SDMS(SCALE)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TMY

1tmy


解像度: 2.2→20 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL V1.0 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO
詳細: DISORDERED SIDE-CHAINS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY AND HAVE THEIR OCCUPANCY SET ARBITRARILY TO 0.0.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.182 --
all-12436 -
obs-12436 97 %
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET SCALING / Bsol: 576 Å2 / ksol: 1.03 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1800 0 2 38 1840
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01618261.5
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.4424383
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d19.411500
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.018482
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0212545
X-RAY DIFFRACTIONt_it7.918261
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.0272420
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
タイプ: t_plane_restr / Dev ideal: 0.021 / Weight: 5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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