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- PDB-3t8i: Structural analysis of thermostable S. solfataricus purine-specif... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t8i
タイトルStructural analysis of thermostable S. solfataricus purine-specific nucleoside hydrolase
要素Purine nucleosidase, (IunH-2)
キーワードHYDROLASE / Purine nucleoside hydrolase / thermostable protein / Open (alpha / beta) structure / Rossmann fold / NH-fold / nucleoside hydrolase / Nucleotide metabolism / N-glycosidase
機能・相同性
機能・相同性情報


purine nucleosidase / purine nucleosidase activity / purine nucleoside catabolic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase, conserved site / Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family signature. / Inosine-uridine Nucleoside N-ribohydrolase; Chain A / Ribonucleoside hydrolase-like / Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase domain / Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase / Ribonucleoside hydrolase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Purine nucleosidase, putative (IunH-2)
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Minici, C. / Cacciapuoti, G. / De Leo, E. / Porcelli, M. / Degano, M.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: New Determinants in the Catalytic Mechanism of Nucleoside Hydrolases from the Structures of Two Isozymes from Sulfolobus solfataricus.
著者: Minici, C. / Cacciapuoti, G. / De Leo, E. / Porcelli, M. / Degano, M.
#1: ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2009
タイトル: Biochemical characterization and homology modeling of a purine-specific ribonucleoside hydrolase from the archaeon Sulfolobus solfataricus: insights into mechanisms of protein stabilization.
著者: Porcelli, M. / Peluso, I. / Marabotti, A. / Facchiano, A. / Cacciapuoti, G.
履歴
登録2011年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月3日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Purine nucleosidase, (IunH-2)
B: Purine nucleosidase, (IunH-2)
C: Purine nucleosidase, (IunH-2)
D: Purine nucleosidase, (IunH-2)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,19031
ポリマ－137,0044
非ポリマー2,18627
水17,312961
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13840 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area41190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.760, 81.130, 98.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.700, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22B
13D
23B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111METMETGOLGOL6AA - F1 - 3071
211METMETGOLGOL6BB - M1 - 3071
121SERSERASPASP2AA8 - 138 - 13
221SERSERASPASP2BB8 - 138 - 13
112METMETGOLGOL6CC - V1 - 3071
212METMETGOLGOL6BB - M1 - 3071
113TRPTRPLEULEU2DD200 - 210200 - 210
213TRPTRPLEULEU2BB200 - 210200 - 210

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Purine nucleosidase, (IunH-2)


分子量: 34250.988 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2 / 遺伝子: iunH-2, SSO2243 / プラスミド: pET-22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q97WH6, purine nucleosidase

-
非ポリマー , 5種, 988分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 961 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM HEPES, 5% PEG 3350, 5 mM CaCl2, 5 mM CdCl2, 5 mM MgCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月28日
放射モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→100 Å / Num. all: 119836 / Num. obs: 119836 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 25.395 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 14.69
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.8-1.90.6192.898682817747198.5
1.9-20.3894.447035514373198.5
2-2.50.1759.3220810242530199.1
2.5-30.07618.479206418899199.4
3-40.04329.477244715074199.6
4-50.0339.64257555425199.7
5-60.03238.931145824121100
6-100.02942.56123082634199.6
10-1000.02446.553212742198

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
DNAデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2MAS

2mas


解像度: 1.8→96.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 2.794 / SU ML: 0.086 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2136 6036 5 %RANDOM
Rwork0.1698 ---
all0.172 119835 --
obs0.172 119835 99.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 61.55 Å2 / Biso mean: 26.1757 Å2 / Biso min: 5.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.57 Å20 Å20.24 Å2
2--0.6 Å20 Å2
3---1.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→96.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9660 0 136 961 10757
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.02210084
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026838
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4761.96313665
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.932316812
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.52251251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.69725.262439
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.18151785
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3581538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.21549
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02110993
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021893
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7961.56143
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2391.52485
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.35529990
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.15633941
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2824.53660
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A36TIGHT POSITIONAL0.030.05
1A25MEDIUM POSITIONAL0.060.5
1A3961LOOSE POSITIONAL0.285
1A36TIGHT THERMAL10.5
1A25MEDIUM THERMAL0.962
1A3961LOOSE THERMAL1.2910
2C3993LOOSE POSITIONAL0.325
2C3993LOOSE THERMAL5.3510
3D66TIGHT POSITIONAL0.020.05
3D102MEDIUM POSITIONAL0.040.5
3D66TIGHT THERMAL0.660.5
3D102MEDIUM THERMAL0.392
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 450 -
Rwork0.241 8301 -
all-8751 -
obs--98.19 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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