PDB-3tkk: Crystal Structure Analysis of a recombinant predicted acetamidase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tkk

タイトル

Crystal Structure Analysis of a recombinant predicted acetamidase/ formamidase from the thermophile thermoanaerobacter tengcongensis

要素

Predicted acetamidase/formamidase

キーワード

HYDROLASE / Beta/Alpha structure

機能・相同性

Acetamidase/Formamidase / Acetamidase/Formamidase family / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / metal ion binding / Predicted acetamidase/formamidase

機能・相同性情報

生物種

Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Qian, M. / Huang, Q. / Wu, G. / Lai, L. / Tang, Y. / Pei, J. / Kusunoki, M.

引用

ジャーナル: PROTEIN J. / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure Analysis of a Recombinant Predicted Acetamidase/Formamidase from the Thermophile Thermoanaerobacter tengcongensis.
著者: Qian, M. / Huang, Q. / Wu, G. / Lai, L. / Tang, Y. / Pei, J. / Kusunoki, M.

履歴

登録	2011年8月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え	2011年11月16日	ID: 3MJJ
改定 1.0	2011年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年2月8日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tkk.cif.gz	468.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tkk.ent.gz	399.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tkk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3tkk_validation.pdf.gz	431.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tkk_full_validation.pdf.gz	468 KB	表示
XML形式データ	3tkk_validation.xml.gz	30.6 KB	表示
CIF形式データ	3tkk_validation.cif.gz	49.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/3tkk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/3tkk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3bhu-2 3dog-1 4cfu-2 3my5-2 1xnf-d 2wmb-2 4bco-2 4bcp-2 1ogu-2 5lmk-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Predicted acetamidase/formamidase

B: Predicted acetamidase/formamidase

C: Predicted acetamidase/formamidase

D: Predicted acetamidase/formamidase

ヘテロ分子

129 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Predicted acetamidase/formamidase

C: Predicted acetamidase/formamidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Predicted acetamidase/formamidase

D: Predicted acetamidase/formamidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.230, 152.882, 100.255
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.49, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	-2 - 299
2	1	1	4	B	-2 - 299
3	1	1	4	C	-2 - 299
4	1	1	4	D	-2 - 299

#1: タンパク質	Predicted acetamidase/formamidase 分子量: 32171.877 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア) 株: MB4T / 遺伝子: TTE1919 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA DE3 / 参照: UniProt: Q8R8S5
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 835 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.21 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M calcium acetate, 0.1M sodium cacodylate, 18%(W/V) PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月4日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: DOUBLE MIRROR / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.99→99.01 Å / Num. all: 81396 / Num. obs: 75255 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 17.8
反射シェル	解像度: 2→2.04 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.242 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 3778 / % possible all: 64.62

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SHARP		位相決定
REFMAC	5.4.0077	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.99→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 10.291 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R Free: 0.177 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23682	3985	5 %	RANDOM
R_work	0.17397	-	-	-
all	0.178	81396	-	-
obs	0.17716	75255	94.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.712 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.9 Å²	0 Å²	2.57 Å²
2-	-	-2.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.99→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9028	0	9	835	9872

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.028	0.022	9209
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.237	1.979	12392
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.861	5	1196
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.341	26.512	344
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.637	15	1656
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.287	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.176	0.2	1464
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	6664
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.602	2	5958
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.467	3	9552
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.329	2	3251
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.383	3	2840

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 2257 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	medium positional	0.55	0.5
B	medium positional	0.61	0.5
C	medium positional	0.5	0.5
D	medium positional	0.57	0.5
A	medium thermal	1.85	2
B	medium thermal	1.2	2
C	medium thermal	1.5	2
D	medium thermal	1.28	2

LS精密化シェル

解像度: 1.99→2.041 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.303	219	-
R_work	0.242	3778	-
obs	-	3778	64.62 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7855	-0.2056	-0.4668	2.7503	0.5765	1.0236	-0.0149	0.0421	-0.1547	-0.1758	-0.0151	-0.0372	-0.0063	-0.0496	0.03	0.0745	0.0073	-0.0764	0.1824	-0.0116	0.2739	4.621	19.509	0.785
2	0.8219	0.2141	-0.2242	1.9124	-0.8094	1.4945	-0.081	-0.0946	-0.1907	0.1231	0.1327	0.0479	0.199	-0.0997	-0.0517	0.4877	0.0278	0.132	0.2302	0.0264	0.3781	-23.416	12.575	49.438
3	0.5361	-0.6241	-0.1571	3.1068	0.2599	0.1346	0.1414	0.0426	0.1682	-0.3956	-0.037	-0.1862	-0.2038	-0.025	-0.1043	0.2874	0.0063	-0.0007	0.1805	0.0103	0.2828	2.084	51.956	4.062
4	0.8766	-0.3368	-0.0525	2.3071	0.353	0.984	-0.0844	-0.1229	0.212	0.1711	0.1104	-0.013	-0.3062	-0.0003	-0.026	0.5929	0.0544	0.1148	0.2393	-0.0439	0.3872	-24.172	44.649	51.888

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 299
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 299
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 299
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 299

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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