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- PDB-4g88: Crystal structure of OmpA peptidoglycan-binding domain from Acine... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g88
タイトルCrystal structure of OmpA peptidoglycan-binding domain from Acinetobacter baumannii
要素Outer membrane protein Omp38
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / OmpA-like domain
機能・相同性
機能・相同性情報


porin activity / pore complex / host cell mitochondrion / monoatomic ion transport / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
: / Outer membrane protein beta-barrel domain / Outer membrane protein beta-barrel domain / OmpA-like domain / Outer membrane protein, bacterial / : / OmpA-like domain profile. / OmpA-like domain superfamily / OmpA family / OmpA-like domain ...: / Outer membrane protein beta-barrel domain / Outer membrane protein beta-barrel domain / OmpA-like domain / Outer membrane protein, bacterial / : / OmpA-like domain profile. / OmpA-like domain superfamily / OmpA family / OmpA-like domain / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,6-DIAMINOPIMELIC ACID / S,R MESO-TARTARIC ACID / Outer membrane protein Omp38
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Lee, W.C. / Song, J.H. / Park, J.S. / Kim, H.Y.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Enantiomer-dependent amino acid binding affinity of OmpA-like domains from Acinetobacter baumannii peptidoglycan-associated lipoprotein and OmpA
著者: Lee, W.C. / Park, J.S. / Song, J.H. / Kim, S.I. / Lee, J.C. / Cheong, J. / Kim, H.Y.
履歴
登録2012年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane protein Omp38
B: Outer membrane protein Omp38
C: Outer membrane protein Omp38
D: Outer membrane protein Omp38
E: Outer membrane protein Omp38
F: Outer membrane protein Omp38
G: Outer membrane protein Omp38
H: Outer membrane protein Omp38
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,85818
ポリマ－111,0368
非ポリマー1,82210
水12,683704
1
A: Outer membrane protein Omp38
C: Outer membrane protein Omp38
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1394
ポリマ－27,7592
非ポリマー3802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1730 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area12800 Å2
手法PISA
2
B: Outer membrane protein Omp38
D: Outer membrane protein Omp38
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2895
ポリマ－27,7592
非ポリマー5303
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2220 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area12540 Å2
手法PISA
3
E: Outer membrane protein Omp38
H: Outer membrane protein Omp38
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1394
ポリマ－27,7592
非ポリマー3802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1850 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area13150 Å2
手法PISA
4
F: Outer membrane protein Omp38
G: Outer membrane protein Omp38
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2895
ポリマ－27,7592
非ポリマー5303
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2230 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area12520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.520, 99.300, 98.120
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.950, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Outer membrane protein Omp38 / Outer membrane protein OmpA / Outer membrane protein OmpAb


分子量: 13879.479 Da / 分子数: 8 / 断片: peptidoglycan-binding domain, UNP residues 221-339 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: omp38, ompA / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6RYW5
#2: 化合物
ChemComp-API / 2,6-DIAMINOPIMELIC ACID / meso-ジアミノピメリン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 190.197 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H14N2O4
#3: 化合物 ChemComp-SRT / S,R MESO-TARTARIC ACID / meso-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 704 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.18 % / Mosaicity: 0.157 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 0.1M AMMONIUM TARTRATE, 15%-20% PEG 3350, pH 8, vapor diffusion, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 118342 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Χ2: 1.56 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.7-1.763.80.441117981.019199.9
1.76-1.833.80.334118091.0811100
1.83-1.913.80.252117781.1571100
1.91-2.023.80.182118021.2661100
2.02-2.143.80.128117651.3691100
2.14-2.313.80.102118541.4411100
2.31-2.543.80.082118121.5571100
2.54-2.913.80.073118591.9991100
2.91-3.663.70.057118842.6361100
3.66-503.70.039119812.082199.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
SERGUIデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2338 5974 5 %
Rwork0.2103 --
obs-118291 99.9 %
溶媒の処理Bsol: 40.9985 Å2
原子変位パラメータBiso max: 54.65 Å2 / Biso mean: 17.7575 Å2 / Biso min: 4.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.359 Å20 Å2-0.273 Å2
2--2.007 Å20 Å2
3---0.352 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7730 0 124 704 8558
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.277
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.0561.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.1292
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.512
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.1982.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7-1.760.28975820.2588111891177199.8
1.76-1.830.2716160.23921120111817100
1.83-1.910.25865860.22411118511771100
1.91-2.020.25375620.21711124711809100
2.02-2.140.24655640.20771119311757100
2.14-2.310.25236150.211123711852100
2.31-2.540.24276060.21021120811814100
2.54-2.910.24526340.2221121911853100
2.91-3.660.21885830.20971129911882100
3.66-500.19726260.1858113391196599.8
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION6API.paramAPI.top
X-RAY DIFFRACTION7TAR2.paramTAR.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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