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- PDB-3tl0: Structure of SHP2 N-SH2 domain in complex with RLNpYAQLWHR peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tl0
タイトルStructure of SHP2 N-SH2 domain in complex with RLNpYAQLWHR peptide
要素
  • RLNpYAQLWHR peptide
  • Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 11
キーワードHYDROLASE/Peptide / SH2 domain / Protein-protein interactions / phosphorylated tyrosine / HYDROLASE-Peptide complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cortisol secretion / intestinal epithelial cell migration / microvillus organization / negative regulation of growth hormone secretion / genitalia development / atrioventricular canal development / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / STAT5 Activation / Co-inhibition by BTLA / Netrin mediated repulsion signals ...negative regulation of cortisol secretion / intestinal epithelial cell migration / microvillus organization / negative regulation of growth hormone secretion / genitalia development / atrioventricular canal development / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / STAT5 Activation / Co-inhibition by BTLA / Netrin mediated repulsion signals / cerebellar cortex formation / positive regulation of hormone secretion / negative regulation of neutrophil activation / regulation of protein export from nucleus / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of ossification / Interleukin-37 signaling / Signaling by Leptin / hormone metabolic process / MET activates PTPN11 / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / negative regulation of chondrocyte differentiation / Signal regulatory protein family interactions / face morphogenesis / ERBB signaling pathway / platelet formation / triglyceride metabolic process / megakaryocyte development / organ growth / negative regulation of type I interferon production / Interleukin-20 family signaling / PI-3K cascade:FGFR3 / Interleukin-6 signaling / Co-inhibition by CTLA4 / Platelet sensitization by LDL / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / peptide hormone receptor binding / PI-3K cascade:FGFR2 / PI-3K cascade:FGFR4 / MAPK3 (ERK1) activation / PI-3K cascade:FGFR1 / Prolactin receptor signaling / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / regulation of cell adhesion mediated by integrin / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / MAPK1 (ERK2) activation / PECAM1 interactions / inner ear development / Bergmann glial cell differentiation / positive regulation of intracellular signal transduction / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / phosphoprotein phosphatase activity / RET signaling / Regulation of IFNA/IFNB signaling / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / PI3K Cascade / Co-inhibition by PD-1 / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / GAB1 signalosome / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / ephrin receptor signaling pathway / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / regulation of protein-containing complex assembly / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / Regulation of IFNG signaling / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / GPVI-mediated activation cascade / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / negative regulation of T cell proliferation / T cell costimulation / FRS-mediated FGFR2 signaling / hormone-mediated signaling pathway / cell adhesion molecule binding / FRS-mediated FGFR4 signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling / Tie2 Signaling / phosphotyrosine residue binding / FLT3 Signaling / protein-tyrosine-phosphatase / homeostasis of number of cells within a tissue / axonogenesis / Downstream signal transduction / positive regulation of mitotic cell cycle / protein tyrosine phosphatase activity / positive regulation of interferon-beta production / protein tyrosine kinase binding / cellular response to epidermal growth factor stimulus / DNA damage checkpoint signaling / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / integrin-mediated signaling pathway / positive regulation of D-glucose import / insulin receptor binding / Negative regulation of FGFR3 signaling / Negative regulation of FGFR2 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Negative regulation of FGFR1 signaling / negative regulation of insulin secretion / Spry regulation of FGF signaling
類似検索 - 分子機能
Protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type-6, -11 / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. ...Protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type-6, -11 / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 11
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Zhang, Y. / Zhang, J. / Yuan, C. / Hard, R.L. / Park, I.H. / Li, C. / Bell, C.E. / Pei, D.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Simultaneous binding of two peptidyl ligands by a SRC homology 2 domain.
著者: Zhang, Y. / Zhang, J. / Yuan, C. / Hard, R.L. / Park, I.H. / Li, C. / Bell, C. / Pei, D.
履歴
登録2011年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 11
B: RLNpYAQLWHR peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8243
ポリマ－13,7282
非ポリマー961
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1160 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area5670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.749, 62.749, 75.323
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 11 / Protein-tyrosine phosphatase 1D / PTP-1D / Protein-tyrosine phosphatase 2C / PTP-2C / SH-PTP2 / SHP- ...Protein-tyrosine phosphatase 1D / PTP-1D / Protein-tyrosine phosphatase 2C / PTP-2C / SH-PTP2 / SHP-2 / Shp2 / SH-PTP3


分子量: 12288.744 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal SH2 domain, (UNP residues 1-106) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPN11, PTP2C, SHPTP2 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q06124, protein-tyrosine-phosphatase
#2: タンパク質・ペプチド RLNpYAQLWHR peptide


分子量: 1439.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Peptide was synthesized with standard Fmoc.HBTU chemistry
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.45 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.1 M bis-Tris, 0.2 M Li2SO4, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.98 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2001年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→48.2 Å / Num. obs: 9943 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 46.5
反射 シェル解像度: 2.05→2.13 Å / 冗長度: 11.3 % / Rmerge(I) obs: 0.364 / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREPof CCP4位相決定
REFMAC5.5.0100精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1AYD

1ayd


解像度: 2.05→24.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 7.682 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23358 467 4.8 %RANDOM
Rwork0.1927 ---
obs0.19448 9354 98.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.269 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.29 Å20 Å20 Å2
2---0.29 Å20 Å2
3---0.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→24.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数831 0 5 23 859
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.021855
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0961.9651165
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5935104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.60324.41943
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.19415126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.902154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1660.2125
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021666
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5251.5523
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7212830
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7773332
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.9824.5335
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.212 26 -
Rwork0.212 691 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
120.7418-1.613-0.01620.97161.73829.2798-0.4294-0.0325-0.04070.60720.6326-0.23010.50290.6678-0.20320.22950.0386-0.03160.2078-0.06150.202225.9885.02526.377
25.25338.8569-0.758316.85951.17621.1772-0.188-0.108-0.7102-0.62760.4011-0.8129-0.35190.4226-0.21310.2336-0.10920.06070.2587-0.07110.163424.31.86214.97
30.64341.5573-0.05695.38470.95331.4641-0.36220.0916-0.1799-0.52680.215-0.023-0.39220.21820.14720.3045-0.0751-0.03650.1633-0.02280.12519.5348.37118.812
4-0.59871.4346-0.68234.0498-0.04361.3349-0.0873-0.04570.1284-0.43370.17820.0332-0.0276-0.013-0.09090.2251-0.0274-0.05380.1270.00130.204719.79920.54627.06
51.435-1.42122.12496.5793-2.1283.2902-0.0675-0.0810.0958-0.02860.02670.3196-0.02320.02770.04080.17990.0051-0.04120.1641-0.02010.1917.86116.1233.836
67.89454.0859-0.56136.93621.04261.74260.0458-0.23920.09650.0944-0.28570.28840.18170.0320.240.1829-0.035-0.03020.1812-0.00850.174812.4939.91331.955
73.3869-5.16180.42216.1563-19.72658.8933-0.2297-0.54340.9901-1.70610.31070.42992.2294-2.1635-0.0810.2781-0.1007-0.28630.0143-0.06930.5746.98812.03824.243
83.5417-6.28055.4399.44886.998916.1165-0.1909-0.56310.0178-0.6099-0.4362-0.0443-0.6283-0.8830.62720.180.0409-0.23940.27180.22940.4165.22413.02117.753
97.82625.4551-2.97385.1421-0.70225.8253-0.1837-0.2229-0.42170.19720.09110.4030.01550.29640.09260.192-0.0045-0.0080.1151-0.02280.184314.9291.25525.056
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 9
2X-RAY DIFFRACTION2A10 - 23
3X-RAY DIFFRACTION3A24 - 53
4X-RAY DIFFRACTION4A54 - 68
5X-RAY DIFFRACTION5A69 - 76
6X-RAY DIFFRACTION6A77 - 84
7X-RAY DIFFRACTION7A85 - 90
8X-RAY DIFFRACTION8A91 - 96
9X-RAY DIFFRACTION9A97 - 103

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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