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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3tb5 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Enterococcus faecalis Methionine aminopeptidase apo form | ||||||
要素 | Methionine aminopeptidase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Methionine aminopeptidase / metalloprotease / enterococcus feacalis | ||||||
機能・相同性 | Creatine Amidinohydrolase / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta / CITRIC ACID / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Enterococcus faecalis (乳酸球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Kishor, C. / Gumpena, R. / Reddi, R. / Addlagatta, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: MEDCHEMCOMM / 年: 2012 タイトル: Structural studies of Enterococcus faecalis methionine aminopeptidase and design of microbe specific 2,2'-bipyridine based inhibitors 著者: Kishor, C. / Gumpena, R. / Reddi, R. / Addlagatta, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3tb5.cif.gz | 154.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3tb5.ent.gz | 123.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3tb5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tb/3tb5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tb/3tb5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1c21S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29449.436 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 株: HIP11704 / 遺伝子: EFHG_00941, MetAP / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C7VIN6, methionyl aminopeptidase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.07 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 14-20% PEG 3400, 0.14M (NH4)2H-citrate, 8% glycerol, pH 5.4-6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9919 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9919 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→45.22 Å / Num. obs: 43107 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rsym value: 0.033 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1C21 解像度: 2.3→36.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 5.834 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.269 / ESU R Free: 0.226 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.177 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→36.47 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
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