+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1gq6 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | PROCLAVAMINATE AMIDINO HYDROLASE FROM STREPTOMYCES CLAVULIGERUS | ||||||
![]() | PROCLAVAMINATE AMIDINO HYDROLASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / CLAVAMINATE / CLAVAMINIC / PAH / ARGINASE / ANTIBIOTIC | ||||||
Function / homology | ![]() proclavaminate amidinohydrolase / proclavaminate amidinohydrolase activity / clavulanic acid biosynthetic process / putrescine biosynthetic process from arginine, using agmatinase / agmatinase activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Elkins, J.M. / Clifton, I.J. / Hernandez, H. / Robinson, C.V. / Schofield, C.J. / Hewitson, K.S. | ||||||
![]() | ![]() Title: Oligomeric Structure of Proclavaminic Acid Amidino Hydrolase: Evolution of a Hydrolytic Enzyme in Clavulanic Acid Biosynthesis Authors: Elkins, J.M. / Clifton, I.J. / Hernandez, H. / Doan, L.X. / Robinson, C.V. / Schofield, C.J. / Hewitson, K.S. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 182.7 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 145.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 442.5 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 449 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 37.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 55.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS oper:
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 33440.738 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P37819, UniProt: P0DJQ3*PLUS, agmatinase #2: Chemical | ChemComp-MN / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.9 Å3/Da / Density % sol: 36 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Crystal grow | pH: 7.5 Details: 2.2 M AMMONIUM FORMATE, 200 MM HEPES PH7.5, pH 7.50 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS Temperature: 17 ℃ / Method: vapor diffusion, hanging drop | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
|
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Jul 15, 2001 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.8855 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.75→54.76 Å / Num. obs: 82386 / % possible obs: 97.1 % / Redundancy: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 9.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.75→1.84 Å / Redundancy: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.265 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 89.7 |
Reflection | *PLUS Num. measured all: 380778 |
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 89.7 % / Num. unique obs: 11034 / Num. measured obs: 27406 |
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL PLUS MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.75→40 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|