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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3tar | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Bacillus DNA Polymerase I Large Fragment Bound to Duplex DNA with Cytosine-Adenine Mismatch at (n-6) Position | |||||||||
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![]() | TRANSFERASE/DNA / DNA polymerase I / protein-DNA complex / TRANSFERASE-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Alpha-Beta Plaits - #370 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / DNA polymerase; domain 1 / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich ...Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Alpha-Beta Plaits - #370 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / DNA polymerase; domain 1 / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Wang, W. / Beese, L.S. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural evidence for the rare tautomer hypothesis of spontaneous mutagenesis. 著者: Wang, W. / Hellinga, H.W. / Beese, L.S. #1: ![]() タイトル: Structures of mismatch replication errors observed in a DNA polymerase. 著者: Johnson, S.J. / Beese, L.S. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 280.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 219.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-DNA鎖 , 2種, 2分子 BC
#2: DNA鎖 | 分子量: 4554.962 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Primer Strand |
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#3: DNA鎖 | 分子量: 4923.204 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Template Strand |
-タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 67518.297 Da / 分子数: 1 / 断片: Bacillus Fragment (UNP residues 285-876) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#4: 多糖 |
-非ポリマー , 3種, 674分子 ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-MG / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | THE AUTHORS STATE THAT THE GEOBACILLU |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.5 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 45-50% saturated ammonium sulfate, 2.5% MPD, 10 mM magnesium sulfate, 100 mM MES, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月29日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 115264 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 22.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1L3V 解像度: 1.6→45.295 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.33 / σ(F): 2.35 / 位相誤差: 19.59 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.77 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.952 Å2 / ksol: 0.444 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→45.295 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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