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- PDB-3tj3: Structure of importin a5 bound to the N-terminus of Nup50 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tj3
タイトルStructure of importin a5 bound to the N-terminus of Nup50
要素
  • Importin subunit alpha-1
  • Nuclear pore complex protein Nup50
キーワードPROTEIN TRANSPORT / ARMADILLO repeat / nuclear import adaptor / NLS-bearing proteins / nucleo-cytoplasmic shuttling
機能・相同性
機能・相同性情報


satellite cell activation involved in skeletal muscle regeneration / skeletal muscle satellite cell proliferation / Inhibition of nitric oxide production / regulation of DNA recombination / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Defective TPR may confer susceptibility towards thyroid papillary carcinoma (TPC) / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA ...satellite cell activation involved in skeletal muscle regeneration / skeletal muscle satellite cell proliferation / Inhibition of nitric oxide production / regulation of DNA recombination / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Defective TPR may confer susceptibility towards thyroid papillary carcinoma (TPC) / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / NLS-dependent protein nuclear import complex / SUMOylation of SUMOylation proteins / Apoptosis induced DNA fragmentation / postsynapse to nucleus signaling pathway / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / SUMOylation of RNA binding proteins / Nuclear import of Rev protein / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / tRNA processing in the nucleus / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / regulation of canonical Wnt signaling pathway / nucleocytoplasmic transport / nuclear import signal receptor activity / Viral Messenger RNA Synthesis / nuclear localization sequence binding / NLS-bearing protein import into nucleus / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Integration of provirus / SUMOylation of DNA replication proteins / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / mRNA transport / nuclear pore / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / SUMOylation of chromatin organization proteins / HCMV Late Events / Transcriptional regulation by small RNAs / ISG15 antiviral mechanism / HCMV Early Events / protein import into nucleus / Interferon alpha/beta signaling / nuclear envelope / snRNP Assembly / nuclear membrane / regulation of apoptotic process / postsynaptic density / glutamatergic synapse / dendrite / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nuclear pore complex, NUP2/50/61 / NUP50 (Nucleoporin 50 kDa) / Ran binding domain / Ran binding protein RanBP1-like / RanBP1 domain / Ran binding domain type 1 profile. / Ran-binding domain / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily ...Nuclear pore complex, NUP2/50/61 / NUP50 (Nucleoporin 50 kDa) / Ran binding domain / Ran binding protein RanBP1-like / RanBP1 domain / Ran binding domain type 1 profile. / Ran-binding domain / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / PH-like domain superfamily / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Importin subunit alpha-5 / Nuclear pore complex protein Nup50
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.702 Å
データ登録者Pumroy, R. / Nardozzi, J.D. / Hart, D.J. / Root, M.J. / Cingolani, G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Nucleoporin Nup50 stabilizes closed conformation of armadillo repeat 10 in importin alpha 5.
著者: Pumroy, R.A. / Nardozzi, J.D. / Hart, D.J. / Root, M.J. / Cingolani, G.
履歴
登録2011年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月11日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Importin subunit alpha-1
C: Nuclear pore complex protein Nup50
B: Importin subunit alpha-1
D: Nuclear pore complex protein Nup50


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,4154
ポリマ－122,4154
非ポリマー00
水2,342130
1
A: Importin subunit alpha-1
C: Nuclear pore complex protein Nup50


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2072
ポリマ－61,2072
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4310 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area21350 Å2
手法PISA
2
B: Importin subunit alpha-1
D: Nuclear pore complex protein Nup50


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2072
ポリマ－61,2072
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4360 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area21290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.683, 98.291, 135.352
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 82:459 or resseq 466:506 )
211chain B and (resseq 82:459 or resseq 466:506 )
112chain C and (resseq 0:18 or resseq 23:46 )
212chain D and (resseq 0:18 or resseq 23:46 )

NCSアンサンブル:
ID
1
2
詳細THE QUATERNARY STRUCTURE IS A HETERODIMER OF IMPORTIN A5 AND NUP50.

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要素

#1: タンパク質 Importin subunit alpha-1 / importin alpha 5 / Karyopherin subunit alpha-1 / Nucleoprotein interactor 1 / NPI-1 / RAG cohort ...importin alpha 5 / Karyopherin subunit alpha-1 / Nucleoprotein interactor 1 / NPI-1 / RAG cohort protein 2 / SRP1-beta


分子量: 49401.328 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 66-512 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KPNA1, RCH2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52294
#2: タンパク質 Nuclear pore complex protein Nup50 / 50 kDa nucleoporin / Nuclear pore-associated protein 60 kDa-like / Nucleoporin Nup50


分子量: 11806.040 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 1-109) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUP50, NPAP60L, PRO1146 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UKX7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.58 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 24% PEG3350, 100 mM Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X6A10.976
シンクロトロンNSLS X2521.1
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2101CCD2011年6月20日
DECTRIS PILATUS 6M2PIXEL2011年4月15日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9761
21.11
反射解像度: 2.7→79.532 Å / Num. all: 29294 / Num. obs: 29294 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 26.86
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.15 / Num. unique all: 2820 / Rsym value: 0.618 / % possible all: 94.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2JDQ

2jdq


解像度: 2.702→15.028 Å / SU ML: 0.75 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2553 1350 5 %RANDOM
Rwork0.2149 ---
all0.217 ---
obs0.217 26999 88.96 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.132 Å2 / ksol: 0.301 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.2301 Å20 Å20 Å2
2---0.0863 Å2-0 Å2
3---11.3164 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.702→15.028 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7415 0 0 130 7545
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0057517
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79510189
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7492795
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521189
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031313
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A3254X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B3254X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.028
21C352X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22D352X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.026
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.702-2.79810.36841040.35092027X-RAY DIFFRACTION71
2.7981-2.90940.41911200.34022213X-RAY DIFFRACTION78
2.9094-3.04070.39521270.31532317X-RAY DIFFRACTION81
3.0407-3.19960.31941320.29022518X-RAY DIFFRACTION89
3.1996-3.39790.36111390.26952731X-RAY DIFFRACTION95
3.3979-3.65680.28411420.25322739X-RAY DIFFRACTION95
3.6568-4.01840.22421410.20542650X-RAY DIFFRACTION93
4.0184-4.58530.2031400.16542671X-RAY DIFFRACTION92
4.5853-5.72340.21721480.17442840X-RAY DIFFRACTION97
5.7234-15.02830.19391570.16342943X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.89370.9047-0.24816.0222-2.11913.306-0.2591-0.1673-0.31460.43120.1374-0.259-0.14350.0120.08180.333-0.0022-0.12270.1597-0.03670.201521.62017.8822-20.4581
22.66241.7361-0.15187.3589-0.1271.3797-0.34150.60120.1441-0.89760.39420.2557-0.02990.0624-0.02810.5087-0.14470.05420.55680.0310.324412.1008-26.2877-19.5491
36.4314-2.72430.11961.784-0.79964.484-0.1642-0.4648-0.5114-0.10230.2241-0.16160.4355-0.0043-0.14040.6095-0.07160.21770.4215-0.12140.598125.8628-53.4049-10.3664
49.322-1.7133-3.47550.95271.19091.7734-0.49550.42541.39990.56450.71721.9989-0.4566-0.2858-1.26250.69280.17730.21481.9218-0.22591.139512.7962-42.0755-1.0021
54.59871.9679-4.45313.5572-0.95754.68110.1539-1.0405-0.19590.9237-0.03540.0690.50690.41630.00440.6875-0.14650.05370.58810.12850.337318.2447-33.359-9.119
69.1817-1.48641.7942.0691-2.69299.0488-0.10761.293-0.1279-0.89720.058-1.07990.66560.68940.83020.8172-0.12040.11831.02110.08840.615724.4274-20.4846-19.8535
77.733-7.00151.88926.3395-1.75550.5618-0.1171-0.2399-1.07550.64470.30291.47410.2931-1.753-0.38471.3306-0.04690.52441.41510.49311.552332.5263-26.443-24.5239
88.4122-3.1280.09679.4608-0.98846.43950.2918-0.16640.29010.9401-0.1166-1.315-0.8480.92580.55930.6123-0.26110.22570.7533-0.24351.20943.7651-46.271-5.626
90.62350.64961.26755.08453.55179.11590.82430.628-0.30461.31390.5177-1.45051.31780.9864-1.2410.73090.2640.1950.9636-0.11231.138936.1464-62.9098-5.8441
105.9887-2.84120.07674.19120.4622.9666-0.3127-0.76041.2170.32520.2093-0.3768-0.597-0.14710.02340.77030.0206-0.26680.457-0.06740.823514.71216.750422.2687
111.6844-0.3222-0.16896.0341.7191.421-0.16960.0758-0.0148-0.31430.1888-0.17510.26740.1024-0.00340.31840.02760.03690.3582-0.01780.227824.2707-27.304119.4064
125.55272.7031.54063.59040.44783.6292-0.28730.2381-0.6560.27260.16270.21390.23050.0780.01730.58030.04530.1940.23640.09880.456114.1863-50.440111.3938
139.1278-2.36581.22784.7264-0.57697.72580.26240.4794-0.7719-0.58350.11260.2010.6033-0.1637-0.26160.5762-0.04550.15950.2890.03940.60275.6056-57.74145.1099
145.9817-0.31173.01290.1550.00341.7067-0.60180.49411.1264-0.2531-0.4715-0.3207-0.3058-1.1725-0.03150.91030.06920.43121.68910.11151.262423.516-41.9266-0.1856
152.316-2.4587-3.83275.26363.68546.4343-1.0530.11660.0438-1.0725-0.75510.97990.285-0.96370.22821.38450.1049-0.11910.5485-0.27760.347718.121-33.82758.4207
161.38562.69592.45125.42984.30558.7869-0.5287-1.73490.5229-1.3607-0.77161.247-1.2111-1.74091.4420.74710.1860.04510.7728-0.18261.153811.9823-21.622219.9358
172.43611.79921.29793.90782.2131.8160.2522-0.23681.68160.9489-0.04650.05980.21220.3148-0.71461.6668-0.36080.74140.8209-0.44352.35383.3854-28.677523.7102
185.46484.84263.68229.49992.67414.14311.8679-0.97351.21521.4217-0.5397-0.0788-2.198-0.284-0.91191.2087-0.0690.82560.56750.07261.5523-1.6295-40.475216.5879
199.30012.29620.20632.0816-0.38418.48460.71492.64790.6551-0.6183-0.68182.1089-0.0148-0.71480.28810.9960.4448-0.2110.9262-0.00021.0932-9.3298-48.4276-0.1075
206.8628-0.1296-2.17441.2136-1.93365.84260.7653-0.5941-0.7471-1.228-0.98540.4951.51680.86250.13010.91150.08230.24510.47040.10121.0015-0.2385-62.72682.7814
精密化 TLSグループ
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20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resseq 38:46)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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