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- PDB-3tdt: COMPLEX OF TETRAHYDRODIPICOLINATE N-SUCCINYLTRANSFERASE WITH 2-AM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tdt
タイトルCOMPLEX OF TETRAHYDRODIPICOLINATE N-SUCCINYLTRANSFERASE WITH 2-AMINO-6-OXOPIMELATE AND COENZYME A
要素TETRAHYDRODIPICOLINATE N-SUCCINYLTRANSFERASE
キーワードACYLTRANSFERASE / LYSINE BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase / 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / nucleotidyltransferase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tetrahydrodipicolinate-N-succinyltransferase; Chain A, domain 1 / Tetrahydrodipicolinate-N-succinyltransferase, N-terminal domain / Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase, transferase hexapeptide repeat family / Tetrahydrodipicolinate-N-succinyltransferase, chain A, domain 1 / Tetrahydrodipicolinate-N-succinyltransferase, N-terminal domain superfamily / Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase N-terminal / Hexapeptide repeat of succinyl-transferase / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Hexapeptide repeat proteins ...Tetrahydrodipicolinate-N-succinyltransferase; Chain A, domain 1 / Tetrahydrodipicolinate-N-succinyltransferase, N-terminal domain / Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase, transferase hexapeptide repeat family / Tetrahydrodipicolinate-N-succinyltransferase, chain A, domain 1 / Tetrahydrodipicolinate-N-succinyltransferase, N-terminal domain superfamily / Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase N-terminal / Hexapeptide repeat of succinyl-transferase / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Hexapeptide repeat proteins / Hexapeptide repeat / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2-AMINO-6-OXOPIMELIC ACID / COENZYME A / 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium bovis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Beaman, T.W. / Blanchard, J.S. / Roderick, S.L.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: The conformational change and active site structure of tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase.
著者: Beaman, T.W. / Blanchard, J.S. / Roderick, S.L.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Three-Dimensional Structure of Tetrahydrodipicolinate N-Succinyltransferase
著者: Beaman, T.W. / Binder, D.A. / Blanchard, J.S. / Roderick, S.L.
#2: ジャーナル: Proteins / 年: 1996
タイトル: Crystallization and Preliminary Crystallographic Analysis of Tetrahydrodipicolinate-N-Succinyltransferase
著者: Binder, D.A. / Blanchard, J.S. / Roderick, S.L.
履歴
登録1998年5月6日処理サイト: BNL
改定 1.01998年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TETRAHYDRODIPICOLINATE N-SUCCINYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8763
ポリマ－29,9191
非ポリマー9572
水1,63991
1
A: TETRAHYDRODIPICOLINATE N-SUCCINYLTRANSFERASE
ヘテロ分子

A: TETRAHYDRODIPICOLINATE N-SUCCINYLTRANSFERASE
ヘテロ分子

A: TETRAHYDRODIPICOLINATE N-SUCCINYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,6279
ポリマ－89,7573
非ポリマー2,8706
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area18540 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area26790 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)96.000, 96.000, 72.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 TETRAHYDRODIPICOLINATE N-SUCCINYLTRANSFERASE / DAPD


分子量: 29918.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mycobacterium bovis (結核菌) / 細胞株: BL21 / 遺伝子: DAPD / プラスミド: PET3A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): DAPD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: P56220, 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 化合物 ChemComp-26P / 2-AMINO-6-OXOPIMELIC ACID / (2S)-2-アミノ-6-オキソヘプタン二酸


分子量: 189.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H11NO5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化pH: 8
詳細: 16 % (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 4000 100 MM TRIS, PH 8.0 200 MM AMMONIUM SULFATE 5 % (V/V) 2-PROPANOL 5 MM 2,3,4,5-TETRAHYDRODIPICOLINATE 20 MM COENZYME A
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
pH: 6.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110-13 %(w/v)PEG40001drop
294 mMMES1drop
394 mMammonium sulfate1drop
44.7 %(v/v)2-propanol1drop
516 mM(D,L)-2-aminopimelate1reservoir
62.5 mMCoA1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年2月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2 Å / Num. obs: 48370 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 31.2
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / Rsym value: 0.103 / % possible all: 87.2
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 87.2 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
TNT5E精密化
X-PLOR精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2TDT

2tdt


解像度: 2→99 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 886 5 %SHELLS
Rwork0.152 ---
all0.154 15867 --
obs0.154 15867 97.1 %-
溶媒の処理Bsol: 185 Å2 / ksol: 0.64 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2078 0 61 91 2230
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01921740.8
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.7129441.3
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d23.212810
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.011542
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0173155
X-RAY DIFFRACTIONt_it4.6742783
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.025810
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.225
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg23.20
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d0.0112
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.0175
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.27 / Rfactor obs: 0.21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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