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- PDB-3ted: Crystal structure of the Chd1 DNA-binding domain in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ted
タイトルCrystal structure of the Chd1 DNA-binding domain in complex with a DNA duplex
要素
  • 5'-D(*CP*CP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*GP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*CP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*GP*G)-3'
  • Chromo domain-containing protein 1
キーワードDNA binding protein/DNA / PROTEIN-DNA complex / DOUBLE HELIX / DNA DUPLEX / SANT and SLIDE domains / chromatin remodeling / DNA binding / nuclear / DNA binding protein-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleolar chromatin / regulation of transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / negative regulation of DNA-templated DNA replication / regulation of chromatin organization / SLIK (SAGA-like) complex / rDNA binding / DNA double-strand break processing / nucleosome organization / ATP-dependent chromatin remodeler activity / SAGA complex ...nucleolar chromatin / regulation of transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / negative regulation of DNA-templated DNA replication / regulation of chromatin organization / SLIK (SAGA-like) complex / rDNA binding / DNA double-strand break processing / nucleosome organization / ATP-dependent chromatin remodeler activity / SAGA complex / sister chromatid cohesion / termination of RNA polymerase II transcription / termination of RNA polymerase I transcription / ATP-dependent activity, acting on DNA / : / transcription elongation by RNA polymerase II / helicase activity / double-strand break repair via homologous recombination / chromatin DNA binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / site of double-strand break / histone binding / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / DNA binding / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1440 / Chromodomain helicase DNA-binding domain / Chromodomain helicase DNA-binding domain 1 / Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1-like, C-terminal domain / : / Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1-like, C-terminal / ATP-dependent helicase CHD1-2/hrp3 HTH domain / DUF4208 / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. ...Helix Hairpins - #1440 / Chromodomain helicase DNA-binding domain / Chromodomain helicase DNA-binding domain 1 / Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1-like, C-terminal domain / : / Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1-like, C-terminal / ATP-dependent helicase CHD1-2/hrp3 HTH domain / DUF4208 / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / Helix Hairpins / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Homeodomain-like / Helix non-globular / Special / Helicase conserved C-terminal domain / Homeobox-like domain superfamily / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Arc Repressor Mutant, subunit A / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Chromo domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Sharma, A. / Jenkins, K.R. / Heroux, A. / Bowman, G.D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: DNA-binding domain of Chd1 in complex with a DNA duplex
著者: Sharma, A. / Jenkins, K.R. / Heroux, A. / Bowman, G.D.
履歴
登録2011年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromo domain-containing protein 1
B: 5'-D(*CP*CP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*GP*C)-3'
C: 5'-D(*GP*CP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*GP*G)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8293
ポリマ－37,8293
非ポリマー00
水3,045169
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2560 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area17410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.670, 61.426, 76.771
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.17, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Chromo domain-containing protein 1 / ATP-dependent helicase CHD1


分子量: 30505.826 Da / 分子数: 1
断片: SANT/SLIDE DNA-binding domain, UNP residues 1006-1274
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CHD1, SYGP-ORF4, YER164W / プラスミド: pDEST17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 star (DE3)
参照: UniProt: P32657, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*GP*C)-3'


分子量: 3621.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: artificial AT-rich sequence; synthesized by Integrated DNA Technologies
#3: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*GP*G)-3'


分子量: 3701.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: artificial AT-rich sequence; synthesized by Integrated DNA Technologies
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.37 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 14-18% PEG 400 0.1 M BisTris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月24日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 22675 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 18.2 % / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 37.2
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 15 % / Rmerge(I) obs: 0.768 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Rsym value: 0.768 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2XB0

2xb0


解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 8.26 / SU ML: 0.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.177 / ESU R Free: 0.17 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24898 1214 5.1 %RANDOM
Rwork0.19262 ---
obs0.19546 22413 99.56 %-
all-21134 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.726 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.45 Å20 Å2-1.74 Å2
2--0.11 Å2-0 Å2
3----0.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1857 486 0 169 2512
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0182434
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021611
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.121.8343370
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2733933
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8045227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.3824.94387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.68515380
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.3041510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2346
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022322
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02472
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3961.51137
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0931.5463
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.74221826
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0831297
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6354.51544
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 84 -
Rwork0.281 1571 -
obs--96.56 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.58911.13122.99322.60110.82114.2922-0.13120.15520.4582-0.1490.0624-0.1335-0.39190.3490.06880.1693-0.0618-0.02790.03590.0060.06915.975913.532225.7692
26.551.41784.54983.83421.00345.39120.16140.199-0.4079-0.2445-0.02480.08550.3926-0.4059-0.13660.3019-0.074-0.00350.33150.04510.1636-24.09034.3015-0.0857
312.01113.3319-1.35158.51220.23747.9698-0.21830.73440.3612-0.68920.1278-0.3277-0.37350.50440.09040.2038-0.0789-0.07910.13220.08280.1184-0.209911.068113.7996
43.0011-0.5891-0.0465.65140.91283.3309-0.223-0.0893-0.13910.3040.13660.42310.1448-0.16380.08640.03860.00320.02360.01760.01450.0402-6.8763-6.954631.8164
52.79961.95072.2244.37020.62872.8025-0.15490.30630.0388-0.32960.00820.0575-0.03870.08420.14670.1216-0.00430.0450.2135-0.03310.0439-3.4494-8.053110.9382
65.4962.3767-1.97263.6494-0.38822.8177-0.20830.3021-0.0438-0.3060.1132-0.2505-0.02460.12190.0950.1536-0.0017-0.03380.19580.00590.0484-2.1013-6.743711.2584
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1006 - 1063
2X-RAY DIFFRACTION2A1064 - 1117
3X-RAY DIFFRACTION3A1118 - 1132
4X-RAY DIFFRACTION4A1133 - 1266
5X-RAY DIFFRACTION5B1 - 12
6X-RAY DIFFRACTION6C1 - 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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