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- PDB-3te6: Crystal Structure of the S. cerevisiae Sir3 AAA+ domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3te6
タイトルCrystal Structure of the S. cerevisiae Sir3 AAA+ domain
要素Regulatory protein SIR3
キーワードGENE REGULATION / Heterochromatin / Gene Silencing / SIR Complex / HMR / HML / Telomere / AAA+ domain / structural / Sir4 / Sir3 / Sir2 / Nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of protein-containing complex localization to telomere / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / telomere tethering at nuclear periphery / chromatin silencing complex / silent mating-type cassette heterochromatin formation / negative regulation of DNA replication / DNA replication origin binding / nucleosome binding / subtelomeric heterochromatin formation / heterochromatin ...establishment of protein-containing complex localization to telomere / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / telomere tethering at nuclear periphery / chromatin silencing complex / silent mating-type cassette heterochromatin formation / negative regulation of DNA replication / DNA replication origin binding / nucleosome binding / subtelomeric heterochromatin formation / heterochromatin / heterochromatin formation / double-strand break repair via nonhomologous end joining / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / nucleic acid binding / chromosome, telomeric region / chromatin binding / nucleolus / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Regulatory protein SIR3, C-terminal domain / AAA lid domain / AAA lid domain / : / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / BAH domain profile. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 ...Regulatory protein SIR3, C-terminal domain / AAA lid domain / AAA lid domain / : / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / BAH domain profile. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulatory protein SIR3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8001 Å
データ登録者Hassler, M. / Ladurner, A.G.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2011
タイトル: Structural basis for the role of the Sir3 AAA+ domain in silencing: interaction with Sir4 and unmethylated histone H3K79.
著者: Ehrentraut, S. / Hassler, M. / Oppikofer, M. / Kueng, S. / Weber, J.M. / Mueller, J.W. / Gasser, S.M. / Ladurner, A.G. / Ehrenhofer-Murray, A.E.
履歴
登録2011年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月14日Group: Database references
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulatory protein SIR3
B: Regulatory protein SIR3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,5112
ポリマ－73,5112
非ポリマー00
水724
1
A: Regulatory protein SIR3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7551
ポリマ－36,7551
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Regulatory protein SIR3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7551
ポリマ－36,7551
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.590, 47.019, 127.852
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.38, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Regulatory protein SIR3 / Silent information regulator 3


分子量: 36755.445 Da / 分子数: 2 / 断片: AAA+ domain (UNP Residues 530-845) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SIR3, CMT1, MAR2, STE8, YLR442C, L9753.10 / プラスミド: pET41 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P06701
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.27 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2 M ammonium sulfate, 2% (w/v) PEG 400, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月30日 / 詳細: toroidal focusing mirror
放射モノクロメーター: single crystal (Si 111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 26714 / Num. obs: 26332 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.67 % / Biso Wilson estimate: 79.966 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 9.31
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.453 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.633 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8001→43.378 Å / SU ML: 0.46 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 32.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 1271 5.1 %RANDOM
Rwork0.2186 ---
all0.2217 24929 --
obs0.2217 24929 93.35 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.45 Å2 / ksol: 0.326 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 74.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8001→43.378 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4602 0 0 4 4606
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014674
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2736309
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.5761700
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085740
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004802
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.8001-2.91220.45271220.36522307230783
2.9122-3.04470.40041180.31562436243687
3.0447-3.20510.4041360.29782552255291
3.2051-3.40590.35171280.26522649264994
3.4059-3.66870.30751510.23932685268597
3.6687-4.03770.23351400.19812755275598
4.0377-4.62140.25671570.17792764276498
4.6214-5.82020.23921670.19772753275397
5.8202-43.38290.24781520.20242757275794

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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