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- PDB-3th1: Crystal structure of chlorocatechol 1,2-dioxygenase from Pseudomo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3th1
タイトルCrystal structure of chlorocatechol 1,2-dioxygenase from Pseudomonas putida
要素Chlorocatechol 1,2-dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Catechol 1 / 2-dioxygenase family / iron binding
機能・相同性
機能・相同性情報


catechol-containing compound metabolic process / catechol 1,2-dioxygenase activity / 酸化還元酵素; 分子状酸素を取り込み一電子供与する; オキシゲナーゼ類; 2分子の酸素を取り込む / catabolic process / ferric iron binding
類似検索 - 分子機能
Chlorocatechol 1,2-dioxygenase / Catechol dioxygenase, N-terminal / Catechol dioxygenase N terminus / Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A / Aromatic compound dioxygenase / Intradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / : / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, C-terminal / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, core / Dioxygenase ...Chlorocatechol 1,2-dioxygenase / Catechol dioxygenase, N-terminal / Catechol dioxygenase N terminus / Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A / Aromatic compound dioxygenase / Intradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / : / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, C-terminal / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, core / Dioxygenase / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / ACETATE ION / DITHIANE DIOL / : / Chlorocatechol 1,2-dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Rustiguel, J.K. / Nonato, M.C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of chlorocatechol 1,2-dioxygenase from Pseudomonas putida
著者: Rustiguel, J.K. / Barbosa, L.R.S. / Araujo, A.P.U. / Nonato, M.C.
履歴
登録2011年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.22023年9月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chlorocatechol 1,2-dioxygenase
B: Chlorocatechol 1,2-dioxygenase
C: Chlorocatechol 1,2-dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,24815
ポリマ－87,0743
非ポリマー2,17412
水30617
1
A: Chlorocatechol 1,2-dioxygenase
ヘテロ分子

A: Chlorocatechol 1,2-dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,09114
ポリマ－58,0492
非ポリマー2,04112
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area6150 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area22590 Å2
手法PISA
2
B: Chlorocatechol 1,2-dioxygenase
ヘテロ分子

C: Chlorocatechol 1,2-dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2028
ポリマ－58,0492
非ポリマー1,1536
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554y,-x+y,z-1/61
Buried area7460 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area22330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.570, 97.570, 423.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

3PH

21A-302-

3PH

31A-268-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Chlorocatechol 1,2-dioxygenase


分子量: 29024.676 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: clcA / プラスミド: PTYB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P11451, 酸化還元酵素; 分子状酸素を取り込み一電子供与する; オキシゲナーゼ類; 2分子の酸素を取り込む

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非ポリマー , 7種, 29分子

#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-DTD / DITHIANE DIOL / 1,2-ジチアン-4α,5β-ジオ-ル


分子量: 152.235 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2S2
#4: 化合物 ChemComp-3PH / 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / PHOSPHATIDIC ACID / ジステアロイルホスファチジン酸


分子量: 704.998 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H77O8P
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.2 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 14% PEG 8000 and 0.2 M magnesium acetate tetrahydrated, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.459 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月22日
詳細: Vertical collimator mirror and toroidal focusing mirror
放射モノクロメーター: Double Si(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.459 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→59.83 Å / Num. obs: 17523 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1.35 / Observed criterion σ(I): 3.1 / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.213 / Rsym value: 0.213 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 3.4→3.58 Å / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.692 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 0.692 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASERwizard位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BOY

2boy


解像度: 3.4→54.178 Å / SU ML: 0.83 / Isotropic thermal model: overall / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2787 1747 10 %
Rwork0.2265 --
obs0.2318 17465 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 55.41 Å2 / ksol: 0.333 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.3908 Å20 Å20 Å2
2--3.3908 Å2-0 Å2
3----7.2313 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→54.178 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5280 0 133 17 5430
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045563
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9987584
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2221934
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069851
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004988
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4001-3.50010.35281410.27771276X-RAY DIFFRACTION100
3.5001-3.6130.28681420.26841272X-RAY DIFFRACTION100
3.613-3.74210.27281410.25031271X-RAY DIFFRACTION100
3.7421-3.89190.30251400.23521258X-RAY DIFFRACTION100
3.8919-4.0690.27131430.22021287X-RAY DIFFRACTION100
4.069-4.28340.28271410.19941271X-RAY DIFFRACTION100
4.2834-4.55170.24961440.20311294X-RAY DIFFRACTION100
4.5517-4.90290.24871450.20091309X-RAY DIFFRACTION100
4.9029-5.39590.27321460.20031310X-RAY DIFFRACTION100
5.3959-6.17580.29681480.23141332X-RAY DIFFRACTION100
6.1758-7.77710.28421510.25361354X-RAY DIFFRACTION100
7.7771-54.18490.2741650.2261484X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.25570.4693-0.41562.0315-0.94682.32260.0922-0.23230.00990.2866-0.0755-0.3164-0.06320.16020.04040.4701-0.0392-0.05820.2287-0.00590.22151.4744-2.19073.0835
20.90330.0955-0.25720.8443-0.38941.6055-0.0791-0.15430.06740.0055-0.04050.259-0.1754-0.44550.08570.44260.0898-0.09940.2623-0.07470.243239.4349-18.141520.7848
31.49980.26060.22841.92010.46812.00350.0742-0.0374-0.06630.1839-0.1846-0.2682-0.15040.21350.12670.4954-0.0317-0.08480.1812-0.03210.252649.6051-20.400922.016
42.4859-0.2382-0.52041.47380.52611.2306-0.29690.4488-0.96460.25840.2993-0.0087-0.0141-0.72580.0960.3811-0.2503-0.17870.3815-0.47860.720629.0467-35.3964-11.8434
51.024-0.32750.11740.0926-0.06350.8981-0.14330.7456-0.6571-0.32-0.1309-0.4395-0.0920.13580.02621.0316-0.07440.58710.7909-0.41381.324360.693-40.3672-16.7828
64.4832-2.46510.1965.98854.22384.774-0.32021.1798-1.0213-0.1801-0.50090.35660.1615-0.27210.70110.7609-0.21710.30770.9416-0.35591.154757.9137-30.0228-18.221
70.7125-0.3742-0.81863.41011.50311.2912-0.2178-0.0014-0.7957-0.5622-0.0821-1.0750.24660.52190.19060.78050.07430.21930.4758-0.14130.858355.2874-36.6162-9.8379
81.1868-0.5015-0.17421.35820.33812.4583-0.3768-0.2223-0.5425-0.5775-0.0055-0.6050.0942-0.06790.25250.78740.05810.24530.2595-0.23040.621345.58357.851557.3062
92.14140.81080.47531.6483-0.14090.24390.1094-0.01320.29330.3879-0.59570.93990.4104-0.6810.38930.9897-0.12510.16780.7462-0.35390.929321.685-11.054353.6647
101.70290.58150.2222.3967-1.47932.53160.0895-0.24370.0685-0.0518-0.2380.41520.3136-1.17920.19840.8211-0.20250.22660.9821-0.34561.339316.5968-9.675749.2606
111.96770.53780.27962.72020.67432.2778-0.1879-0.1117-0.5984-0.3344-0.15810.66910.2342-0.42180.43250.944-0.17570.25910.6099-0.23170.99728.17-12.809851.6213
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 1:74)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 75:194)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 195:246)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resseq 1:65)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resseq 66:117)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resseq 118:137)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resseq 138:244)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resseq 1:54)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resseq 55:108)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resseq 109:147)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resseq 148:246)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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