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- PDB-3taf: 5-fluorocytosine paired with ddGMP in RB69 gp43 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3taf
タイトル5-fluorocytosine paired with ddGMP in RB69 gp43
要素
  • DNA (5'-D(*CP*CP*(C37)P*GP*GP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*AP*CP*CP*G)-3')
  • DNA-directed DNA polymerase
キーワードTransferase/DNA / Transferase-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


bidirectional double-stranded viral DNA replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DnaQ-like 3'-5' exonuclease / Monooxygenase - #300 / Ribonuclease H-like motif / DNA-directed DNA polymerase T4 type / DNA Polymerase; Chain A, domain 1 / DNA Polymerase, chain B, domain 1 / B family DNA polymerase, finger domain / Palm domain of DNA polymerase / B family DNA polymerase, palm domain / : ...DnaQ-like 3'-5' exonuclease / Monooxygenase - #300 / Ribonuclease H-like motif / DNA-directed DNA polymerase T4 type / DNA Polymerase; Chain A, domain 1 / DNA Polymerase, chain B, domain 1 / B family DNA polymerase, finger domain / Palm domain of DNA polymerase / B family DNA polymerase, palm domain / : / Monooxygenase / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B signature. / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Helix Hairpins / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA-directed DNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia phage RB69 (ファージ)
Synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Zahn, K.E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: The miscoding potential of 5-hydroxycytosine arises due to template instability in the replicative polymerase active site.
著者: Zahn, K.E. / Averill, A. / Wallace, S.S. / Doublie, S.
履歴
登録2011年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月11日Group: Database references
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / entity_name_com / entity_src_gen / ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_entity_src_syn / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_ref_seq.ref_id / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_ref_seq_dif.align_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA-directed DNA polymerase
E: DNA (5'-D(*CP*CP*(C37)P*GP*GP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*CP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*AP*CP*CP*G)-3')
B: DNA-directed DNA polymerase
G: DNA (5'-D(*CP*CP*(C37)P*GP*GP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*CP*G)-3')
H: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*AP*CP*CP*G)-3')
C: DNA-directed DNA polymerase
I: DNA (5'-D(*CP*CP*(C37)P*GP*GP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*CP*G)-3')
J: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*AP*CP*CP*G)-3')
D: DNA-directed DNA polymerase
K: DNA (5'-D(*CP*CP*(C37)P*GP*GP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*CP*G)-3')
L: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*AP*CP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)461,08916
ポリマ－460,70412
非ポリマー3844
水2,162120
1
A: DNA-directed DNA polymerase
E: DNA (5'-D(*CP*CP*(C37)P*GP*GP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*CP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*AP*CP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,2724
ポリマ－115,1763
非ポリマー961
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5560 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area46840 Å2
手法PISA
2
B: DNA-directed DNA polymerase
G: DNA (5'-D(*CP*CP*(C37)P*GP*GP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*CP*G)-3')
H: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*AP*CP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,2724
ポリマ－115,1763
非ポリマー961
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5730 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area46350 Å2
手法PISA
3
C: DNA-directed DNA polymerase
I: DNA (5'-D(*CP*CP*(C37)P*GP*GP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*CP*G)-3')
J: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*AP*CP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,2724
ポリマ－115,1763
非ポリマー961
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5660 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area46230 Å2
手法PISA
4
D: DNA-directed DNA polymerase
K: DNA (5'-D(*CP*CP*(C37)P*GP*GP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*CP*G)-3')
L: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*AP*CP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,2724
ポリマ－115,1763
非ポリマー961
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4840 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area49070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.984, 123.242, 169.347
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.96, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
DNA-directed DNA polymerase / Gp43


分子量: 105069.586 Da / 分子数: 4 / 変異: D222A, D327A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia phage RB69 (ファージ)
遺伝子: 43 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q38087, DNA-directed DNA polymerase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*CP*CP*(C37)P*GP*GP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*CP*G)-3')


分子量: 5520.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: oligonucleotide / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖
DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*AP*CP*CP*G)-3')


分子量: 4585.972 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: oligonucleotide / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.86 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 7% Peg 2000-MME, 100mM NaOAc, 100mM MgSO4, 100mM Hepes, 5% glycerol, 1mM BME, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年8月15日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL CRYO-COOLED SI(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. all: 107477 / Num. obs: 107477 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0116精密化
CNS精密化
Blu-Iceデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→29.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 40.216 / SU ML: 0.405 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.504 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28012 10394 9.7 %RANDOM
Rwork0.23241 ---
all0.23701 97064 --
obs0.23701 97064 98.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 87.072 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.02 Å20 Å23.32 Å2
2---1.78 Å20 Å2
3---1.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→29.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29516 2684 20 120 32340
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.01933262
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.841.89845508
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.22353610
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.45524.1541502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.174155394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.80315184
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.24702
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02124532
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3→3.077 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 733 -
Rwork0.34 6926 -
obs--98.17 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.21513.67980.78525.80051.2381.67420.0703-0.61960.83210.3734-0.00590.3121-0.23090.1118-0.06450.27550.0623-0.10810.6963-0.42440.4499-9.060511.001528.5238
26.89092.43081.42723.84281.49750.64580.3087-0.3861-0.24980.1882-0.0855-0.42490.0412-0.0064-0.22320.3051-0.035-0.06550.6618-0.35590.3774-1.78073.048721.2497
34.731-0.62981.08784.94692.52364.0417-0.0590.2318-0.0309-0.24050.2011-0.3993-0.00260.2324-0.14210.1241-0.0376-0.02510.3179-0.12010.2083-23.0553-12.81645.3899
41.5460.4495-0.72695.02674.20154.62890.0144-0.04190.26-0.3357-0.36720.2703-0.32350.04860.35280.26570.1828-0.12730.5880.23510.365121.89688.63747.5264
51.86870.02220.47763.74433.45883.3827-0.0692-0.2458-0.27670.14330.1561-0.17640.23710.2702-0.08680.44440.28710.17480.62560.34540.323726.3798-8.06721.8649
63.4191.9991-1.054212.6601-5.57323.96340.299-1.1479-1.5718-0.0851-0.4083-0.05691.6596-0.0870.10931.8444-0.3369-0.23541.18250.15741.00137.3038-19.740227.8247
710.3729-2.4904-0.9821.43481.53222.27390.03690.7908-0.3777-0.1671-0.42260.4068-0.1376-0.84210.38570.4136-0.0753-0.07671.08570.30410.7321-0.2592-12.1098-22.2887
84.9307-5.2448-0.18497.8675-0.77132.0150.16620.5335-0.1049-0.395-0.07140.06020.09160.1503-0.09480.1631-0.0857-0.04830.2801-0.03030.0302-58.755717.010217.3566
94.773-3.83561.0756.5122-3.48962.7505-0.03680.1768-0.6558-0.31720.03140.2760.6197-0.1380.00540.2989-0.05360.00230.1475-0.0690.1215-64.01138.576425.6426
104.31740.9285-0.37573.2373-0.66874.0489-0.0804-0.5662-0.05950.59710.0811-0.1950.37210.6785-0.00070.39820.2483-0.09030.4189-0.00980.1112-39.68020.319942.9844
111.4458-0.1589-0.90893.8256-2.24212.8341-0.00050.18320.1505-0.0840.12440.28360.1878-0.4209-0.12390.2004-0.0743-0.06220.2646-0.0090.1062-88.743810.094838.6675
120.60380.0080.13832.4722-1.82052.4512-0.12990.1406-0.2683-0.04290.37110.45860.5503-0.5337-0.24120.4347-0.14660.06330.2672-0.05560.2679-89.321-6.573845.8502
135.2766-0.0318-0.16624.90412.00456.5201-0.40041.0161-2.5745-0.05140.5287-0.45692.88861.1847-0.12841.6330.27630.16960.8057-0.52861.3057-66.1391-15.41321.8403
145.59731.92291.03153.76770.26032.49490.0625-0.66540.06780.6746-0.0369-0.19090.35370.2475-0.02560.59590.0759-0.06270.2569-0.00780.105-62.5135-2.392969.9479
152.14881.8783-0.053410.00950.12941.8761-0.0024-0.31320.02690.81490.1954-0.0094-0.1381-0.0648-0.1930.53390.02060.06440.2294-0.0160.0773-76.0342-47.291168.0673
162.98182.89921.14769.55843.25541.173-0.2394-0.0317-0.04460.31150.5134-0.5072-0.0080.1785-0.2740.4341-0.02760.05230.1387-0.01230.2557-69.3807-54.213259.4808
174.9691-0.19-0.95982.48630.99244.57510.18160.4552-0.12560.2086-0.1430.57320.3963-0.8326-0.03860.4164-0.14820.05210.33960.03650.3723-91.0996-73.575248.7244
181.4491-0.2176-0.92793.27692.57083.11440.41750.01180.6751-0.11480.0549-0.3154-0.85080.1004-0.47240.5936-0.14230.14920.2067-0.03930.4619-49.8762-45.481241.3267
190.7805-0.6917-0.69661.92981.60342.59280.1162-0.2540.1820.08080.1731-0.3605-0.19280.6199-0.28930.2103-0.09850.03120.3009-0.00620.2044-43.9182-61.401135.1395
203.80080.4810.486414.8473-3.73263.73470.5931-0.7885-1.64451.3019-0.3015-1.07180.85570.198-0.29160.8649-0.0796-0.40440.4860.12650.9306-58.2676-74.786164.1006
216.3067-0.3510.33552.4884-0.00391.6050.12240.52960.2961-0.2392-0.06870.2245-0.0599-0.3089-0.05380.1503-0.023-0.09180.26260.13690.1274-73.7681-71.921917.3343
222.7881-1.66190.680312.21021.71982.59270.00010.76140.5338-0.7764-0.1011-1.00670.2271.04430.1010.56210.04570.21670.9480.23660.9794-11.7176-53.520451.9191
235.7271-4.2771.09589.7358-2.4382.81650.23380.1850.623-0.2894-0.3417-0.19871.00540.49480.10780.63350.10220.16560.5169-0.0020.5898-19.4315-58.798360.6523
244.0287-0.2140.50515.3939-1.05453.80170.588-0.38260.06270.9017-0.5409-1.19910.40990.9373-0.04711.38070.3962-0.20561.1711-0.06751.0505-1.0288-81.086272.3223
253.64922.142-3.14223.7699-2.65086.37290.1955-0.74660.24450.5862-0.2042-0.3497-0.58820.14930.00870.4537-0.0461-0.04970.4965-0.20.7775-36.943-46.965678.7087
261.91892.3663-2.65283.59-3.80644.2481-0.191-0.1488-0.08980.46170.0176-0.3526-0.1834-0.25660.17340.852-0.1266-0.05310.7869-0.24680.7597-44.7202-62.035485.3642
274.25216.84022.544917.50787.22853.11590.00810.2178-0.79230.47070.2661-0.61310.50860.1526-0.27421.2175-0.0737-0.17970.6901-0.12070.6859-37.1617-77.592958.6455
289.55650.34622.05031.45030.2880.5878-0.52020.4418-0.86510.05540.4507-0.1417-0.33690.18330.06951.1453-0.0474-0.06451.1843-0.17520.9613-16.1281-79.7059105.1352
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 108
2X-RAY DIFFRACTION2A340 - 382
3X-RAY DIFFRACTION3A109 - 339
4X-RAY DIFFRACTION4A383 - 468
5X-RAY DIFFRACTION5A573 - 729
6X-RAY DIFFRACTION6A469 - 572
7X-RAY DIFFRACTION7A730 - 903
8X-RAY DIFFRACTION8B1 - 108
9X-RAY DIFFRACTION9B340 - 382
10X-RAY DIFFRACTION10B109 - 339
11X-RAY DIFFRACTION11B383 - 468
12X-RAY DIFFRACTION12B573 - 729
13X-RAY DIFFRACTION13B469 - 572
14X-RAY DIFFRACTION14B730 - 903
15X-RAY DIFFRACTION15C1 - 108
16X-RAY DIFFRACTION16C340 - 382
17X-RAY DIFFRACTION17C109 - 339
18X-RAY DIFFRACTION18C383 - 468
19X-RAY DIFFRACTION19C573 - 729
20X-RAY DIFFRACTION20C469 - 572
21X-RAY DIFFRACTION21C730 - 903
22X-RAY DIFFRACTION22D1 - 108
23X-RAY DIFFRACTION23D340 - 382
24X-RAY DIFFRACTION24D109 - 339
25X-RAY DIFFRACTION25D383 - 468
26X-RAY DIFFRACTION26D573 - 729
27X-RAY DIFFRACTION27D469 - 572
28X-RAY DIFFRACTION28D730 - 903

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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