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- PDB-3tes: Crystal Structure of Tencon -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tes
タイトルCrystal Structure of Tencon
要素Tencon
キーワードDE NOVO PROTEIN / Fibronectin type III domain / FN3 / consensus design
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Luo, J. / Jacobs, S. / Teplyakov, A. / Obmolova, G. / O'Neil, K. / Gilliland, G.
引用ジャーナル: Protein Eng.Des.Sel. / 年: 2012
タイトル: Design of novel FN3 domains with high stability by a consensus sequence approach.
著者: Jacobs, S.A. / Diem, M.D. / Luo, J. / Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Malia, T. / Gilliland, G.L. / O'Neil, K.T.
履歴
登録2011年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tencon
B: Tencon
C: Tencon
D: Tencon


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9954
ポリマ－42,9954
非ポリマー00
水2,144119
1
A: Tencon


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7491
ポリマ－10,7491
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Tencon


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7491
ポリマ－10,7491
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Tencon


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7491
ポリマ－10,7491
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Tencon


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7491
ポリマ－10,7491
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.720, 87.580, 56.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.92, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Tencon


分子量: 10748.873 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.57 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 3.5
詳細: 0.1 M sodium citrate, 6% PEG 4000, pH 3.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: VariMax HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 15396 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.078

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
StructureStudioデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→26.56 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 36.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2972 384 2.51 %Random
Rwork0.2419 ---
obs0.2432 15313 96.15 %-
all-15313 --
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.482 Å2 / ksol: 0.386 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.3614 Å2-0 Å2-14.0994 Å2
2---7.2761 Å20 Å2
3---10.6375 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→26.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2828 0 0 119 2947
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032903
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7883951
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0231051
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063447
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004514
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5002-2.86160.35721270.31084998X-RAY DIFFRACTION97
2.8616-3.60390.29061310.24155000X-RAY DIFFRACTION97
3.6039-26.56150.27891260.22054931X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.04180.03950.06240.4926-0.01810.1225-0.1224-0.11050.0079-0.02550.17260.2116-0.04950.0082-0.03990.12510.01360.02750.16110.01290.1369-4.538929.58716.4562
20.1581-0.10060.17610.4791-0.04710.217-0.0855-0.06040.09690.16480.0906-0.1547-0.10460.0124-0.01690.11910.00420.0290.1609-0.02320.169113.279429.831816.3807
30.42990.0802-0.04960.192-0.00510.32520.1588-0.0582-0.13790.0705-0.10910.0157-0.0246-0.069-0.02390.1154-0.0122-0.00890.10280.00460.09493.383753.685412.4296
40.5350.12810.11680.2813-0.08530.36190.1891-0.0351-0.18390.1357-0.017-0.04750.08790.0538-0.07760.1812-0.0079-0.03780.1337-0.00950.187822.374453.583219.545
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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