PDB-3tbj: The 1.7A crystal structure of Actibind a T2 ribonucleases as anti...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tbj

タイトル

The 1.7A crystal structure of Actibind a T2 ribonucleases as antitumorigenic agents

要素

Actibind

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

ribonuclease (リボヌクレアーゼ)

機能・相同性

機能・相同性情報

ribonuclease T2 /

ribonuclease T2 activity / organic substance metabolic process /

RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus niger (黒麹菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Almog, O. / Gonzalez, A.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: The 1.8 A crystal structure of ACTIBIND suggests a mode of action for T2 ribonucleases as antitumorigenic agents.
著者: de Leeuw, M. / Gonzalez, A. / Lanir, A. / Roiz, L. / Smirnoff, P. / Schwartz, B. / Shoseyov, O. / Almog, O.

履歴

登録	2011年8月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年8月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tbj.cif.gz	116.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tbj.ent.gz	93.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tbj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tb/3tbj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tb/3tbj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3d3z
類似構造データ	3d3z-d 6k6i-d 6w9r-10 3ea6-d 6k6j-d 4em8-d 4hxd-1 2hyy-1 3ric-d 4fch-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Actibind

ヘテロ分子

27.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.457, 78.457, 103.708
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Actibind 分子量: 26709.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Aspergillus niger (黒麹菌) / 参照: UniProt: Q45U61

-
糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン /

N-アセチルグルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 283分子

#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	AUTHORS STATE THAT RESIDUE 69 IS ASP ACCORDING TO THE CRYSTAL STRUCTURE, AND THIS IS A WILD TYPE ...AUTHORS STATE THAT RESIDUE 69 IS ASP ACCORDING TO THE CRYSTAL STRUCTURE, AND THIS IS A WILD TYPE NATIVE PROTEIN.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.35 %

-
データ収集

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL7-1

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

相対比: 1

反射

解像度: 1.77→34.569 Å / Num. all: 35832 / Num. obs: 35832 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 5.2 % / R_sym value: 0.061 / Net I/σ(I): 18.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	R_sym value	Diffraction-ID	% possible all
1.77-1.87	4.2	0.807	1	0.807	1	91
1.87-1.98	5.4	0.499	1.6	0.499	1	100
1.98-2.12	5.4	0.281	2.8	0.281	1	100
2.12-2.29	5.5	0.17	4.6	0.17	1	100
2.29-2.51	5.5	0.116	6.7	0.116	1	100
2.51-2.81	5.4	0.073	10.5	0.073	1	100
2.81-3.24	5.4	0.044	16.7	0.044	1	100
3.24-3.97	5.3	0.027	25.5	0.027	1	100
3.97-5.61	5.1	0.022	27.4	0.022	1	99.7
5.61-34.569	5	0.018	32.8	0.018	1	99

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	32.29 Å
Translation	3 Å	32.29 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.16	データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
Blu-Ice		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→33.97 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 4.766 / SU ML: 0.066 / SU R Cruickshank DPI: 0.0903 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: (1) There is unmodelled electron density in the active site that can be interpreted as a disordered nucleotide. (2) HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18736	1738	5 %	RANDOM
R_work	0.15378	-	-	-
obs	0.15544	32945	99.67 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.343 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.63 Å²	0.82 Å²	0 Å²
2-	-	1.63 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→33.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1878	0	64	278	2220

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.026	0.021	2185
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1376
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.095	1.982	3013
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.061	3	3372
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.905	5	273
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.99	26.161	112
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.223	15	310
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.273	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.126	0.2	309
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	2554
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	431
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.245	1.5	1297
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.426	1.5	517
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.998	2	2115
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.338	3	888
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.785	4.5	898
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.357	115	-
R_work	0.333	2325	-
obs	-	-	96.52 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 29.642 Å / Origin y: -16.589 Å / Origin z: 37.043 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1334 Å²	-0.0012 Å²	0.0037 Å²	-	0.0324 Å²	0.0155 Å²	-	-	0.0195 Å²
L	0.6316 °²	0.2629 °²	0.2854 °²	-	0.2179 °²	0.2369 °²	-	-	1.162 °²
S	0.0071 Å °	0.0363 Å °	0.0101 Å °	0.0044 Å °	0.039 Å °	0.029 Å °	-0.1958 Å °	0.0594 Å °	-0.0461 Å °

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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