PDB-3tl8: The AvrPtoB-BAK1 complex reveals two structurally similar kinasei...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tl8

タイトル

The AvrPtoB-BAK1 complex reveals two structurally similar kinaseinteracting domains in a single type III effector

要素

BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1-associated receptor kinase 1
Effector protein HopAB2

キーワード

TRANSFERASE/LIGASE / Plant immunity / Pseudomonas syringae / Solanum lycopersicum / PAMP-triggered immunity / Bacterial pathogenesis / TRANSFERASE-LIGASE complex

機能・相同性

機能・相同性情報

effector-mediated suppression of host pattern-triggered immunity / symbiont-mediated perturbation of host defense-related programmed cell death / receptor serine/threonine kinase binding / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / receptor protein-tyrosine kinase / defense response / transferase activity / endosome membrane / non-specific serine/threonine protein kinase ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Chai, J. / Cheng, W. / Gao, H.

引用

ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2011
タイトル: Structural Analysis of Pseudomonas syringae AvrPtoB Bound to Host BAK1 Reveals Two Similar Kinase-Interacting Domains in a Type III Effector.
著者: Cheng, W. / Munkvold, K.R. / Gao, H. / Mathieu, J. / Schwizer, S. / Wang, S. / Yan, Y.B. / Wang, J. / Martin, G.B. / Chai, J.

履歴

登録	2011年8月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb3tl8.ent.gz	524.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	3tl8_full_validation.pdf.gz	568.4 KB	表示
XML形式データ	3tl8_validation.xml.gz	63.9 KB	表示
CIF形式データ	3tl8_validation.cif.gz	85.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/3tl8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/3tl8	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2qkwS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2z3u-d 5y5l-1 1f24-d 2z3t-3 6t0l-d 2jjn-d 5gnm-2 3ol5-d 4cpp-d 5x2i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#248 - 2020年8月フィトスルホカイン受容体 (Phytosulfokine Receptor) 類似性 (6) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (3) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (2) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#248 - 2020年8月
フィトスルホカイン受容体 (Phytosulfokine Receptor)
類似性 (6)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (3)
#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (2)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1-associated receptor kinase 1

B: Effector protein HopAB2

D: BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1-associated receptor kinase 1

F: Effector protein HopAB2

G: BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1-associated receptor kinase 1

H: BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1-associated receptor kinase 1

K: Effector protein HopAB2

L: Effector protein HopAB2

213 kDa, 8 ポリマー
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1

A: BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1-associated receptor kinase 1

B: Effector protein HopAB2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.1 kDa, 2 ポリマー
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2

D: BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1-associated receptor kinase 1

F: Effector protein HopAB2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.1 kDa, 2 ポリマー
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3

G: BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1-associated receptor kinase 1

K: Effector protein HopAB2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.1 kDa, 2 ポリマー
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4

H: BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1-associated receptor kinase 1

L: Effector protein HopAB2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	106.836, 108.140, 83.247
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.67, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1-associated receptor kinase 1 / AtBAK1 / BRI1-associated receptor kinase 1 / Protein ELONGATED / Somatic embryogenesis receptor ...AtBAK1 / BRI1-associated receptor kinase 1 / Protein ELONGATED / Somatic embryogenesis receptor kinase 3 / AtSERK3 / Somatic embryogenesis receptor-like kinase 3 分子量: 40353.559 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 248-590 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: BAK1, ELG, SERK3, At4g33430, F17M5.190 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q94F62, receptor protein-tyrosine kinase, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質	Effector protein HopAB2 / Avirulence protein AvrPtoB / E3 ubiquitin-protein ligase 分子量: 12790.556 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 250-359 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア) 遺伝子: hopAB2, avrPtoB, PSPTO_3087 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q8RSY1, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	LEAVED OF PRESCISSION PROTEASE CUT SITE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.49 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.6M NH4Ac, PEG 3350 (v/v), pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月5日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→99 Å / Num. all: 65585 / Num. obs: 63725 / % possible obs: 86 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 2.5→55 Å / % possible all: 87.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SOLVE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: dev_596)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2QKW

2qkw

解像度: 2.5→24.141 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.56 / 位相誤差: 25.92 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2378	3247	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1836	-	-	-
obs	0.1864	56550	97.4 %	-
all	-	65540	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 45.661 Å² / k_sol: 0.321 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.6786 Å²	-0 Å²	4.7561 Å²
2-	-	6.6243 Å²	0 Å²
3-	-	-	-8.3028 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→24.141 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12456	0	0	188	12644

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	12645
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.06	17077
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.619	8127
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	1910
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2225

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.5-2.5373	0.3445	121	0.2807	2388	88
2.5373-2.5769	0.3362	130	0.2861	2492	92
2.5769-2.6191	0.3783	142	0.29	2519	94
2.6191-2.6642	0.3263	130	0.2634	2578	96
2.6642-2.7126	0.3551	145	0.2615	2592	97
2.7126-2.7647	0.2962	144	0.2304	2638	98
2.7647-2.8211	0.2807	141	0.2144	2654	98
2.8211-2.8823	0.3061	149	0.2226	2642	99
2.8823-2.9492	0.2968	147	0.2211	2636	99
2.9492-3.0229	0.312	150	0.2173	2667	99
3.0229-3.1044	0.298	128	0.21	2666	99
3.1044-3.1956	0.2534	149	0.1943	2655	99
3.1956-3.2985	0.2812	125	0.1947	2691	99
3.2985-3.4161	0.2408	140	0.1942	2682	99
3.4161-3.5524	0.2477	156	0.1897	2642	99
3.5524-3.7136	0.2359	141	0.1777	2688	99
3.7136-3.9086	0.2211	147	0.1674	2670	99
3.9086-4.1523	0.2232	158	0.1588	2680	99
4.1523-4.471	0.1836	126	0.1414	2696	99
4.471-4.9176	0.1809	160	0.145	2689	99
4.9176-5.6213	0.2405	134	0.1629	2701	99
5.6213-7.0528	0.2286	137	0.1911	2731	100
7.0528-24.1426	0.1717	147	0.1554	2481	90

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2486	-0.0876	0.0201	0.2699	0.092	0.2408	-0.0737	0.0237	0.0955	-0.2602	0.1094	-0.0231	0.1356	-0.1497	0.0364	0.2883	-0.1089	-0.0105	0.1846	0.0392	0.1326	8.8336	-4.7246	19.9695
2	0.1282	-0.0477	-0.0196	0.0478	-0.0316	0.1645	0.1465	0.1347	0.3857	-0.0137	-0.0821	0.1077	-0.4112	-0.0068	-0.0113	0.4995	0.0306	0.0427	0.2107	0.0577	0.5498	9.7526	19.1377	17.936
3	0.62	0.0098	-0.2461	0.2705	0.0384	0.107	0.0513	0.5382	-0.0249	-0.3833	-0.2462	-0.2707	-0.0852	-0.0321	0.069	0.5117	0.0797	0.1513	0.6072	0.1005	0.3723	28.6052	1.181	3.7529
4	0.1045	-0.013	-0.1748	0.0653	-0.0937	0.4821	-0.1717	0.4256	-0.1369	-0.0345	0.0544	-0.0273	-0.0681	-0.1474	-0.0097	0.214	-0.055	0.0094	0.7308	-0.043	0.2418	79.3927	-7.4211	-8.9155
5	0.7012	-0.1558	-0.437	0.2573	-0.2229	0.7275	-0.1117	0.1034	-0.3866	0.1435	-0.0396	0.0683	-0.0571	-0.2104	0.0642	0.1737	-0.0244	0.0333	0.2278	0.0192	0.2283	-4.3493	-10.4383	69.4358
6	0.0757	0.0373	-0.068	0.074	0.0093	0.103	-0.2536	-0.2132	-0.2719	-0.0535	-0.0271	0.0459	0.3234	0.6083	-0.2061	0.0404	0.4718	-0.0943	0.283	0.1732	0.1351	64.4867	-13.153	39.9528
7	0.2976	-0.0942	-0.0766	0.1463	-0.0542	0.2548	-0.0918	-0.6255	0.188	-0.0714	0.1556	-0.0647	-0.4483	0.4283	-0.0283	0.5248	-0.0165	-0.0625	0.6554	-0.1254	0.2842	68.0096	9.2581	48.7248
8	0.6018	0.159	-0.0656	0.1744	-0.0381	0.4506	-0.1913	0.2371	0.0514	-0.107	0.1021	0.0134	-0.0856	0.1059	0.0244	0.187	-0.0031	0.0027	0.2147	0.0097	0.1487	59.6804	-6.4094	8.8698
9	0.4559	0.2855	-0.1441	0.2727	-0.276	0.6372	0.1358	0.1812	0.5725	0.1364	0.0382	0.1506	-0.4231	0.1466	-0.0591	0.6071	-0.1338	-0.0207	0.4059	0.1206	0.5392	69.8293	15.6888	7.577
10	0.6108	-0.1723	-0.2072	0.063	0.0512	0.1599	-0.1008	-0.2862	-0.2043	0.0302	-0.117	0.0808	0.11	-0.1746	-0.0186	0.144	0.1337	-0.0093	0.7271	0.0378	0.2491	45.7853	-8.1613	57.8288
11	0.3763	-0.087	-0.2465	0.1931	0.0035	0.3095	-0.0109	-0.2736	0.0054	-0.003	0.0236	-0.1233	-0.0198	0.0888	-0.0167	0.1422	-0.0147	0.0156	0.2095	-0.0204	0.2238	14.5253	-8.1041	51.5012
12	0.1196	0.074	-0.0105	0.2553	-0.1116	0.2547	0.2556	-0.1618	0.5014	-0.0595	0.1164	-0.1044	-0.2716	0.1148	0.1847	0.3576	0.003	0.0767	0.2203	-0.2454	0.5064	7.8779	14.3219	59.5989

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resi 273:487
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resi 488:576
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain B
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain L
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain F
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain G and resi 274:487
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain G and resi 488:578
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain H and resi 274:487
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain H and resi 488:578
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain K
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain D and resi 274:487
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain D and resi 488:583

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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