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- PDB-3teg: Bacterial and Eukaryotic Phenylalanyl-tRNA Synthetases Catalyze M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3teg
タイトルBacterial and Eukaryotic Phenylalanyl-tRNA Synthetases Catalyze Misaminoacylation of tRNAPhe with 3,4-Dihydroxy-L-Phenylalanine (L-Dopa)
要素Phenylalanyl-tRNA synthetase, mitochondrial
キーワードLIGASE / dopa / L-dopa / tRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


phenylalanine-tRNA ligase / Mitochondrial tRNA aminoacylation / phenylalanine-tRNA ligase activity / phenylalanyl-tRNA aminoacylation / tRNA aminoacylation for protein translation / tRNA processing / tRNA binding / mitochondrial matrix / mitochondrion / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phenylalanyl-tRNA synthetase, class IIc, mitochondrial / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain superfamily / Ferredoxin-fold anticodon binding domain / Ferredoxin-fold anticodon binding (FDX-ACB) domain profile. / Ferredoxin-fold anticodon binding domain / Phenylalanyl-tRNA synthetase / tRNA synthetases class II core domain (F) / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 ...Phenylalanyl-tRNA synthetase, class IIc, mitochondrial / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain superfamily / Ferredoxin-fold anticodon binding domain / Ferredoxin-fold anticodon binding (FDX-ACB) domain profile. / Ferredoxin-fold anticodon binding domain / Phenylalanyl-tRNA synthetase / tRNA synthetases class II core domain (F) / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3,4-DIHYDROXYPHENYLALANINE / Phenylalanine--tRNA ligase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2044 Å
データ登録者Moor, N. / Klipcan, L. / Safro, M.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2011
タイトル: Bacterial and Eukaryotic Phenylalanyl-tRNA Synthetases Catalyze Misaminoacylation of tRNA(Phe) with 3,4-Dihydroxy-L-Phenylalanine.
著者: Moor, N. / Klipcan, L. / Safro, M.G.
履歴
登録2011年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phenylalanyl-tRNA synthetase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7032
ポリマ－48,5061
非ポリマー1971
水5,603311
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.185, 90.587, 96.076
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Phenylalanyl-tRNA synthetase, mitochondrial / Phenylalanine--tRNA ligase / PheRS


分子量: 48506.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FARS1, FARS2, HSPC320 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95363, phenylalanine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-DAH / 3,4-DIHYDROXYPHENYLALANINE / L-DOPA / L-ド-パ


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 197.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.31 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2 mM DTT, 100 mM Bis-Tris Propane,1.8 M Na-acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.93 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月20日
放射モノクロメーター: Aluminium or Carbon foils / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→47.853 Å / Num. all: 24066 / Num. obs: 24066 / % possible obs: 96.42 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.2→2.29 Å / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3CMQ

3cmq


解像度: 2.2044→47.853 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2199 1236 5.14 %random
Rwork0.1686 ---
obs0.1712 24066 96.42 %-
all-24066 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 68.099 Å2 / ksol: 0.367 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.6529 Å20 Å20 Å2
2---0.2418 Å2-0 Å2
3----1.4111 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2044→47.853 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3353 0 14 311 3678
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073471
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9774705
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.791261
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069493
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004605
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2044-2.29270.28861450.22482426X-RAY DIFFRACTION95
2.2927-2.3970.25631460.20462524X-RAY DIFFRACTION98
2.397-2.52340.25521290.20052563X-RAY DIFFRACTION98
2.5234-2.68150.28191420.1942523X-RAY DIFFRACTION98
2.6815-2.88850.27711400.17752540X-RAY DIFFRACTION97
2.8885-3.17910.22391320.17042551X-RAY DIFFRACTION97
3.1791-3.6390.17611150.1412573X-RAY DIFFRACTION97
3.639-4.58420.19171510.12882520X-RAY DIFFRACTION95
4.5842-47.86410.20131360.17992610X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.593 Å / Origin y: 25.5924 Å / Origin z: 13.6206 Å
111213212223313233
T0.1422 Å20.0127 Å20.0223 Å2-0.1653 Å20.0146 Å2--0.1215 Å2
L0.4984 °2-0.0827 °2-0.0906 °2-1.6483 °20.1619 °2--0.5702 °2
S0.0433 Å °-0.0239 Å °0.0423 Å °-0.0093 Å °-0.0666 Å °0.0736 Å °-0.0412 Å °-0.0012 Å °0.0001 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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