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万見
- PDB-3tfp: Crystal Structure of Dehydrosqualene Synthase (CrtM) from S. aure... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tfp
タイトルCrystal Structure of Dehydrosqualene Synthase (CrtM) from S. aureus Complexed with BPH-1162
要素Dehydrosqualene synthase
キーワードTRANSFERASE/transferase inhibitor / Head-to-Head Prenyl Synthase / TRANSFERASE-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


4,4'-diapophytoene synthase / 15-cis-phytoene synthase activity / geranylgeranyl-diphosphate geranylgeranyltransferase activity / carotenoid biosynthetic process / farnesyltranstransferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Trans-isoprenyl diphosphate synthases, bacterial-type / Squalene/phytoene synthase, conserved site / Squalene and phytoene synthases signature 1. / Squalene/phytoene synthase / Trans-isoprenyl diphosphate synthases, head-to-head / Squalene/phytoene synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-03L / 4,4'-diapophytoene synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lin, F.-Y. / Liu, Y.-L. / Zhang, Y. / Oldfield, E.
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2012
タイトル: Dual dehydrosqualene/squalene synthase inhibitors: leads for innate immune system-based therapeutics.
著者: Lin, F.Y. / Zhang, Y. / Hensler, M. / Liu, Y.L. / Chow, O.A. / Zhu, W. / Wang, K. / Pang, R. / Thienphrapa, W. / Nizet, V. / Oldfield, E.
履歴
登録2011年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月23日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dehydrosqualene synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3034
ポリマ－34,7871
非ポリマー5153
水3,261181
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.246, 80.246, 92.196
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Dehydrosqualene synthase / 4 / 4'-diapophytoene synthase / DAP synthase / Diapophytoene synthase


分子量: 34787.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: crtM / プラスミド: pET32-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A9JQL9, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-03L / 2-({2-chloro-6-[(2,4-dichlorophenyl)sulfanyl]benzyl}carbamoyl)benzoic acid


分子量: 466.765 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H14Cl3NO3S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.07 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.2M Potassium sodium tartrate, 20% w/v PEG 3350, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→50 Å / Num. all: 26359 / Num. obs: 26333 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11.3 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 35.9
反射 シェル解像度: 1.93→1.96 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.696 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.6.4_486) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ZCQ

2zcq


解像度: 2→28.106 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2413 1187 5.07 %RANDOM
Rwork0.1917 ---
obs0.1942 23418 98.9 %-
all-22678 --
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.986 Å2 / ksol: 0.329 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.1513 Å20 Å2-0 Å2
2--1.1513 Å20 Å2
3----2.3026 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→28.106 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2392 0 31 181 2604
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052485
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8463354
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.958930
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059348
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003432
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.0910.27151440.20382646X-RAY DIFFRACTION96
2.091-2.20120.27561520.18962710X-RAY DIFFRACTION98
2.2012-2.33910.23581360.19862749X-RAY DIFFRACTION98
2.3391-2.51960.2261510.19182755X-RAY DIFFRACTION99
2.5196-2.77290.22961390.19962788X-RAY DIFFRACTION100
2.7729-3.17370.2641440.20772806X-RAY DIFFRACTION100
3.1737-3.99670.23721640.18522832X-RAY DIFFRACTION100
3.9967-28.10920.22981570.18192945X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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