PDB-3tcg: Crystal structure of E. coli OppA complexed with the tripeptide KGE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tcg

タイトル

Crystal structure of E. coli OppA complexed with the tripeptide KGE

要素

KGE Peptide
Periplasmic oligopeptide-binding protein

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / peptide-binding domain / Peptide-binding protein / peptide transport / ABC transporter

機能・相同性

機能・相同性情報

oligopeptide import across plasma membrane / oligopeptide binding / oligopeptide transport / peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / : / protein transport / outer membrane-bounded periplasmic space / response to heat / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Klepsch, M.M. / Kovermann, M. / Low, C. / Balbach, J. / de Gier, J.W. / Slotboom, D.J. / Berntsson, R.P.-A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Escherichia coli peptide binding protein OppA has a preference for positively charged peptides.
著者: Klepsch, M.M. / Kovermann, M. / Low, C. / Balbach, J. / Permentier, H.P. / Fusetti, F. / de Gier, J.W. / Slotboom, D.J. / Berntsson, R.P.

履歴

登録	2011年8月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年1月11日	Group: Database references
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Advisory / Author supporting evidence カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
改定 1.3	2024年11月27日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tcg.cif.gz	1.6 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tcg.ent.gz	1.3 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tcg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3tcg_validation.pdf.gz	480.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tcg_full_validation.pdf.gz	522.9 KB	表示
XML形式データ	3tcg_validation.xml.gz	199.5 KB	表示
CIF形式データ	3tcg_validation.cif.gz	265.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/3tcg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/3tcg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tcfC 3tchC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1b1h-d 1b4h-d 3tcf-1 1b52-d 1b58-d 3o9p-d 6tfx-1 1b5i-d 1b3h-d 1jev-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Periplasmic oligopeptide-binding protein

B: Periplasmic oligopeptide-binding protein

C: Periplasmic oligopeptide-binding protein

D: Periplasmic oligopeptide-binding protein

E: Periplasmic oligopeptide-binding protein

F: Periplasmic oligopeptide-binding protein

G: Periplasmic oligopeptide-binding protein

H: Periplasmic oligopeptide-binding protein

I: KGE Peptide

J: KGE Peptide

K: KGE Peptide

L: KGE Peptide

M: KGE Peptide

N: KGE Peptide

O: KGE Peptide

P: KGE Peptide

478 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Periplasmic oligopeptide-binding protein

I: KGE Peptide

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
59.7 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Periplasmic oligopeptide-binding protein

J: KGE Peptide

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根拠: gel filtration, light scattering
59.7 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Periplasmic oligopeptide-binding protein

K: KGE Peptide

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
59.7 kDa, 2 ポリマー
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4

D: Periplasmic oligopeptide-binding protein

L: KGE Peptide

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
59.7 kDa, 2 ポリマー
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5

E: Periplasmic oligopeptide-binding protein

M: KGE Peptide

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
59.7 kDa, 2 ポリマー
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6

F: Periplasmic oligopeptide-binding protein

N: KGE Peptide

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
59.7 kDa, 2 ポリマー
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7

G: Periplasmic oligopeptide-binding protein

O: KGE Peptide

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
59.7 kDa, 2 ポリマー
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8

H: Periplasmic oligopeptide-binding protein

P: KGE Peptide

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根拠: gel filtration, light scattering
59.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	62.487, 201.308, 206.947
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.570, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:

ID
1
2

詳細

THE PERIPLASMIC OLIGOPEPTIDE-BINDING PROTEIN HAS BEEN VERIFIED TO BE A MONOMER BY GEL FILTRATION AND LIGHT SCATTERING

#1: タンパク質	Periplasmic oligopeptide-binding protein 分子量: 59387.629 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b1243, JW1235, oppA / プラスミド: pET11b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P23843
#2: タンパク質・ペプチド	KGE Peptide 分子量: 333.361 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2959 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.64 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG 8000, glycerol, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.972 Å

検出器

検出器: CCD / 日付: 2010年2月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.972 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 341284 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 27.976 Å² / R_merge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 10.16

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	Diffraction-ID	% possible all
2-2.12	0.574	2.57	200512	53975	1	97.5
2.12-2.26	0.386	3.79	196510	52027	1	99.9
2.26-2.44	0.275	5.02	183415	48402	1	99.9
2.44-2.68	0.189	7.09	168786	44537	1	99.9
2.68-2.99	0.121	10.35	152340	40353	1	99.8
2.99-3.45	0.076	15.47	133346	35563	1	99.6
3.45-4.22	0.051	21.75	110943	30018	1	99.6
4.22-5.95	0.042	25.36	84713	23327	1	99.6

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 35.36 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	48.89 Å
Translation	2.5 Å	48.89 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→48.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.907 / WR_factor R_free: 0.228 / WR_factor R_work: 0.1865 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8517 / SU B: 8.45 / SU ML: 0.127 / SU R Cruickshank DPI: 0.1827 / SU R_free: 0.1667 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2446	17050	5 %	RANDOM
R_work	0.1992	-	-	-
obs	0.2015	340991	99.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 75.76 Å² / B_iso mean: 25.062 Å² / B_iso min: 7.51 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→48.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	33160	0	0	2959	36119

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	34200
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	22799
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.17	1.951	46657
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.849	3.001	55883
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.581	5	4178
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.645	24.987	1576
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.794	15	5675
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.266	15	136
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	5114
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	37982
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	6666

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	6889	LOOSE POSITIONAL	0.34	5
1	B	6889	LOOSE POSITIONAL	0.32	5
1	C	6889	LOOSE POSITIONAL	0.31	5
1	D	6889	LOOSE POSITIONAL	0.29	5
1	E	6889	LOOSE POSITIONAL	0.33	5
1	F	6889	LOOSE POSITIONAL	0.31	5
1	G	6889	LOOSE POSITIONAL	0.33	5
1	H	6889	LOOSE POSITIONAL	0.37	5
1	A	6889	LOOSE THERMAL	1.85	10
1	B	6889	LOOSE THERMAL	1.42	10
1	C	6889	LOOSE THERMAL	1.42	10
1	D	6889	LOOSE THERMAL	1.37	10
1	E	6889	LOOSE THERMAL	1.59	10
1	F	6889	LOOSE THERMAL	1.42	10
1	G	6889	LOOSE THERMAL	1.34	10
1	H	6889	LOOSE THERMAL	2.5	10
2	I	40	MEDIUM POSITIONAL	0.8	0.5
2	J	40	MEDIUM POSITIONAL	0.8	0.5
2	K	40	MEDIUM POSITIONAL	0.81	0.5
2	L	40	MEDIUM POSITIONAL	0.85	0.5
2	M	40	MEDIUM POSITIONAL	0.77	0.5
2	N	40	MEDIUM POSITIONAL	0.86	0.5
2	O	40	MEDIUM POSITIONAL	0.79	0.5
2	P	40	MEDIUM POSITIONAL	0.76	0.5
2	I	40	MEDIUM THERMAL	1.68	2
2	J	40	MEDIUM THERMAL	2.22	2
2	K	40	MEDIUM THERMAL	2.16	2
2	L	40	MEDIUM THERMAL	2.29	2
2	M	40	MEDIUM THERMAL	1.95	2
2	N	40	MEDIUM THERMAL	2.6	2
2	O	40	MEDIUM THERMAL	0.76	2
2	P	40	MEDIUM THERMAL	3.49	2

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.322	1238	-
R_work	0.287	23536	-
all	-	24774	-
obs	-	-	99.39 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4857	-0.2305	0.154	0.7807	-0.2108	0.6416	-0.0182	0.0391	0.0059	0.0076	-0.0315	-0.1138	-0.0054	0.0787	0.0497	0.0086	0.0007	-0.0178	0.0891	-0.0094	0.0606	13.829	-22.1727	11.8986
2	0.5009	0.2596	0.1419	1.2222	0.1779	0.7141	-0.0158	-0.0279	-0.0072	0.1185	-0.0428	0.2828	-0.021	-0.1007	0.0586	0.0258	0.0248	0.0485	0.0875	0.0179	0.1142	-25.0893	78.4549	92.6981
3	0.3061	-0.314	-0.0656	1.3449	0.3366	0.825	0.0274	0.0153	-0.0075	-0.1025	0.0007	-0.0829	-0.0665	0.029	-0.0281	0.0205	-0.0292	-0.0062	0.0898	0.0111	0.0557	-0.4219	53.367	136.8191
4	0.562	-0.2695	-0.1273	1.1628	0.078	0.6343	-0.0317	0.0533	-0.0299	-0.1686	-0.0282	0.1945	0.0921	-0.0924	0.0599	0.0486	-0.021	-0.0191	0.0958	0.0077	0.0765	-24.0007	102.5735	60.0364
5	0.597	0.3009	-0.072	0.9716	-0.182	0.6382	-0.0125	-0.0506	0.0057	0.1286	-0.0348	-0.1574	0.0232	0.0777	0.0474	0.033	0.0278	-0.0294	0.0869	-0.0121	0.0738	9.0644	1.9819	44.4082
6	0.3068	0.3282	0.0311	1.8113	0.3676	0.6726	-0.0238	-0.0072	-0.0056	0.0276	0.046	-0.0911	0.0945	0.0326	-0.0222	0.0585	0.011	0.0032	0.0902	0.0032	0.0483	7.7429	127.6117	19.4287
7	0.3346	-0.3623	0.0546	1.6881	-0.2768	0.8736	0.0133	0.0163	0.0132	0.0207	0.0092	0.1233	0.1385	-0.0333	-0.0225	0.0636	-0.0214	0.0154	0.0892	-0.013	0.0904	-20.6929	26.8317	84.5075
8	0.405	-0.3603	-0.0127	3.1131	0.0212	0.6787	0.0442	-0.029	0.0107	0.4365	-0.0349	-0.0471	-0.0265	0.0231	-0.0093	0.1717	-0.0228	-0.0095	0.0986	0.0092	0.0958	4.8103	53.5688	34.9219

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 3255
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	4 - 3257
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	3 - 3258
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	5 - 3259
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	2 - 3260
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	10 - 3261
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	27 - 3262
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	9 - 3264

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)