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- PDB-3tji: CRYSTAL STRUCTURE OF AN ENOLASE FROM ENTEROBACTER sp. 638 (EFI TA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tji
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF AN ENOLASE FROM ENTEROBACTER sp. 638 (EFI TARGET EFI-501662) with BOUND MG
要素Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein
キーワードLYASE / Enolase / dehydratase / enzyme function initiative / EFI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid catabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
D-mannonate dehydratase-like / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 1. / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, conserved site / Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like ...D-mannonate dehydratase-like / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 1. / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, conserved site / Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-galactonate dehydratase family member Ent638_0932
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacter sp. 638 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Wasserman, S.R. / Morisco, L.L. / Hillerich, B. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. ...Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Wasserman, S.R. / Morisco, L.L. / Hillerich, B. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Zencheck, W.D. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of an enolase from enterobacter sp. 638 (efi target efi-501662) with boung mg
著者: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Wasserman, S.R. / Morisco, L.L. / Hillerich, B. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Zencheck, W.D. / Imker, ...著者: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Wasserman, S.R. / Morisco, L.L. / Hillerich, B. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Zencheck, W.D. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
履歴
登録2011年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月22日Group: Structure summary
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein
B: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein
C: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein
D: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,66625
ポリマ-189,6834
非ポリマー98321
23,9421329
1
A: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein
B: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein
C: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein
D: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein
ヘテロ分子

A: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein
B: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein
C: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein
D: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)381,33350
ポリマ-379,3678
非ポリマー1,96642
1448
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area56310 Å2
ΔGint-463 kcal/mol
Surface area86170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)182.150, 182.150, 104.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-482-

HOH

21B-519-

HOH

31B-944-

HOH

41C-460-

HOH

51C-692-

HOH

詳細biological unit is an octamer

-
要素

#1: タンパク質
Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein


分子量: 47420.836 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacter sp. 638 (バクテリア)
: strain C58 / 遺伝子: Ent638_0932 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A4W7D6
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1329 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.32 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: Protein (10 mM Hepes, pH 7.8, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 5 mM DTT, 5 mM MgCl2; Reservoir (2.5M NaCl, 100 mM Tris pH 7.5, 200 mM MgCl2); Cryoprotection (Reservoir + 20% glycerol), sitting drop ...詳細: Protein (10 mM Hepes, pH 7.8, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 5 mM DTT, 5 mM MgCl2; Reservoir (2.5M NaCl, 100 mM Tris pH 7.5, 200 mM MgCl2); Cryoprotection (Reservoir + 20% glycerol), sitting drop vapor diffuction, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.799→182.149 Å / Num. all: 162263 / Num. obs: 162263 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / Rsym value: 0.129 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.8-1.960.4971.5140503233920.49799.8
1.9-2.016.70.3582.1148620221640.35899.8
2.01-2.157.50.2742.6156469209070.27499.9
2.15-2.328.50.2253.1166142194970.22599.9
2.32-2.549.80.1863.4176609179930.186100
2.54-2.8411.20.153.9183311163460.15100
2.84-3.2812.20.1224.3176246144770.122100
3.28-4.0213.60.0955.1167506123010.095100
4.02-5.6913.70.0785.813223696430.078100
5.69-182.14913.10.0686.77280055430.06899.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.9データスケーリング
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345dtbデータ収集
MOSFLMデータ削減
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換
開始モデル: PDB entry 3GY1
解像度: 1.8→128.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 7.401 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2819 1966 1.2 %RANDOM
Rwork0.2519 ---
all0.2523 159493 --
obs0.2523 159493 98.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 38.23 Å2 / Biso mean: 12.595 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.52 Å20 Å20 Å2
2---0.52 Å20 Å2
3---1.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→128.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12620 0 46 1329 13995
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02213281
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2741.94118175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.76651651
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.50323.975644
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.933152050
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8791581
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.21955
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02110482
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5191.58125
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.904213191
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.60535156
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5084.54971
LS精密化 シェル解像度: 1.799→1.845 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 146 -
Rwork0.319 11667 -
all-11813 -
obs--99.4 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.84710.62460.42811.4610.86732.4931-0.0635-0.09550.39670.02-0.08030.15-0.13420.05030.14380.070.02440.01190.0052-0.02180.192233.05495.60156.453
20.30770.003-0.06270.3118-0.04080.36090.0059-0.03630.08230.0344-0.0010.0149-0.06090.0152-0.00480.04470.00610.00020.0146-0.01750.093536.21183.46461.755
31.04620.022-0.17220.55030.03820.4341-0.0049-0.06550.01880.0887-0.0166-0.02620.0020.02290.02150.04440.0089-0.00860.0375-0.0120.036949.63866.7475.893
40.61370.0497-0.05440.6901-0.14380.31410.0047-0.0550.09880.04960.00150.0395-0.0531-0.0095-0.00620.03520.00460.00210.0209-0.01130.058933.43278.56864.201
52.8594-0.68930.57931.1423-0.47540.8697-0.0067-0.07320.19270.0674-0.01430.0354-0.1304-0.14730.0210.0531-0.0014-0.01190.0516-0.02750.08158.02181.78970.053
61.3492-0.1127-0.42572.02051.32813.65230.0061-0.0897-0.1170.0929-0.01520.2343-0.0569-0.14310.00910.002-0.0070.01290.04680.00890.17841.25533.84857.429
70.2456-0.08510.0510.411-0.0540.4128-0.00170.0067-0.0476-0.0128-0.00060.09560.0206-0.06350.00230.0113-0.0140.00340.0352-0.0020.08911.10333.11553.713
82.74630.29170.27915.49750.53122.96110.0571-0.23520.07810.1274-0.05520.188-0.0357-0.1157-0.0020.0405-0.00450.04460.09960.0210.050819.5738.34487.573
90.8532-0.7090.532.4795-0.97980.6167-0.0362-0.15940.10090.23150.02960.1207-0.1393-0.05160.00660.1070.01020.0380.1075-0.02210.067922.72954.79781.106
100.35120.00730.08080.43740.03980.25780.0121-0.0434-0.02610.0597-0.00730.06530.0107-0.029-0.00480.0248-0.0040.01510.03760.00590.04922.1839.70567.748
112.3426-0.22111.54661.2222-1.04253.755-0.0570.21770.2257-0.045-0.0368-0.0506-0.09220.0860.09380.0698-0.01740.01120.02750.0070.15462.89995.96447.352
120.23850.036-0.00620.33270.05950.3864-0.00750.02270.082-0.01770.0028-0.0212-0.06540.02960.00470.0346-0.0109-0.00130.00960.01160.096263.04284.6245.553
136.1276-1.23370.08771.7856-0.16671.3550.00440.20340.3485-0.11620.03420.1451-0.0889-0.2137-0.03850.1157-0.00690.00220.08620.0560.117946.52876.54823.57
140.36490.04050.07680.39830.03920.3039-0.00950.0540.0632-0.05370.0096-0.0112-0.0388-0.01-0.00010.0409-0.00170.00950.02410.01810.059556.35273.39735.339
153.8733-0.33291.2410.9051.05590.7898-0.0230.15640.2706-0.1430.0587-0.0894-0.14170.1084-0.03570.0592-0.0008-0.00840.0540.03920.100738.85681.62834.578
160.56420.011-0.00590.907-0.07530.51870.0049-0.00190.0349-0.0117-0.01950.1136-0.0325-0.08110.01470.00420.01360.00040.0351-0.00410.08238.40263.49452.073
170.57-0.2983-0.28032.27931.86382.2090.03160.1553-0.0039-0.1298-0.05320.0594-0.0681-0.13120.02150.03080.0064-0.02210.06910.02670.064521.14960.46722.258
181.25171.4846-0.93143.474-1.62150.8688-0.05950.1618-0.0789-0.34350.06620.18290.2079-0.0445-0.00670.1182-0.0022-0.04130.1165-0.02590.080222.9140.67322.996
190.4404-0.0169-0.10140.3840.11390.38410.01430.04390.0228-0.0527-0.00560.0513-0.0092-0.0381-0.00870.02180.0016-0.0120.02910.00850.054122.94759.04337.48
201.3681-1.3016-1.20495.35491.30871.64110.02670.22420.0584-0.156-0.01880.2986-0.1092-0.0722-0.0080.0344-0.0029-0.03760.0517-0.00980.094215.2438.77334.559
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 18
2X-RAY DIFFRACTION2A19 - 165
3X-RAY DIFFRACTION3A166 - 253
4X-RAY DIFFRACTION4A254 - 381
5X-RAY DIFFRACTION5A382 - 399
6X-RAY DIFFRACTION6B3 - 18
7X-RAY DIFFRACTION7B19 - 126
8X-RAY DIFFRACTION8B127 - 148
9X-RAY DIFFRACTION9B149 - 194
10X-RAY DIFFRACTION10B195 - 399
11X-RAY DIFFRACTION11C3 - 18
12X-RAY DIFFRACTION12C19 - 147
13X-RAY DIFFRACTION13C148 - 165
14X-RAY DIFFRACTION14C166 - 381
15X-RAY DIFFRACTION15C382 - 399
16X-RAY DIFFRACTION16D3 - 116
17X-RAY DIFFRACTION17D117 - 154
18X-RAY DIFFRACTION18D155 - 196
19X-RAY DIFFRACTION19D197 - 381
20X-RAY DIFFRACTION20D382 - 399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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