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万見
- PDB-3td5: Crystal structure of OmpA-like domain from Acinetobacter baumanni... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3td5
タイトルCrystal structure of OmpA-like domain from Acinetobacter baumannii in complex with L-Ala-gamma-D-Glu-m-DAP-D-Ala-D-Ala
要素
  • Outer membrane protein omp38
  • peptide(L-Ala-gamma-D-Glu-m-DAP-D-Ala-D-Ala)
キーワードMEMBRANE PROTEIN/PEPTIDE BINDING PROTEIN (生体膜) / OmpA-like fold / cell-wall attachment / peptidoglycan-binding / MEMBRANE PROTEIN-PEPTIDE BINDING PROTEIN complex (生体膜)
機能・相同性
機能・相同性情報


porin activity / pore complex / host cell mitochondrion / monoatomic ion transport / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Outer membrane protein beta-barrel domain / Outer membrane protein beta-barrel domain / OmpA-like domain / Outer membrane protein, bacterial / OmpA-like domain superfamily / OmpA family / OmpA-like domain / OmpA-like domain profile. / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; ...Outer membrane protein beta-barrel domain / Outer membrane protein beta-barrel domain / OmpA-like domain / Outer membrane protein, bacterial / OmpA-like domain superfamily / OmpA family / OmpA-like domain / OmpA-like domain profile. / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane protein Omp38
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Park, J.S. / Lee, W.C. / Song, J.H. / Kim, H.Y.
引用ジャーナル: Faseb J. / 年: 2012
タイトル: Mechanism of anchoring of OmpA protein to the cell wall peptidoglycan of the gram-negative bacterial outer membrane
著者: Park, J.S. / Lee, W.C. / Yeo, K.J. / Ryu, K.S. / Kumarasiri, M. / Hesek, D. / Lee, M. / Mobashery, S. / Song, J.H. / Kim, S.I. / Lee, J.C. / Cheong, C. / Jeon, Y.H. / Kim, H.Y.
履歴
登録2011年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月26日Group: Database references
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane protein omp38
B: Outer membrane protein omp38
C: Outer membrane protein omp38
D: Outer membrane protein omp38
E: Outer membrane protein omp38
F: Outer membrane protein omp38
G: Outer membrane protein omp38
H: Outer membrane protein omp38
I: peptide(L-Ala-gamma-D-Glu-m-DAP-D-Ala-D-Ala)
J: peptide(L-Ala-gamma-D-Glu-m-DAP-D-Ala-D-Ala)
K: peptide(L-Ala-gamma-D-Glu-m-DAP-D-Ala-D-Ala)
L: peptide(L-Ala-gamma-D-Glu-m-DAP-D-Ala-D-Ala)
M: peptide(L-Ala-gamma-D-Glu-m-DAP-D-Ala-D-Ala)
N: peptide(L-Ala-gamma-D-Glu-m-DAP-D-Ala-D-Ala)
O: peptide(L-Ala-gamma-D-Glu-m-DAP-D-Ala-D-Ala)
P: peptide(L-Ala-gamma-D-Glu-m-DAP-D-Ala-D-Ala)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,50922
ポリマ－115,29616
非ポリマー2136
水15,943885
1
A: Outer membrane protein omp38
B: Outer membrane protein omp38
I: peptide(L-Ala-gamma-D-Glu-m-DAP-D-Ala-D-Ala)
J: peptide(L-Ala-gamma-D-Glu-m-DAP-D-Ala-D-Ala)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8956
ポリマ－28,8244
非ポリマー712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Outer membrane protein omp38
D: Outer membrane protein omp38
K: peptide(L-Ala-gamma-D-Glu-m-DAP-D-Ala-D-Ala)
L: peptide(L-Ala-gamma-D-Glu-m-DAP-D-Ala-D-Ala)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8595
ポリマ－28,8244
非ポリマー351
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Outer membrane protein omp38
F: Outer membrane protein omp38
M: peptide(L-Ala-gamma-D-Glu-m-DAP-D-Ala-D-Ala)
N: peptide(L-Ala-gamma-D-Glu-m-DAP-D-Ala-D-Ala)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8956
ポリマ－28,8244
非ポリマー712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Outer membrane protein omp38
H: Outer membrane protein omp38
O: peptide(L-Ala-gamma-D-Glu-m-DAP-D-Ala-D-Ala)
P: peptide(L-Ala-gamma-D-Glu-m-DAP-D-Ala-D-Ala)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8595
ポリマ－28,8244
非ポリマー351
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.090, 162.610, 66.228
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.68, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Outer membrane protein omp38 / AbOmpA / Outer membrane protein ompA / Outer membrane protein ompAb


分子量: 13879.479 Da / 分子数: 8 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: omp38 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6RYW5
#2: タンパク質・ペプチド
peptide(L-Ala-gamma-D-Glu-m-DAP-D-Ala-D-Ala)


分子量: 532.544 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 885 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE PEPTIDOGLYCAN IN CHAINS I, J, K, L, M, N, O, P CORRESPONDS TO MURAMYL PENTAPEPTIDE. HOWEVER, ...THE PEPTIDOGLYCAN IN CHAINS I, J, K, L, M, N, O, P CORRESPONDS TO MURAMYL PENTAPEPTIDE. HOWEVER, THE SUGAR 1-O-METHYL-N-ACETYL-MURAMIC ACID (AMV) IS DISORDERED IN THE STRUCTURE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, 62.5%(v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月4日
放射モノクロメーター: Si(111) crystals / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→81.3 Å / Num. obs: 78672 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / % possible all: 92.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
CNS1.3精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TD3

3td3


解像度: 2→81.3 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2574 --RANDOM
Rwork0.2197 ---
obs-78672 92.2 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→81.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7950 0 6 885 8841
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005479
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.17514
LS精密化 シェル解像度: 2→2.07 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3439 --
Rwork0.3348 --
obs-7640 94.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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