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- PDB-3tkk: Crystal Structure Analysis of a recombinant predicted acetamidase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tkk
タイトルCrystal Structure Analysis of a recombinant predicted acetamidase/ formamidase from the thermophile thermoanaerobacter tengcongensis
要素Predicted acetamidase/formamidase
キーワードHYDROLASE / Beta/Alpha structure
機能・相同性Acetamidase/Formamidase / Acetamidase/Formamidase family / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / metal ion binding / Predicted acetamidase/formamidase
機能・相同性情報
生物種Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Qian, M. / Huang, Q. / Wu, G. / Lai, L. / Tang, Y. / Pei, J. / Kusunoki, M.
引用ジャーナル: PROTEIN J. / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure Analysis of a Recombinant Predicted Acetamidase/Formamidase from the Thermophile Thermoanaerobacter tengcongensis.
著者: Qian, M. / Huang, Q. / Wu, G. / Lai, L. / Tang, Y. / Pei, J. / Kusunoki, M.
履歴
登録2011年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2011年11月16日ID: 3MJJ
改定 1.02011年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月8日Group: Database references
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Predicted acetamidase/formamidase
B: Predicted acetamidase/formamidase
C: Predicted acetamidase/formamidase
D: Predicted acetamidase/formamidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,15013
ポリマ－128,6884
非ポリマー4629
水15,043835
1
A: Predicted acetamidase/formamidase
C: Predicted acetamidase/formamidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5957
ポリマ－64,3442
非ポリマー2515
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4860 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area22400 Å2
手法PISA
2
B: Predicted acetamidase/formamidase
D: Predicted acetamidase/formamidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5556
ポリマ－64,3442
非ポリマー2114
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4860 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area22310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.230, 152.882, 100.255
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.49, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: 4 / Auth seq-ID: -2 - 299 / Label seq-ID: 1 - 301

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

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要素

#1: タンパク質
Predicted acetamidase/formamidase


分子量: 32171.877 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア)
株: MB4T / 遺伝子: TTE1919 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA DE3 / 参照: UniProt: Q8R8S5
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 835 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.21 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M calcium acetate, 0.1M sodium cacodylate, 18%(W/V) PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月4日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: DOUBLE MIRROR / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→99.01 Å / Num. all: 81396 / Num. obs: 75255 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 2→2.04 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.242 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 3778 / % possible all: 64.62

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.4.0077精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.99→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 10.291 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R Free: 0.177 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23682 3985 5 %RANDOM
Rwork0.17397 ---
all0.178 81396 --
obs0.17716 75255 94.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.712 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.9 Å20 Å22.57 Å2
2---2.15 Å20 Å2
3---0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9028 0 9 835 9872
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0229209
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2371.97912392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.86151196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.34126.512344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.637151656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.2871512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1760.21464
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0216664
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.60225958
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.46739552
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.32923251
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.38332840
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 2257 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Amedium positional0.550.5
Bmedium positional0.610.5
Cmedium positional0.50.5
Dmedium positional0.570.5
Amedium thermal1.852
Bmedium thermal1.22
Cmedium thermal1.52
Dmedium thermal1.282
LS精密化 シェル解像度: 1.99→2.041 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 219 -
Rwork0.242 3778 -
obs-3778 64.62 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7855-0.2056-0.46682.75030.57651.0236-0.01490.0421-0.1547-0.1758-0.0151-0.0372-0.0063-0.04960.030.07450.0073-0.07640.1824-0.01160.27394.62119.5090.785
20.82190.2141-0.22421.9124-0.80941.4945-0.081-0.0946-0.19070.12310.13270.04790.199-0.0997-0.05170.48770.02780.1320.23020.02640.3781-23.41612.57549.438
30.5361-0.6241-0.15713.10680.25990.13460.14140.04260.1682-0.3956-0.037-0.1862-0.2038-0.025-0.10430.28740.0063-0.00070.18050.01030.28282.08451.9564.062
40.8766-0.3368-0.05252.30710.3530.984-0.0844-0.12290.2120.17110.1104-0.013-0.3062-0.0003-0.0260.59290.05440.11480.2393-0.04390.3872-24.17244.64951.888
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 299
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 299
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 299
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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