+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1xnf | ||||||
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Title | Crystal structure of E.coli TPR-protein NlpI | ||||||
Components | Lipoprotein nlpI | ||||||
Keywords | Structural genomics / Unknown function / NlpI / TPR / tetratricopeptide / lipoprotein | ||||||
Function / homology | Function and homology information peptidoglycan metabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / cell cycle / cell division / protein homodimerization activity / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 1.98 Å | ||||||
Authors | Wilson, C.G. / Kajander, T. / Regan, L. | ||||||
Citation | Journal: FEBS J. / Year: 2005 Title: The crystal structure of NlpI. A prokaryotic tetratricopeptide repeat protein with a globular fold. Authors: Wilson, C.G. / Kajander, T. / Regan, L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1xnf.cif.gz | 121.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1xnf.ent.gz | 99.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1xnf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/1xnf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/1xnf | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1 / Refine code: 6
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-Components
#1: Protein | Mass: 31679.707 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Gene: nlpi / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P39833, UniProt: P0AFB1*PLUS #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.82 Å3/Da / Density % sol: 56 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: HEPES, MgCl2, PEG400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X12C / Wavelength: 0.9785, 0.9795, 0.9500 | ||||||||||||
Detector | Type: CUSTOM-MADE / Detector: CCD / Date: Nov 18, 2003 | ||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 1.98→40 Å / Num. all: 91502 / Num. obs: 48199 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 40.4 | ||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.98→2.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.355 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 83.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 1.98→39.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 3.031 / SU ML: 0.085 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.134 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 20.004 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.98→39.84 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Number: 3532 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 1.98→2.031 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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