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- PDB-3tbv: CRYSTAL STRUCTURE OF THE MURINE CLASS I MAJOR HISTOCOMPATIBILITY ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tbv
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE MURINE CLASS I MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX H-2DB IN COMPLEX WITH THE LCMV-DERIVED GP33 ALTERED PEPTIDE ligand (A2G,V3P,Y4A)
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • Glycoprotein G1
  • H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
キーワードImmune system/agonist / Murine MHC / LCMV / receptor binding / Beta2-microglobulin / Immune system / T cell recognition / antigen presentation / altered peptide ligand / agonism / antagonism / T cell receptor / CD8 / Cell Surface / Immune system-agonist complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / host cell Golgi membrane / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / beta-2-microglobulin binding / cellular defense response ...Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / host cell Golgi membrane / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / beta-2-microglobulin binding / cellular defense response / Neutrophil degranulation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / peptide binding / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / learning or memory / host cell endoplasmic reticulum membrane / immune response / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / protein-containing complex binding / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Arenavirus glycoprotein, zinc binding domain / Arenavirus glycoprotein / Arenavirus glycoprotein / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin ...Arenavirus glycoprotein, zinc binding domain / Arenavirus glycoprotein / Arenavirus glycoprotein / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain / Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Lymphocytic choriomeningitis virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Duru, A.D. / Allerbring, E.B. / Uchtenhagen, H. / Mazumdar, P.A. / Badia-Martinez, D. / Madhurantakam, C. / Sandalova, T. / Nygren, P. / Achour, A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Conversion of a T cell viral antagonist into an agonist through higher stabilization and conserved molecular mimicry: Implications for TCR recognition
著者: Duru, A.D. / Allerbring, E.B. / Uchtenhagen, H. / Mazumdar, P.A. / Badia-Martinez, D. / Madhurantakam, C. / Sandalova, T. / Nygren, P. / Achour, A.
履歴
登録2011年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
E: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
F: Beta-2-microglobulin
G: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
H: Beta-2-microglobulin
I: Glycoprotein G1
J: Glycoprotein G1
K: Glycoprotein G1
L: Glycoprotein G1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,94623
ポリマ－178,91712
非ポリマー1,02911
水16,033890
1
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
I: Glycoprotein G1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1027
ポリマ－44,7293
非ポリマー3724
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4250 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area19700 Å2
手法PISA
2
C: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
J: Glycoprotein G1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8254
ポリマ－44,7293
非ポリマー961
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4280 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area19520 Å2
手法PISA
3
E: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
F: Beta-2-microglobulin
K: Glycoprotein G1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1057
ポリマ－44,7293
非ポリマー3764
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4260 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19550 Å2
手法PISA
4
G: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
H: Beta-2-microglobulin
L: Glycoprotein G1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9135
ポリマ－44,7293
非ポリマー1842
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4280 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area19530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.584, 126.473, 102.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.71, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain / H-2D(B)


分子量: 32087.703 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 25-362 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-D1, H2-DB / プラスミド: PET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01899
#2: タンパク質
Beta-2-microglobulin


分子量: 11704.359 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / プラスミド: PET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01887

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 4分子 IJKL

#3: タンパク質・ペプチド
Glycoprotein G1


分子量: 937.094 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 33-41 / Mutation: A34G,V35P,Y36A / 由来タイプ: 合成 / 詳細: LYMPHOCYTIC CHORIOMENINGITIS VIRUS GP1
由来: (合成) Lymphocytic choriomeningitis virus (ウイルス)
参照: UniProt: P07399

-
非ポリマー , 3種, 901分子

#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 890 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Crystals were obtained in 1.6-1.8 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris HCl pH 7.0-9.0 screening conditions. 4 ul of a 5mg/ml protein solution were mixed in a 4:2 ratio with the crystallization ...詳細: Crystals were obtained in 1.6-1.8 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris HCl pH 7.0-9.0 screening conditions. 4 ul of a 5mg/ml protein solution were mixed in a 4:2 ratio with the crystallization reservoir, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: Bruker AXS/Roentec X-Flash XRF detector / 検出器: X-Flash XRF detector / 日付: 2009年9月9日
放射モノクロメーター: KMC-1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→74.7 Å / Num. all: 152694 / Num. obs: 152694 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.383 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 80

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1S7U

1s7u


解像度: 2.1→49.51 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.55 / 位相誤差: 29.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2779 13353 5.02 %Random
Rwork0.2245 ---
all0.2272 266018 --
obs0.2272 -98.48 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.326 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3056 Å20 Å23.4846 Å2
2--3.7892 Å2-0 Å2
3----4.0948 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→49.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12596 0 62 890 13548
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0213031
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.8617659
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.1634746
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1131772
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0112296
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.17510.343912850.288622762X-RAY DIFFRACTION89
2.1751-2.26210.455712120.414425274X-RAY DIFFRACTION98
2.2621-2.36510.375413300.29425328X-RAY DIFFRACTION99
2.3651-2.48980.317113340.241525717X-RAY DIFFRACTION100
2.4898-2.64580.301113280.235425618X-RAY DIFFRACTION100
2.6458-2.850.290814080.2225692X-RAY DIFFRACTION100
2.85-3.13680.275614230.212325476X-RAY DIFFRACTION100
3.1368-3.59060.270813630.208725674X-RAY DIFFRACTION100
3.5906-4.52330.209613300.163325661X-RAY DIFFRACTION100
4.5233-49.52380.21513400.173325463X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.27560.7856-1.13741.2413-0.85091.6905-0.36690.59220.0602-0.2520.44420.16190.3474-0.6473-0.07660.2495-0.1835-0.05870.35790.06050.148647.0961-1.897813.0445
21.33510.1542-0.47822.7119-0.74190.93560.05160.07850.04190.74350.10590.1365-0.1553-0.3978-0.12320.2464-0.06750.01260.21790.04560.227830.0729.262643.6322
30.50680.2422-0.79920.977-0.57541.4375-0.2130.1112-0.0625-0.0480.1283-0.06330.6075-0.36690.12160.2439-0.14880.02130.20650.00490.10236.3865-11.658137.5064
41.34170.4314-0.2780.5888-0.30390.45880.0692-0.1168-0.06750.0928-0.076-0.0794-0.1915-0.05970.02940.19760.05280.00070.09780.01820.118644.539539.741833.1876
50.83451.1514-0.72312.4903-1.25490.6613-0.3943-0.2563-0.5539-0.88860.43460.22160.5871-0.5972-0.06990.50460.0187-0.11410.4120.17280.527933.11128.17820.4242
60.3664-0.21830.77030.906-1.08582.05120.07710.0749-0.0530.020.28520.1198-0.3799-0.6289-0.26050.20280.14910.02370.30360.09230.088937.227649.27157.0508
71.9021-0.6933-0.73490.38540.31180.73850.10650.2072-0.0694-0.1547-0.08990.0881-0.29830.1353-0.01880.1802-0.0545-0.00020.1245-0.00350.1124-12.195140.520815.3926
80.2828-0.6629-0.11482.19981.26061.7293-0.4298-0.1099-0.29420.80560.75580.12160.69171.1232-0.23380.52420.2783-0.07030.5043-0.00670.24930.769330.053848.2281
90.5319-0.10670.24990.30340.18142.69080.0455-0.28450.06010.02910.1764-0.0401-0.56880.5914-0.14640.1917-0.13370.00670.2489-0.05470.0602-5.15850.874641.2213
101.4991-0.4219-0.70770.94220.23251.3264-0.2269-0.3284-0.00410.18460.1732-0.03410.37570.35120.02430.19650.1795-0.02570.1705-0.00620.0961-12.1256-0.629736.0351
111.67670.0593-0.09313.45890.19750.60110.00680.32990.0915-0.88050.1688-0.33820.06890.2668-0.01570.27210.13690.0610.2971-0.02170.19513.886510.65545.1845
120.5389-0.3562-0.57490.81530.63590.7315-0.22150.1584-0.20940.25150.13640.06650.51650.22690.07810.35210.18190.05490.2887-0.00070.1584-1.0209-10.44211.8057
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:175)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 176:276)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain B and resid 1:99)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain C and resid 1:175)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain C and resid 176:274)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain D and resid 1:99)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain E and resid 1:175)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain E and resid 176:276)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain F and resid 1:99)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain G and resid 1:175)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain G and resid 176:276)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain H and resid 1:99)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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