PDB-3t8b: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis MenB with altered...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3t8b

タイトル

Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis MenB with altered hexameric assembly

要素

1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

キーワード

LYASE / crotonase superfamily

機能・相同性

機能・相同性情報

1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase / 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase activity / menaquinone biosynthetic process / protein hexamerization / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.649 Å

データ登録者

Li, H.-J. / Li, X. / Liu, N. / Zhang, H. / Truglio, J. / Mishra, S. / Kisker, C. / Garcia-Diaz, M. / Tonge, P.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Mechanism of the Intramolecular Claisen Condensation Reaction Catalyzed by MenB, a Crotonase Superfamily Member.
著者: Li, H.J. / Li, X. / Liu, N. / Zhang, H. / Truglio, J.J. / Mishra, S. / Kisker, C. / Garcia-Diaz, M. / Tonge, P.J.

履歴

登録	2011年8月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年11月16日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.4	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3t8b.cif.gz	191.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3t8b.ent.gz	148.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3t8b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3t8b_validation.pdf.gz	442.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3t8b_full_validation.pdf.gz	442.3 KB	表示
XML形式データ	3t8b_validation.xml.gz	19.5 KB	表示
CIF形式データ	3t8b_validation.cif.gz	28.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/3t8b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/3t8b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3t88C 3t89C 3t8aC 1q51S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3n2n-d 4qae-d 7cto-d 3psk-d 6zbn-d 1gq6-1 3ljy-d 5uc0-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

B: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

ヘテロ分子

73.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

B: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

ヘテロ分子

A: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

B: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

ヘテロ分子

A: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

B: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
222 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	132.233, 132.233, 71.139
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase / MenB / DHNA-CoA synthase 分子量: 36903.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: Rv0548c / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CodonPlus 参照: UniProt: O06414, UniProt: P9WNP5*PLUS, 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.621723 Å³/Da / 溶媒含有率: 24.154737 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 19% PEG3350, 200 mM lithium sulfate, 100 mM Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月6日

放射

モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.075 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.649→50 Å / Num. obs: 55893 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.083 / Χ²: 1.012 / Net I/σ(I): 9.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.65-1.68	5.6	0.681	2779	0.779	1	100
1.68-1.71	5.6	0.611	2825	0.788	1	100
1.71-1.74	5.6	0.52	2823	0.781	1	100
1.74-1.78	5.6	0.439	2773	0.804	1	100
1.78-1.82	5.6	0.385	2817	0.858	1	100
1.82-1.86	5.6	0.313	2765	0.908	1	100
1.86-1.9	5.6	0.27	2816	0.939	1	100
1.9-1.96	5.6	0.21	2781	0.998	1	100
1.96-2.01	5.7	0.182	2765	1.017	1	100
2.01-2.08	5.7	0.165	2791	1.078	1	100
2.08-2.15	5.7	0.133	2799	1.049	1	100
2.15-2.24	5.7	0.114	2810	1.074	1	100
2.24-2.34	5.7	0.103	2805	1.097	1	100
2.34-2.46	5.7	0.094	2778	1.165	1	100
2.46-2.62	5.7	0.085	2778	1.211	1	100
2.62-2.82	5.7	0.081	2826	1.395	1	100
2.82-3.11	5.7	0.071	2784	1.31	1	100
3.11-3.55	5.6	0.061	2775	1.054	1	100
3.55-4.48	5.5	0.051	2807	0.956	1	100
4.48-50	5.8	0.052	2796	0.956	1	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-2000		データ削減
CCP4		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1Q51

1q51

解像度: 1.649→36.977 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.23 / SU ML: 1.69 / σ(F): 0.14 / 位相誤差: 17.91 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1871	2741	5.13 %
R_work	0.141	-	-
obs	0.1434	53381	95.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 51.737 Å² / k_sol: 0.399 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 64.45 Å² / B_iso mean: 21.9176 Å² / B_iso min: 9.43 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.0006 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.0006 Å²	0 Å²
3-	-	-	6.0012 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.649→36.977 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3371	0	6	280	3657

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	3508
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.83	4765
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	519
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	627
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.818	1230

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6494-1.6778	0.2652	117	0.1749	2305	2422	87
1.6778-1.7083	0.2792	126	0.1527	2331	2457	87
1.7083-1.7412	0.215	134	0.1414	2385	2519	89
1.7412-1.7767	0.1916	124	0.1319	2397	2521	91
1.7767-1.8154	0.1846	139	0.1292	2435	2574	92
1.8154-1.8576	0.1988	144	0.1191	2435	2579	93
1.8576-1.904	0.2044	141	0.1136	2469	2610	93
1.904-1.9555	0.1615	146	0.106	2518	2664	96
1.9555-2.0131	0.1888	135	0.1076	2523	2658	96
2.0131-2.078	0.1716	126	0.1117	2586	2712	97
2.078-2.1523	0.1744	118	0.1087	2607	2725	97
2.1523-2.2384	0.1924	124	0.1172	2647	2771	99
2.2384-2.3403	0.1935	172	0.1192	2598	2770	99
2.3403-2.4637	0.1829	132	0.1308	2602	2734	99
2.4637-2.618	0.2026	136	0.1401	2609	2745	99
2.618-2.8201	0.1733	139	0.1536	2655	2794	99
2.8201-3.1037	0.1973	156	0.1503	2616	2772	99
3.1037-3.5525	0.2028	150	0.1494	2613	2763	100
3.5525-4.4746	0.1544	132	0.139	2669	2801	100
4.4746-36.9862	0.1583	150	0.1696	2640	2790	100

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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