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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3tc9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of an auxiliary nutrient binding protein (BT_3476) from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 at 2.23 A resolution | ||||||
要素 | Hypothetical hydrolase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / 6-bladed beta-propeller / Immunoglobulin-like / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 TolB, C-terminal domain / IPT/TIG domain / IPT domain / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / 6 Propeller / Neuraminidase / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold ...TolB, C-terminal domain / IPT/TIG domain / IPT domain / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / 6 Propeller / Neuraminidase / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.23 Å | ||||||
データ登録者 | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of a Hypothetical hydrolase (BT_3476) from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 at 2.23 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3tc9.cif.gz | 353.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3tc9.ent.gz | 288.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3tc9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3tc9_validation.pdf.gz | 461.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3tc9_full_validation.pdf.gz | 465.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3tc9_validation.xml.gz | 34.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3tc9_validation.cif.gz | 50.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/3tc9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/3tc9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48990.422 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 29-457 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) 遺伝子: BT_3476 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q8A230 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | 配列の詳細 | THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATI | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.25 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 20.00% polyethylene glycol 3350, 0.20M sodium dihydrogen phosphate, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91837,0.97932,0.97913 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月22日 / 詳細: double crystal monochromator | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.23→29.899 Å / Num. obs: 45197 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 42.202 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 8.31 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 多波長異常分散 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.23→29.899 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9374 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 3. A MET-INHIBITION ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4. 1,2 ETHANEDIOL (EDO) AND PHOSPATE (PO4) FROM THE CRYSTALLIZATION CONDITIONS AND CHLORIDE (CL)FROM THE EXPRESSION OR PURIFICATION BUFFERS HAVE BEEN MODELED IN THE SOLVENT STRUCTURE. 5. NCS RESTRAINTS WERE APPLIED USING BUSTER'S LSSR RESTRAINT REPRESENTATION (-AUTONCS). 6. THE REFINEMENT WAS RESTRAINED AGAINST THE MAD PHASES.
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原子変位パラメータ | Biso max: 117.08 Å2 / Biso mean: 43.4784 Å2 / Biso min: 9.45 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.23→29.899 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.23→2.29 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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