PDB-3td7: Crysal structure of the mimivirus sulfhydryl oxidase R596

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3td7

タイトル

Crysal structure of the mimivirus sulfhydryl oxidase R596

要素

FAD-linked sulfhydryl oxidase R596

キーワード

OXIDOREDUCTASE / four helix-bundle / ORFan domain / Oxidase

機能・相同性

機能・相同性情報

flavin-dependent sulfhydryl oxidase activity / thiol oxidase / virion component
類似検索 - 分子機能

生物種

Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.21 Å

データ登録者

Hakim, M. / Fass, D.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Exploring ORFan domains in giant viruses: structure of mimivirus sulfhydryl oxidase R596.
著者: Hakim, M. / Ezerina, D. / Alon, A. / Vonshak, O. / Fass, D.

履歴

登録	2011年8月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年9月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年12月14日	Group: Database references
改定 1.2	2017年8月23日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3td7.cif.gz	65.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3td7.ent.gz	51.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3td7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/3td7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/3td7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gwl 3gwn 3p0k
類似構造データ	2eae-d 2ead-2 4hm1-d 1gju-d 2epl-d 2iyo-d 4ne9-2 6rgt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: FAD-linked sulfhydryl oxidase R596

ヘテロ分子

35 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: FAD-linked sulfhydryl oxidase R596

ヘテロ分子

A: FAD-linked sulfhydryl oxidase R596

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
70 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.306, 91.306, 200.790
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	FAD-linked sulfhydryl oxidase R596 分子量: 34202.867 Da / 分子数: 1 / 変異: C23A, C201A, C229A, C266A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス) 遺伝子: MIMI_R596, R596 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q5UP54, thiol oxidase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	3.53	65.18
2

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M HEPES, 200 mM magnesium chloride, 200 mM lithium sulfate, 5% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), and 15-20% (w/v) PEG 1500, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9766 Å
検出器	タイプ: Pilatus 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年5月29日
放射	モノクロメーター: Si(311) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9766 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.21→45 Å / Num. all: 25626 / Num. obs: 25063 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 19.3 % / R_sym value: 0.1 / Net I/σ(I): 18.9
反射シェル	解像度: 2.21→2.33 Å / 冗長度: 19.2 % / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 3431 / R_sym value: 0.743 / % possible all: 93.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
EDNA		データ収集
PHENIX		モデル構築
CNS	1.2	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.21→45 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	Selection details
R_free	0.253	1718	RANDOM
R_work	0.227	-	-
all	-	25047	-
obs	-	23329	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.21→45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2085	0	53	122	2260

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.07852
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.006669

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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