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- PDB-3tdv: Structure of the GDP complex of wild-type aminoglycoside 2'-phosp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tdv
タイトルStructure of the GDP complex of wild-type aminoglycoside 2'-phosphotransferase-IIIa
要素Gentamicin resistance protein
キーワードTRANSFERASE / kinase / phosphoryl transfer / antibiotic resistance / gentamicin
機能・相同性
機能・相同性情報


Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 / Aminoglycoside phosphotransferase (APH), C-terminal lobe / Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Gentamicin resistance protein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus gallinarum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Smith, C.A. / Vakulenko, S.B.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Aminoglycoside-2' phosphotransferase-IIIa (APH(2')-IIIa) prefers GTP over ATP: Structural templates for nucleotide recognition in the bacterial aminoglycoside-2' kinases.
著者: Smith, C.A. / Toth, M. / Frase, H. / Byrnes, L.J. / Vakulenko, S.B.
履歴
登録2011年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月14日Group: Database references
改定 1.22012年5月2日Group: Database references
改定 1.32020年2月26日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell
Item: _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gentamicin resistance protein
B: Gentamicin resistance protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,48910
ポリマ－69,4562
非ポリマー1,0328
水5,242291
1
A: Gentamicin resistance protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2445
ポリマ－34,7281
非ポリマー5164
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Gentamicin resistance protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2445
ポリマ－34,7281
非ポリマー5164
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.680, 54.650, 77.160
Angle α, β, γ (deg.)89.94, 103.83, 106.84
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Gentamicin resistance protein


分子量: 34728.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterococcus gallinarum (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P96762
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M lithium nitrate, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-325 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月1日
放射モノクロメーター: Si(222) liquid nitrogen cooled double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→38.5 Å / Num. obs: 30490 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.25 Å / Rmerge(I) obs: 0.335 / Mean I/σ(I) obs: 2.51 / % possible all: 94.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→38.452 Å / SU ML: 0.69 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 31.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2911 1567 5.14 %random 5%
Rwork0.2042 ---
obs0.2086 30488 95.19 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.624 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.7264 Å28.758 Å26.0154 Å2
2---4.4872 Å24.3936 Å2
3----6.2393 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→38.452 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4803 0 62 291 5156
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095036
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1826816
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.1391859
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072757
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005884
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.2710.32721200.26552601X-RAY DIFFRACTION94
2.271-2.35220.32591590.2462563X-RAY DIFFRACTION94
2.3522-2.44630.31481460.2332673X-RAY DIFFRACTION95
2.4463-2.55760.36261560.2382583X-RAY DIFFRACTION95
2.5576-2.69240.39221540.24652624X-RAY DIFFRACTION96
2.6924-2.86110.32911420.22342640X-RAY DIFFRACTION96
2.8611-3.08190.29431310.21162665X-RAY DIFFRACTION95
3.0819-3.39190.28191500.20042660X-RAY DIFFRACTION96
3.3919-3.88230.28021160.18862652X-RAY DIFFRACTION95
3.8823-4.88970.231310.1582641X-RAY DIFFRACTION96
4.8897-38.45770.25031620.18592621X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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