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- PDB-3tgm: X-Ray Crystal Structure of Human Heme Oxygenase-1 in Complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tgm
タイトルX-Ray Crystal Structure of Human Heme Oxygenase-1 in Complex with 1-(1H-imidazol-1-yl)-4,4-diphenyl-2 butanone
要素Heme oxygenase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Alpha helix / oxidoreductase / heme / microsomes / oxidoreductase-oxidoreductase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of HMOX1 expression and activity / low-density lipoprotein particle clearance / cellular response to cisplatin / heme oxygenase (biliverdin-producing) / smooth muscle hyperplasia / heme oxidation / negative regulation of leukocyte migration / heme oxygenase (decyclizing) activity / wound healing involved in inflammatory response / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis ...Regulation of HMOX1 expression and activity / low-density lipoprotein particle clearance / cellular response to cisplatin / heme oxygenase (biliverdin-producing) / smooth muscle hyperplasia / heme oxidation / negative regulation of leukocyte migration / heme oxygenase (decyclizing) activity / wound healing involved in inflammatory response / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / heme catabolic process / cellular response to arsenic-containing substance / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / endothelial cell proliferation / erythrocyte homeostasis / negative regulation of ferroptosis / Heme degradation / epithelial cell apoptotic process / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of macroautophagy / The NLRP3 inflammasome / positive regulation of macroautophagy / regulation of angiogenesis / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of chemokine production / cellular response to cadmium ion / response to nicotine / Iron uptake and transport / macroautophagy / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / Heme signaling / response to hydrogen peroxide / Cytoprotection by HMOX1 / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of angiogenesis / cellular response to heat / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / angiogenesis / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / intracellular iron ion homeostasis / mitochondrial outer membrane / response to oxidative stress / intracellular signal transduction / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / regulation of transcription by RNA polymerase II / perinuclear region of cytoplasm / structural molecule activity / enzyme binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Haem oxygenase conserved site / Heme oxygenase signature. / Haem oxygenase / Haem oxygenase-like / Heme oxygenase / Heme oxygenase-like / Heme Oxygenase; Chain A / Haem oxygenase-like, multi-helical / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
1-(1H-imidazol-1-yl)-4,4-diphenylbutan-2-one / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEXANE-1,6-DIOL / Heme oxygenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Rahman, M.N. / Jia, Z.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: A novel, "double-clamp" binding mode for human heme oxygenase-1 inhibition.
著者: Rahman, M.N. / Vlahakis, J.Z. / Vukomanovic, D. / Lee, W. / Szarek, W.A. / Nakatsu, K. / Jia, Z.
履歴
登録2011年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月15日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heme oxygenase 1
B: Heme oxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7297
ポリマ－53,7972
非ポリマー1,9325
水46826
1
A: Heme oxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9244
ポリマ－26,8991
非ポリマー1,0253
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Heme oxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8053
ポリマ－26,8991
非ポリマー9072
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.610, 74.980, 115.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Heme oxygenase 1 / HO-1


分子量: 26898.615 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 1-233 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HMOX1, HO, HO1 / プラスミド: Delta233-HHO-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5-alpha
参照: UniProt: P09601, heme oxygenase (biliverdin-producing)
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-3TG / 1-(1H-imidazol-1-yl)-4,4-diphenylbutan-2-one


分子量: 290.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H18N2O
#4: 化合物 ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.97 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM HEPES (pH 7.5), 2.2 M ammonium sulfate, 0.95% 1,6-hexanediol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月4日 / 詳細: 3.3 Undulator (Undulator A)
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→20 Å / Num. obs: 11070 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.63 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 9.26
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.75-2.82.60.9721.4197.2
2.8-2.90.8211.84197.4
2.9-30.6572.36197.4
3-3.50.3044.76196.9
3.5-40.1110.63195.9
4-60.05616.39195.8
6-100.03621.14194.4
10-19.820.02724.8182.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1N3U Chain A

1n3u


解像度: 2.85→19.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 17.993 / SU ML: 0.347 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.451 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26377 554 5 %RANDOM
Rwork0.22312 ---
obs0.22516 10516 100 %-
all-12468 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 55.859 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.76 Å20 Å20 Å2
2---2.13 Å20 Å2
3---2.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→19.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3498 0 138 26 3662
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0223735
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.912.0485071
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.2315427
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.11423.923181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.52315635
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.7591526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2525
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0212866
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3281.52159
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.60223474
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.50331576
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.9124.51597
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.923 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 40 -
Rwork0.276 752 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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