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- PDB-3tgx: IL-21:IL21R complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tgx
タイトルIL-21:IL21R complex
要素
  • Interleukin-21
  • Interleukin-21 receptor
キーワードCYTOKINE/CYTOKINE RECEPTOR / Class I cytokine / Class I cytokine Receptor / sugarbridge / Fibronectin domain / Signaling / CYTOKINE-CYTOKINE RECEPTOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-21 receptor activity / T follicular helper cell differentiation / germinal center B cell differentiation / interleukin-2 receptor binding / positive regulation of tissue remodeling / Interleukin-21 signaling / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / cytokine receptor binding / tyrosine phosphorylation of STAT protein / natural killer cell activation ...interleukin-21 receptor activity / T follicular helper cell differentiation / germinal center B cell differentiation / interleukin-2 receptor binding / positive regulation of tissue remodeling / Interleukin-21 signaling / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / cytokine receptor binding / tyrosine phosphorylation of STAT protein / natural killer cell activation / cytokine receptor activity / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of interleukin-17 production / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of B cell proliferation / cell maturation / positive regulation of cytokine production / cytokine activity / cellular response to virus / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of type II interferon production / transmembrane signaling receptor activity / defense response to virus / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / signal transduction / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Interleukin-15/Interleukin-21 / Interleukin-15/Interleukin-21 family / Interleukin 15 / Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily ...Interleukin-15/Interleukin-21 / Interleukin-15/Interleukin-21 family / Interleukin 15 / Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-mannopyranose / NICKEL (II) ION / Interleukin-21 / Interleukin-21 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Hamming, O.J. / Kang, L. / Svenson, A. / Karlsen, J.L. / Rahbek-Nielsen, H. / Paludan, S.R. / Hjort, S.A. / Bondensgaard, K. / Hartmann, R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: The crystal structure of the interleukin 21 receptor bound to interleukin 21 reveals that a sugar chain interacting with the WSXWS motif is an integral part of the interleukin 21 receptor.
著者: Hamming, O.J. / Kang, L. / Svensson, A. / Karlsen, J.L. / Rahbek-Nielsen, H. / Paludan, S.R. / Hjorth, S.A. / Bondensgaard, K. / Hartmann, R.
履歴
登録2011年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Advisory / Database references
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Interleukin-21 receptor
B: Interleukin-21
C: Interleukin-21 receptor
D: Interleukin-21
E: Interleukin-21 receptor
F: Interleukin-21
G: Interleukin-21 receptor
H: Interleukin-21
I: Interleukin-21 receptor
J: Interleukin-21
K: Interleukin-21 receptor
L: Interleukin-21
M: Interleukin-21 receptor
N: Interleukin-21
O: Interleukin-21 receptor
P: Interleukin-21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)343,28275
ポリマ－328,59416
非ポリマー14,68959
水00
1
A: Interleukin-21 receptor
B: Interleukin-21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9169
ポリマ－41,0742
非ポリマー1,8427
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4800 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area17150 Å2
手法PISA
2
C: Interleukin-21 receptor
D: Interleukin-21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,05010
ポリマ－41,0742
非ポリマー1,9768
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5000 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area17440 Å2
手法PISA
3
E: Interleukin-21 receptor
F: Interleukin-21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9169
ポリマ－41,0742
非ポリマー1,8427
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4750 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area17100 Å2
手法PISA
4
G: Interleukin-21 receptor
H: Interleukin-21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,10911
ポリマ－41,0742
非ポリマー2,0349
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4920 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area17540 Å2
手法PISA
5
I: Interleukin-21 receptor
J: Interleukin-21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8588
ポリマ－41,0742
非ポリマー1,7846
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4760 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area17340 Å2
手法PISA
6
K: Interleukin-21 receptor
L: Interleukin-21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,88810
ポリマ－41,0742
非ポリマー1,8138
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4710 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area17310 Å2
手法PISA
7
M: Interleukin-21 receptor
N: Interleukin-21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6968
ポリマ－41,0742
非ポリマー1,6216
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4370 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area17020 Å2
手法PISA
8
O: Interleukin-21 receptor
P: Interleukin-21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,85010
ポリマ－41,0742
非ポリマー1,7768
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4550 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area17090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.230, 151.120, 364.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61
71
81
12
22
32
42
52
62
72
82

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 1:157 or resseq 162: 171 or resseq 174:207 or resseq 569:572 or resseq 580)
211chain C and (resseq 1:157 or resseq 162: 171 or resseq 174:207 or resseq 569:572 or resseq 580)
311chain E and (resseq 1:157 or resseq 162: 171 or resseq 174:207 or resseq 569:572 or resseq 580)
411chain G and (resseq 1:157 or resseq 162: 171 or resseq 174:207 or resseq 569:572 or resseq 580)
511chain I and (resseq 1:157 or resseq 162: 171 or resseq 174:207 or resseq 569:572 or resseq 580)
611chain K and (resseq 1:157 or resseq 162: 171 or resseq 174:207 or resseq 569:572 or resseq 580)
711chain M and (resseq 1:157 or resseq 162: 171 or resseq 174:207 or resseq 569:572 or resseq 580)
811chain O and (resseq 1:157 or resseq 162: 171 or resseq 174:207 or resseq 569:572 or resseq 580)
112chain B and (resseq 5:81 or resseq 93:119 or resseq 600:602 )
212chain D and (resseq 5:81 or resseq 93:119 or resseq 600:602 )
312chain F and (resseq 5:81 or resseq 93:119 or resseq 600:602 )
412chain H and (resseq 5:81 or resseq 93:119 or resseq 600:602 )
512chain J and (resseq 5:81 or resseq 93:119 or resseq 600:602 )
612chain L and (resseq 5:81 or resseq 93:119 or resseq 600:602 )
712chain N and (resseq 5:81 or resseq 93:119 or resseq 600:602 )
812chain P and (resseq 5:81 or resseq 93:119 or resseq 600:602 )

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 16分子 ACEGIKMOBDFHJLNP

#1: タンパク質
Interleukin-21 receptor / IL-21 receptor / IL-21R / Novel interleukin receptor


分子量: 25451.297 Da / 分子数: 8 / 断片: Interleukin 21 receptor extracellular domain / 変異: N78Q, N85Q, N106D, N116Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL21R, NILR, UNQ3121/PRO10273 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo Sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9HBE5
#2: タンパク質
Interleukin-21 / IL-21 / Za11


分子量: 15622.893 Da / 分子数: 8 / 断片: unp RESIDUES 23-155 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HBE4

-
糖 , 4種, 16分子

#3: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1219.105 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpa1-6DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpb1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1b_1-5]/1-1-2-3-3-3-4/a4-b1_a6-g1_b4-c1_c6-d1_d6-e1_e6-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}[(6+1)][b-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1056.964 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpb1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1b_1-5]/1-1-2-3-3-4/a4-b1_a6-f1_b4-c1_c6-d1_d6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}[(6+1)][b-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1056.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-3-4/a4-b1_a6-f1_b4-c1_c6-d1_d6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 43分子

#7: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#8: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.34 %
結晶化温度: 291.3 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 1,8-1,9 M di-Ammonium sulphate and 0.1 M Sodium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.3K

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→94.7 Å / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.187 / Net I/σ(I): 30.1
反射 シェル解像度: 2.8→3 Å / Rmerge(I) obs: 0.483 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 69.1

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.7.1_743) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.8→80.22 Å / SU ML: 0.87 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 28.93 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 5632 5 %
Rwork0.242 --
obs0.244 112594 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.47 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.8538 Å2-0 Å20 Å2
2--2.0307 Å20 Å2
3----6.5072 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→80.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20920 0 910 0 21830
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.02522436
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7930487
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.4118591
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1693402
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063786
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1683X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12C1683X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.656
13E1694X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.68
14G1694X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.655
15I1683X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.566
16K1683X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.682
17M1694X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.655
18O1683X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.817
21B850X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22D850X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.927
23F850X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.93
24H850X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.912
25J850X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.866
26L850X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.964
27N850X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.924
28P850X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.961
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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