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- PDB-3tb4: Crystal structure of the ISC domain of VibB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tb4
タイトルCrystal structure of the ISC domain of VibB
要素Vibriobactin-specific isochorismatase
キーワードHYDROLASE / ISC domain / Isochorismatase
機能・相同性
機能・相同性情報


vibriobactin biosynthetic process / isochorismatase / isochorismatase activity
類似検索 - 分子機能
Isochorismatase / Isochorismatase-like / Isochorismatase-like / Isochorismatase-like superfamily / Isochorismatase family / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Rossmann fold ...Isochorismatase / Isochorismatase-like / Isochorismatase-like / Isochorismatase-like superfamily / Isochorismatase family / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Vibriobactin-specific isochorismatase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Liu, S. / Zhang, C. / Niu, B. / Li, N. / Liu, M. / Wei, T. / Zhu, D. / Xu, S. / Gu, L.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Structural insight into the ISC domain of VibB from Vibrio cholerae at atomic resolution: a snapshot just before the enzymatic reaction
著者: Liu, S. / Zhang, C. / Li, N. / Niu, B. / Liu, M. / Liu, X. / Wei, T. / Zhu, D. / Huang, Y. / Xu, S. / Gu, L.
履歴
登録2011年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月1日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vibriobactin-specific isochorismatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4906
ポリマ－24,8391
非ポリマー6515
水5,044280
1
A: Vibriobactin-specific isochorismatase
ヘテロ分子

A: Vibriobactin-specific isochorismatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,98012
ポリマ－49,6792
非ポリマー1,30210
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_645y+1,x-1,-z1
Buried area5120 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area16350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.657, 55.657, 118.746
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-675-

HOH

21A-762-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Vibriobactin-specific isochorismatase / 2 / 3 dihydro-2 / 3 dihydroxybenzoate synthase / Isochorismate lyase-ArCP


分子量: 24839.268 Da / 分子数: 1 / 断片: ISC domain, UNP residues 1-215 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: VC_0771, vibB / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0C6D3, isochorismatase
#2: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 5種, 284分子

#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 28% PEG 550MME, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 50mM CaCl2, 1% B-OCTYLGLUCOSIDE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月18日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→50 Å / Num. all: 47657 / Num. obs: 47657 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 13.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 45.8
反射 シェル解像度: 1.35→1.4 Å / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.486 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Rsym value: 0.486 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2FQ1

2fq1


解像度: 1.35→22.765 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 14.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1662 1929 4.23 %RANDOM
Rwork0.1342 ---
obs0.1355 45613 95.76 %-
all-45613 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.239 Å2 / ksol: 0.419 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 19.7165 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2111 Å20 Å2-0 Å2
2--0.2111 Å2-0 Å2
3----0.4221 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→22.765 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1604 0 42 280 1926
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011776
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3172435
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.793690
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075277
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008308
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.3498-1.38360.39081230.35482806292988
1.3836-1.4210.28951250.24122922304791
1.421-1.46280.22251310.15232951308292
1.4628-1.510.17631280.1293010313894
1.51-1.5640.17391330.11333051318495
1.564-1.62660.16961350.11193086322196
1.6266-1.70060.17431350.11463096323196
1.7006-1.79020.16231390.11263101324096
1.7902-1.90230.15271440.11493151329597
1.9023-2.04910.1691430.12113225336899
2.0491-2.25510.13551460.11953240338699
2.2551-2.58110.14481440.120532753419100
2.5811-3.25030.18141470.132633233470100
3.2503-22.76850.14981560.14553447360399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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