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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ta8 | ||||||
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タイトル | Crystal structure HP-NAP from strain YS39 iron loaded (cocrystallization 5mM) | ||||||
![]() | Neutrophil-activating protein | ||||||
![]() | METAL TRANSPORT / DODECAMER / FOUR-HELIX BUNDLE | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tsuruta, O. / Yokoyama, H. / Fujii, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A new crystal lattice structure of Helicobacter pylori neutrophil-activating protein (HP-NAP) 著者: Tsuruta, O. / Yokoyama, H. / Fujii, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 45.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 33.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 431.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 432.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 12||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19006.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.51 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8 詳細: 0.1M L-arginine, 20% ethylene glycol, 0.01M ferrous sulfate , pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月13日 / 詳細: mirror |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 10455 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 59.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 39.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.393 / Mean I/σ(I) obs: 4.92 / % possible all: 99.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1JI4 解像度: 2.5→38.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 7.021 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.222 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.625 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→38.49 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.503→2.568 Å / Total num. of bins used: 20
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