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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3tco | ||||||
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タイトル | Crystallographic and spectroscopic characterization of Sulfolobus solfataricus TrxA1 provide insights into the determinants of thioredoxin fold stability | ||||||
![]() | Thioredoxin (TrxA-1) | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / disulfide oxidoreductase | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Esposito, L. / Ruggiero, A. / Masullo, M. / Ruocco, M.R. / Lamberti, A. / Arcari, P. / Zagari, A. / Vitagliano, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystallographic and spectroscopic characterizations of Sulfolobus solfataricus TrxA1 provide insights into the determinants of thioredoxin fold stability. 著者: Esposito, L. / Ruggiero, A. / Masullo, M. / Ruocco, M.R. / Lamberti, A. / Arcari, P. / Zagari, A. / Vitagliano, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 80.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 60.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 449.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 451.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3hhvS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12466.255 Da / 分子数: 3 / 断片: Truncated form (25-133) of Thioredoxin (TrxA-1) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.66 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 30% (w/v) PEG4000; 0.2 M Ammonium sulfate. Protein concentration 2-6 mg/ml., pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月12日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→23 Å / Num. all: 28596 / Num. obs: 26928 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 13.2 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / % possible all: 93.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3HHV 解像度: 1.9→22.48 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 273255.18 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 57.3096 Å2 / ksol: 0.409449 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→22.48 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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